PDB-7t9e: Crystal structure of dehaloperoxidase B in complex with +(-)-limo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7t9e

タイトル

Crystal structure of dehaloperoxidase B in complex with +(-)-limonene oxide

要素

Dehaloperoxidase B

キーワード

OXIDOREDUCTASE / dehaloperoxidase B / heme peroxidase / peroxigenase / oxygen binding / heme cofactor

機能・相同性

機能・相同性情報

oxygen carrier activity / oxygen binding / peroxidase activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Amphitrite ornata (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.57 Å

データ登録者

de Serrano, V.S. / Ghiladi, R.A. / Malewschik, T. / Yun, D.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Multifunctional Globin Dehaloperoxidase as a Biocatalyst in the Oxidation of Monoterpenes
著者: Malewschik, T. / de Serrano, V.S. / Yun, D. / Ghiladi, R.A.

履歴

登録	2021年12月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年1月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7t9e.cif.gz	146.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7t9e.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7t9e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7t9e_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7t9e_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	7t9e_validation.xml.gz	18.1 KB	表示
CIF形式データ	7t9e_validation.cif.gz	23.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t9/7t9e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t9/7t9e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7sjbC 7sjcC 7sjdC 7sjeC 7sjfC 7sjgC 7sjhC 7sjiC 7t9cC 7t9dC 3ixfS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (1) #41 - 2003年5月ヘモグロビン (Hemoglobin) 類似性 (1) #159 - 2013年3月エリスロクルオリン (Erythrocruorin) 類似性 (2) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#206 - 2017年2月
グロビンの進化 (Globin Evolution)
類似性 (1)
#41 - 2003年5月
ヘモグロビン (Hemoglobin)
類似性 (1)
#159 - 2013年3月
エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
類似性 (2)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (1)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (1)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Dehaloperoxidase B

BBB: Dehaloperoxidase B

ヘテロ分子

32.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Dehaloperoxidase B

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16.5 kDa, 1 ポリマー

2

BBB: Dehaloperoxidase B

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16.4 kDa, 1 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.996, 66.742, 67.859
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AAABBB

#1: タンパク質	Dehaloperoxidase B 分子量: 15414.462 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Amphitrite ornata (無脊椎動物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NAV7

-
非ポリマー , 5種, 140分子

#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GH9 / (1R,4R,6S)-1-methyl-4-(prop-1-en-2-yl)-7-oxabicyclo[4.1.0]heptane / +(-)-limonene oxide / cis-(+)-リモネン-1,2-エポキシド分子量: 152.233 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.25 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: MPEG 2000, ammonium sulfate, Na cacodylate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.57→36.81 Å / Num. obs: 35061 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 4 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 22.67
反射シェル	解像度: 1.57→1.611 Å / Num. unique obs: 2582 / CC_1/2: 0.66

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3IXF

3ixf

解像度: 1.57→36.81 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 5.198 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.104 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2181	1668	4.757 %
R_work	0.1432	33393	-
all	0.147	-	-
obs	-	35061	93.511 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.284 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.626 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-2.316 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.942 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.57→36.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2135	0	135	131	2401

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	2810
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.015	2564
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.923	1.694	3886
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.572	1.644	5961
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.312	5	379
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.579	23.113	151
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.507	15	502
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.365	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.115	0.2	344
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	3456
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	718
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.265	0.2	834
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.211	0.2	2329
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	1324
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	1030
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.201	0.2	137
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.092	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.236	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.242	0.2	120
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.214	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.02	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.279	2.451	1327
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.248	2.447	1326
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.828	3.705	1719
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.83	3.708	1720
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.658	2.906	1483
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.474	2.901	1472
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.379	4.192	2137
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.33	4.183	2120
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.644	31.303	3544
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.59	31.175	3527
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.788	3	5374

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.57-1.611	0.299	140	0.253	2582	X-RAY DIFFRACTION	99.1621
1.611-1.655	0.27	114	0.217	2521	X-RAY DIFFRACTION	98.9486
1.655-1.703	0.28	120	0.189	2432	X-RAY DIFFRACTION	98.5328
1.703-1.755	0.236	110	0.168	2345	X-RAY DIFFRACTION	98.2
1.755-1.813	0.211	104	0.139	2281	X-RAY DIFFRACTION	97.5859
1.813-1.876	0.201	125	0.118	2150	X-RAY DIFFRACTION	96.4801
1.876-1.947	0.244	105	0.108	2074	X-RAY DIFFRACTION	94.4517
1.947-2.026	0.189	102	0.096	1902	X-RAY DIFFRACTION	90.6787
2.026-2.116	0.198	100	0.116	1862	X-RAY DIFFRACTION	93.6069
2.116-2.219	0.235	84	0.126	1810	X-RAY DIFFRACTION	93.3465
2.219-2.339	0.186	85	0.12	1731	X-RAY DIFFRACTION	94.0445
2.339-2.48	0.195	86	0.109	1621	X-RAY DIFFRACTION	92.9739
2.48-2.651	0.225	86	0.117	1543	X-RAY DIFFRACTION	94.3254
2.651-2.863	0.213	52	0.126	1431	X-RAY DIFFRACTION	92.2838
2.863-3.135	0.262	62	0.138	1268	X-RAY DIFFRACTION	88.9037
3.135-3.503	0.207	57	0.146	1063	X-RAY DIFFRACTION	81.8713
3.503-4.041	0.188	39	0.13	811	X-RAY DIFFRACTION	70.2479
4.041-4.941	0.169	40	0.146	823	X-RAY DIFFRACTION	83.0606
4.941-6.95	0.224	33	0.206	712	X-RAY DIFFRACTION	90.0846
6.95-36.81	0.307	24	0.241	422	X-RAY DIFFRACTION	88.8446

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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