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- PDB-7tbu: Crystal structure of the 5-enolpyruvate-shikimate-3-phosphate syn... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tbu
タイトルCrystal structure of the 5-enolpyruvate-shikimate-3-phosphate synthase (EPSPS) domain of Aro1 from Candida albicans in complex with shikimate-3-phosphate
要素5-enolpyruvylshikimate-3-phosphate synthase
キーワードTRANSFERASE / CHORISMATE BIOSYNTHESIS / STRUCTURAL GENOMICS / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / CSGID
機能・相同性SHIKIMATE-3-PHOSPHATE
機能・相同性情報
生物種Candida albicans Ca6 (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Michalska, K. / Di Leo, R. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
引用ジャーナル: Life Sci Alliance / 年: 2022
タイトル: Molecular analysis and essentiality of Aro1 shikimate biosynthesis multi-enzyme in .
著者: Peter J Stogios / Sean D Liston / Cameron Semper / Bradley Quade / Karolina Michalska / Elena Evdokimova / Shane Ram / Zbyszek Otwinowski / Dominika Borek / Leah E Cowen / Alexei Savchenko /
要旨: In the human fungal pathogen , encodes an essential multi-enzyme that catalyses consecutive steps in the shikimate pathway for biosynthesis of chorismate, a precursor to folate and the aromatic ...In the human fungal pathogen , encodes an essential multi-enzyme that catalyses consecutive steps in the shikimate pathway for biosynthesis of chorismate, a precursor to folate and the aromatic amino acids. We obtained the first molecular image of Aro1 that reveals the architecture of all five enzymatic domains and their arrangement in the context of the full-length protein. Aro1 forms a flexible dimer allowing relative autonomy of enzymatic function of the individual domains. Our activity and in cellulo data suggest that only four of Aro1's enzymatic domains are functional and essential for viability of , whereas the 3-dehydroquinate dehydratase (DHQase) domain is inactive because of active site substitutions. We further demonstrate that in , the type II DHQase Dqd1 can compensate for the inactive DHQase domain of Aro1, suggesting an unrecognized essential role for this enzyme in shikimate biosynthesis. In contrast, in and , which do not encode a Dqd1 homolog, Aro1 DHQase domains are enzymatically active, highlighting diversity across species.
履歴
登録2021年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5-enolpyruvylshikimate-3-phosphate synthase
B: 5-enolpyruvylshikimate-3-phosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,2876
ポリマ－97,5352
非ポリマー7534
水14,160786
1
A: 5-enolpyruvylshikimate-3-phosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1443
ポリマ－48,7671
非ポリマー3762
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 5-enolpyruvylshikimate-3-phosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1443
ポリマ－48,7671
非ポリマー3762
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.987, 159.754, 55.874
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.275, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 5-enolpyruvylshikimate-3-phosphate synthase


分子量: 48767.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida albicans Ca6 (酵母) / プラスミド: pMCSG68SBPTEV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Gold
#2: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-S3P / SHIKIMATE-3-PHOSPHATE / シキミ酸3-りん酸


分子量: 254.131 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H11O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 786 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.2 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 0.4 M NaCl, 0.1 M Tris pH 8, 26%PEG3350 1mM 3-P-Shikimate cryoprotectant: 22%Et.Glycol, HEPES pH7.8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→30 Å / Num. obs: 66832 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 26.17 Å2 / CC1/2: 0.502 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rpim(I) all: 0.041 / Net I/σ(I): 18.1
反射 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / Rmerge(I) obs: 0.855 / Mean I/σ(I) obs: 1.27 / Num. unique obs: 3323 / CC1/2: 0.502 / Rpim(I) all: 0.589 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NVS

3nvs


解像度: 1.85→29.66 Å / SU ML: 0.1974 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.7136
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2289 1939 3 %RANDOM
Rwork0.1801 62784 --
obs0.1816 64723 96.8 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 38.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→29.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6591 0 48 786 7425
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076774
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9759206
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06251094
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00711174
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.41962520
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.90.31591160.27554098X-RAY DIFFRACTION89.28
1.9-1.950.29061350.26634255X-RAY DIFFRACTION91.46
1.95-2.010.31371310.24564347X-RAY DIFFRACTION94.13
2.01-2.070.27551310.22354422X-RAY DIFFRACTION94.97
2.07-2.140.26731400.21134481X-RAY DIFFRACTION96.94
2.14-2.230.2641350.19994463X-RAY DIFFRACTION97.33
2.23-2.330.2561430.20054518X-RAY DIFFRACTION97.8
2.33-2.450.24621440.19014521X-RAY DIFFRACTION97.76
2.45-2.610.28511480.18924580X-RAY DIFFRACTION98.36
2.61-2.810.23381380.17834577X-RAY DIFFRACTION98.52
2.81-3.090.20971470.17854558X-RAY DIFFRACTION99.14
3.09-3.540.23071400.16344640X-RAY DIFFRACTION99.81
3.54-4.450.18271480.13864645X-RAY DIFFRACTION99.96
4.46-29.660.20081430.17244679X-RAY DIFFRACTION99.63
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.071721960950.760825296928-2.32205625742.12335213884-2.178080308065.3895897353-0.117206033768-0.1766379701480.005232304458620.4727011654230.1120327345620.254113278924-0.0870229622442-0.3229309499320.03491842428580.3024307318970.05283949422880.06191146660370.205116018472-0.008211479960070.22679224421210.754892763273.571437084116.7438162228
22.612941628830.5003159861380.5920448480261.93794090772-0.105772358632.39675558055-0.0475694672812-0.265218007660.03990726896780.0728053330671-0.01061624042220.02248649402940.0346071835450.1343134842020.04464069235870.1164644056510.03246369780420.009463575784050.1645912386390.03934320442520.15133580526830.936727353682.26751757480.0909610914419
33.14647173677-0.45495173511-1.105070378312.41920416490.5315544683373.30141875574-0.04436196652960.0260804621604-0.280962580477-0.1076230880990.0684001065210.3739566131820.457190291495-0.230985290077-0.01161453641590.184891076395-0.0235086424481-0.0505088825320.1126744492810.01923479218470.21683603511220.579240949971.1969861244-6.63888546108
42.02082833344-0.9920249528840.4463858266074.98969249616-1.527524094534.234703120930.0264832769890.125847340591-0.0338675640957-0.7372938056220.1088411948710.5402489658490.201062956615-0.34632035466-0.1291637078310.324166033109-0.0462491972755-0.06835265326510.1901899381010.0320760250520.2364903815915.5893846591460.491888597412.5227146687
55.412668819610.1988826993980.3472446444016.338078051881.473287114167.62474287422-0.0965708035482-0.4423034065050.2707326623070.3789666153450.110112494813-0.785405558742-0.2158711975480.490631397225-0.03758154905570.2885627742720.0216869193284-0.08183433910680.2427595664250.04343073029780.31864175457916.975293041256.765841937624.9667408091
66.28658930133-2.007753355483.410201197938.50888970399-2.077888981532.35941228214-0.308923673635-0.6630096603121.067612588670.7457564701150.09978495321270.147569457308-1.29935181952-0.295059600230.183406522470.7162150470290.05537814395860.009175924458070.545911105257-0.0973837978360.4163636661139.2675358747970.905884071528.8697143995
72.53960323993-0.5716568649661.83903275092.47030520611-0.8477704159283.61219965465-0.04274921206690.501106462534-0.32312454978-0.5925892732710.1807134071460.1074951994240.03500991225810.00818404334247-0.1209473286630.258071804534-0.0973077631261-0.008063796900060.289906712488-0.01612557601090.2113643180597.9050113072100.83608571515.654297143
82.57061849521-0.040109193623-0.8653257348842.8924888003-0.358990775072.59835387468-0.009237021055040.115344778169-0.11354074738-0.150357933973-0.0108106061816-0.1785037367060.1209966186660.1022815558040.02454198751980.118859033282-0.0246193296109-0.01373355874780.1571927275320.0125273118920.15471115094627.045335284397.852025650927.4627179485
91.27518345752-0.223433557831.041904605181.44479056603-0.7994757944862.26434231758-0.0919036634103-0.1295735015530.145286842057-0.01239062093390.128559085270.273528867597-0.349740982396-0.304251933783-0.04718001911430.1930197670160.0397321060580.02793122187890.1773917754050.01212541652220.220565330845.64124755913114.44090032322.8630098834
104.913807725871.90761414339-0.09876227923713.30094824261.202265879947.21242550826-0.1637755009750.23565660427-0.206035051632-0.689078097640.120219608934-0.678107418154-0.07294429680560.429728883153-0.006457132253720.439532616548-0.02544963701850.01414191515810.1595878921170.0001698254142240.29546478473612.8235655182124.9360832596.71422809073
113.922591792580.334709870203-2.401262370753.87580564403-1.058599307697.48097120995-0.1268850838970.550121051238-0.589725756396-1.372728603960.28523100910.1206664941280.4316995175770.349840491438-0.0994556825570.81449646448-0.0745742442862-0.1240856424380.499324488049-0.1278136474620.4757881435453.97538514066110.928195210.115876132021
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 387 through 422 )AA387 - 4221 - 36
22chain 'A' and (resid 423 through 593 )AA423 - 59337 - 207
33chain 'A' and (resid 594 through 639 )AA594 - 639208 - 253
44chain 'A' and (resid 640 through 714 )AA640 - 714254 - 328
55chain 'A' and (resid 715 through 808 )AA715 - 808329 - 422
66chain 'A' and (resid 809 through 841 )AA809 - 841423 - 450
77chain 'B' and (resid 388 through 447 )BC388 - 4471 - 60
88chain 'B' and (resid 448 through 593 )BC448 - 59361 - 206
99chain 'B' and (resid 594 through 710 )BC594 - 710207 - 323
1010chain 'B' and (resid 711 through 795 )BC711 - 795324 - 397
1111chain 'B' and (resid 796 through 841 )BC796 - 841398 - 435

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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