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- PDB-7tbe: Crystal structure of Plasmepsin X from Plasmodium vivax in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tbe
タイトルCrystal structure of Plasmepsin X from Plasmodium vivax in complex with WM4
要素Plasmepsin X
キーワードHYDROLASE / Aspartyl Protease
機能・相同性
機能・相同性情報


pepsin A / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Pepsin-like domain / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-I0I / (malaria parasite P. vivax) hypothetical protein
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.35 Å
データ登録者Hodder, A.N. / Christensen, J.B. / Scally, S.W. / Cowman, A.F.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust109662/Z/15/Z, 202749/Z/16/Z 英国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Basis for drug selectivity of plasmepsin IX and X inhibition in Plasmodium falciparum and vivax.
著者: Hodder, A.N. / Christensen, J. / Scally, S. / Triglia, T. / Ngo, A. / Birkinshaw, R.W. / Bailey, B. / Favuzza, P. / Dietrich, M.H. / Tham, W.H. / Czabotar, P.E. / Lowes, K. / Guo, Z. / ...著者: Hodder, A.N. / Christensen, J. / Scally, S. / Triglia, T. / Ngo, A. / Birkinshaw, R.W. / Bailey, B. / Favuzza, P. / Dietrich, M.H. / Tham, W.H. / Czabotar, P.E. / Lowes, K. / Guo, Z. / Murgolo, N. / Lera Ruiz, M. / McCauley, J.A. / Sleebs, B.E. / Olsen, D. / Cowman, A.F.
履歴
登録2021年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Plasmepsin X
B: Plasmepsin X
C: Plasmepsin X
D: Plasmepsin X
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,78112
ポリマ－170,3194
非ポリマー3,4628
水2,144119
1
A: Plasmepsin X
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6493
ポリマ－42,5801
非ポリマー1,0692
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Plasmepsin X
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4873
ポリマ－42,5801
非ポリマー9072
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Plasmepsin X
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5834
ポリマ－42,5801
非ポリマー1,0033
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Plasmepsin X
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0622
ポリマ－42,5801
非ポリマー4831
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.495, 253.278, 171.755
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 192 through 193 or (resid 194...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 192 through 193 or (resid 194...
d_3ens_1(chain "C" and (resid 192 through 193 or (resid 194...
d_4ens_1(chain "D" and (resid 192 through 269 or (resid 270...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1VALALAA7 - 346
d_21ens_1VALALAF7 - 346
d_31ens_1VALALAJ3 - 342
d_41ens_1VALALAN1 - 340

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.820873133095, -0.00941642277281, -0.571032950315), (0.00177870560813, -0.999901368507, 0.0139315995113), (-0.571107814313, 0.0104203762287, 0.820808918196)-23.8381285449, 87.9779439252, -8.01391652191
2given(0.244827638824, -0.527887492045, 0.81326147272), (0.529856008052, 0.775303822851, 0.343739135108), (-0.811980318727, 0.346754636618, 0.469520163555)26.7495528954, 56.6519889151, -22.3650260315
3given(0.24701768565, 0.272298262161, -0.929965547427), (-0.496640463038, -0.788497948744, -0.362793653887), (-0.832064008025, 0.551474968835, -0.0595386034342)-34.3934903257, 31.0998048944, -39.4884119237

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Plasmepsin X


分子量: 42579.832 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
遺伝子: PVC01_010019000, PVP01_0112200, PVT01_010014800
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A0A1G4H6I9, pepsin A

-
糖 , 2種, 3分子

#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 3種, 124分子

#4: 化合物
ChemComp-I0I / 3-[(R)-[(2E,4S)-2-imino-4-methyl-6-oxo-4-(propan-2-yl)-1,3-diazinan-1-yl](phenyl)methyl]-N-[(1S)-1-phenylethyl]benzamide


分子量: 482.617 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H34N4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium HEPES pH 7.5, 2% (v/v) PEG 400 and 1 mM Anderson-Evans polyoxotungstate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.35→39.19 Å / Num. obs: 25719 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 58.51 Å2 / CC1/2: 0.975 / Rpim(I) all: 0.168 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル解像度: 3.35→3.58 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 4587 / CC1/2: 0.721 / Rpim(I) all: 0.496

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7TBB

7tbb


解像度: 3.35→39.19 Å / SU ML: 0.4416 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.62
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2808 1286 5.01 %
Rwork0.2229 24398 -
obs0.2257 25684 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 50.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.35→39.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10733 0 244 119 11096
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005111258
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.830715313
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061714
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00542037
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.30034042
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.00709857797
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.80937362004
ens_1d_4AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS2.02094231702
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.35-3.480.32251580.26442645X-RAY DIFFRACTION99.93
3.48-3.640.34111450.24562689X-RAY DIFFRACTION99.89
3.64-3.830.28711540.23972648X-RAY DIFFRACTION99.93
3.83-4.070.25181520.21582665X-RAY DIFFRACTION99.86
4.07-4.390.27691460.18232685X-RAY DIFFRACTION99.93
4.39-4.830.21731340.17152707X-RAY DIFFRACTION99.89
4.83-5.530.25881090.19742756X-RAY DIFFRACTION99.9
5.53-6.960.28151390.26242746X-RAY DIFFRACTION99.9
6.96-39.190.30791490.24942857X-RAY DIFFRACTION99.64

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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