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- PDB-7tb1: Crystal structure of STUB1 with a macrocyclic peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tb1
タイトルCrystal structure of STUB1 with a macrocyclic peptide
要素
  • ALA-CYS-SER-SER-ILE-TRP-CYS-PRO-ASP-GLY
  • E3 ubiquitin-protein ligase CHIP
キーワードTRANSFERASE / E3 Ligase / carboxy-terminus of Hsp70-interacting protein
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of chaperone-mediated protein complex assembly / regulation of glucocorticoid metabolic process / positive regulation of ERAD pathway / ERBB2 signaling pathway / positive regulation of mitophagy / positive regulation of smooth muscle cell apoptotic process / ubiquitin conjugating enzyme complex / misfolded protein binding / nuclear inclusion body / cellular response to misfolded protein ...positive regulation of chaperone-mediated protein complex assembly / regulation of glucocorticoid metabolic process / positive regulation of ERAD pathway / ERBB2 signaling pathway / positive regulation of mitophagy / positive regulation of smooth muscle cell apoptotic process / ubiquitin conjugating enzyme complex / misfolded protein binding / nuclear inclusion body / cellular response to misfolded protein / protein folding chaperone complex / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / RIPK1-mediated regulated necrosis / chaperone-mediated autophagy / TPR domain binding / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / SMAD binding / protein monoubiquitination / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / R-SMAD binding / positive regulation of proteolysis / protein K63-linked ubiquitination / protein maturation / protein autoubiquitination / ubiquitin ligase complex / endoplasmic reticulum unfolded protein response / ERAD pathway / heat shock protein binding / Hsp70 protein binding / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / positive regulation of protein ubiquitination / response to ischemia / G protein-coupled receptor binding / Regulation of TNFR1 signaling / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / Hsp90 protein binding / RING-type E3 ubiquitin transferase / regulation of protein stability / tau protein binding / Regulation of necroptotic cell death / kinase binding / Downregulation of ERBB2 signaling / Z disc / Regulation of PTEN stability and activity / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / Regulation of RUNX2 expression and activity / MAPK cascade / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-folding chaperone binding / cellular response to heat / protein-macromolecule adaptor activity / cellular response to hypoxia / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein stabilization / protein ubiquitination / DNA repair / ubiquitin protein ligase binding / enzyme binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CHIP, N-terminal tetratricopeptide repeat domain / CHIP/LubX , U box domain / CHIP N-terminal tetratricopeptide repeat domain / Anaphase-promoting complex, cyclosome, subunit 3 / U-box domain / U-box domain profile. / Modified RING finger domain / U-box domain / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. ...CHIP, N-terminal tetratricopeptide repeat domain / CHIP/LubX , U box domain / CHIP N-terminal tetratricopeptide repeat domain / Anaphase-promoting complex, cyclosome, subunit 3 / U-box domain / U-box domain profile. / Modified RING finger domain / U-box domain / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
1,3-bis(sulfanyl)propan-2-one / E3 ubiquitin-protein ligase CHIP
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.785 Å
データ登録者Bahmanjah, S. / Klein, D.J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Discovery and Structure-Based Design of Macrocyclic Peptides Targeting STUB1.
著者: Ng, S. / Brueckner, A.C. / Bahmanjah, S. / Deng, Q. / Johnston, J.M. / Ge, L. / Duggal, R. / Habulihaz, B. / Barlock, B. / Ha, S. / Sadruddin, A. / Yeo, C. / Strickland, C. / Peier, A. / ...著者: Ng, S. / Brueckner, A.C. / Bahmanjah, S. / Deng, Q. / Johnston, J.M. / Ge, L. / Duggal, R. / Habulihaz, B. / Barlock, B. / Ha, S. / Sadruddin, A. / Yeo, C. / Strickland, C. / Peier, A. / Henry, B. / Sherer, E.C. / Partridge, A.W.
履歴
登録2021年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase CHIP
B: E3 ubiquitin-protein ligase CHIP
C: ALA-CYS-SER-SER-ILE-TRP-CYS-PRO-ASP-GLY
D: ALA-CYS-SER-SER-ILE-TRP-CYS-PRO-ASP-GLY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9066
ポリマ－33,6624
非ポリマー2442
水4,810267
1
A: E3 ubiquitin-protein ligase CHIP
D: ALA-CYS-SER-SER-ILE-TRP-CYS-PRO-ASP-GLY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9533
ポリマ－16,8312
非ポリマー1221
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1160 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area7660 Å2
手法PISA
2
B: E3 ubiquitin-protein ligase CHIP
C: ALA-CYS-SER-SER-ILE-TRP-CYS-PRO-ASP-GLY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9533
ポリマ－16,8312
非ポリマー1221
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1190 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area7590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.011, 77.602, 46.354
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.420, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase CHIP / Antigen NY-CO-7 / CLL-associated antigen KW-8 / Carboxy terminus of Hsp70-interacting protein / ...Antigen NY-CO-7 / CLL-associated antigen KW-8 / Carboxy terminus of Hsp70-interacting protein / RING-type E3 ubiquitin transferase CHIP / STIP1 homology and U box-containing protein 1


分子量: 15792.862 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STUB1, CHIP, PP1131 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UNE7, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: タンパク質・ペプチド ALA-CYS-SER-SER-ILE-TRP-CYS-PRO-ASP-GLY


分子量: 1038.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct
#3: 化合物 ChemComp-I1J / 1,3-bis(sulfanyl)propan-2-one / 1,3-ジメルカプトアセトン


分子量: 122.209 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H6OS2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.4 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 3 M NaCl, 0.1 M TRIS pH 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.785→46.31 Å / Num. obs: 23936 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 1.785→1.816 Å / Num. unique obs: 1193 / CC1/2: 0.878

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8 (10-DEC-2020)精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6efk

6efk


解像度: 1.785→46.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.884 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.864 / SU R Cruickshank DPI: 0.168 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.178 / SU Rfree Blow DPI: 0.164 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.16
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2784 1185 4.95 %RANDOM
Rwork0.2239 ---
obs0.2267 23932 98.8 %-
原子変位パラメータBiso max: 74.28 Å2 / Biso mean: 24.27 Å2 / Biso min: 10.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--14.442 Å20 Å20.0994 Å2
2--8.5146 Å20 Å2
3---5.9274 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.28 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.785→46.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2173 0 12 267 2452
Biso mean--26.91 32.32 -
残基数----273
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d816SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes394HARMONIC8
X-RAY DIFFRACTIONt_it2245HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion283SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2448SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2245HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3020HARMONIC20.83
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.11
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.91
LS精密化 シェル解像度: 1.785→1.8 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3822 32 6.68 %
Rwork0.2877 447 -
obs--96.27 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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