PDB-7sjc: Crystal structure of dehaloperoxidase B in complex with gamma-ter...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7sjc

タイトル

Crystal structure of dehaloperoxidase B in complex with gamma-terpinene

要素

Dehaloperoxidase B

キーワード

OXIDOREDUCTASE / heme peroxidase / peroxygenase / heme cofactor / oxygen binding

機能・相同性

機能・相同性情報

oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Amphitrite ornata (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Malewschik, T. / Yun, D. / de Serrano, V.S. / Ghiladi, R.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Multifunctional Globin Dehaloperoxidase as a Biocatalyst in the Oxidation of Monoterpenes
著者: Malewschick, T. / Yun, D. / de Serrano, V. / Ghiladi, R.A.

履歴

登録	2021年10月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年11月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7sjc.cif.gz	85.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7sjc.ent.gz	61.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7sjc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7sjc_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7sjc_full_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示
XML形式データ	7sjc_validation.xml.gz	16.9 KB	表示
CIF形式データ	7sjc_validation.cif.gz	22.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sj/7sjc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sj/7sjc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7sjbC 7sjdC 7sjeC 7sjfC 7sjgC 7sjhC 7sjiC 7t9cC 7t9dC 7t9eC 3ixfS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (1) #41 - 2003年5月ヘモグロビン (Hemoglobin) 類似性 (1) #159 - 2013年3月エリスロクルオリン (Erythrocruorin) 類似性 (2) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#206 - 2017年2月
グロビンの進化 (Globin Evolution)
類似性 (1)
#41 - 2003年5月
ヘモグロビン (Hemoglobin)
類似性 (1)
#159 - 2013年3月
エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
類似性 (2)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (1)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (1)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Dehaloperoxidase B

B: Dehaloperoxidase B

ヘテロ分子

32.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dehaloperoxidase B

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
16.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Dehaloperoxidase B

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.817, 67.606, 67.620
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Dehaloperoxidase B 分子量: 15414.462 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Amphitrite ornata (無脊椎動物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold(DE3) / 参照: UniProt: Q9NAV7

-
非ポリマー , 5種, 134分子

#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-9NI / 1-methyl-4-(propan-2-yl)cyclohexa-1,4-diene 分子量: 136.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.53 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: MPEG 2000, ammonium sulfate, Na cacodylate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2021年7月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→47.81 Å / Num. obs: 30764 / % possible obs: 99.81 % / 冗長度: 4.6 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 9.1 / Net I/σ(I): 10
反射シェル	解像度: 1.7→1.74 Å / Num. unique obs: 2118 / CC_1/2: 0.768

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3IXF

3ixf

解像度: 1.7→47.81 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / WR_factor R_free: 0.254 / WR_factor R_work: 0.204 / SU B: 3.864 / SU ML: 0.12 / Average fsc free: 0.8536 / Average fsc work: 0.8674 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.13 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2453	1408	4.577 %
R_work	0.1989	29356	-
all	0.201	-	-
obs	-	30764	99.805 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.962 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.039 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-2.575 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.464 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→47.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2140	0	134	125	2399

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	2738
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	2491
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.555	1.7	3775
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.424	1.642	5783
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.769	5	368
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.514	23.265	147
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.685	15	482
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.473	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	333
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	3391
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	697
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.261	0.2	783
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.216	0.2	2429
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	1322
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	1100
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.138	0.2	134
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.017	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.214	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.208	0.2	69
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.145	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.205	3.119	1296
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.205	3.123	1297
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.184	4.673	1673
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.184	4.676	1674
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.878	3.394	1442
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.864	3.394	1435
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.302	4.995	2079
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.286	4.994	2068
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.886	38.255	3441
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.883	38.201	3422

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.7-1.744	0.356	98	0.332	2118	0.333	2218	0.581	0.582	99.9098	0.313
1.744-1.792	0.314	102	0.308	2091	0.308	2194	0.685	0.681	99.9544	0.286
1.792-1.844	0.31	98	0.271	2041	0.273	2141	0.785	0.773	99.9066	0.246
1.844-1.9	0.304	99	0.253	1944	0.255	2043	0.807	0.821	100	0.229
1.9-1.963	0.271	89	0.231	1948	0.233	2038	0.873	0.858	99.9509	0.207
1.963-2.031	0.306	89	0.21	1826	0.213	1916	0.844	0.906	99.9478	0.191
2.031-2.108	0.201	94	0.195	1788	0.195	1884	0.926	0.919	99.8938	0.181
2.108-2.194	0.223	78	0.189	1723	0.191	1804	0.901	0.926	99.8337	0.177
2.194-2.291	0.283	86	0.194	1670	0.198	1761	0.883	0.93	99.7161	0.184
2.291-2.403	0.26	74	0.183	1592	0.186	1670	0.911	0.94	99.7605	0.177
2.403-2.532	0.254	77	0.179	1481	0.183	1559	0.924	0.944	99.9359	0.178
2.532-2.685	0.25	65	0.191	1462	0.194	1528	0.916	0.936	99.9346	0.192
2.685-2.87	0.225	50	0.195	1355	0.196	1413	0.913	0.925	99.4338	0.199
2.87-3.099	0.274	65	0.192	1269	0.196	1344	0.914	0.937	99.256	0.203
3.099-3.394	0.252	55	0.198	1169	0.2	1226	0.919	0.941	99.8369	0.212
3.394-3.792	0.206	46	0.184	1082	0.184	1133	0.943	0.957	99.5587	0.203
3.792-4.374	0.2	69	0.172	921	0.174	995	0.953	0.963	99.4975	0.195
4.374-5.346	0.213	38	0.18	817	0.181	856	0.947	0.959	99.8832	0.211
5.346-7.513	0.209	20	0.202	667	0.202	689	0.952	0.951	99.7097	0.232
7.513-47.81	0.344	16	0.207	392	0.212	412	0.9	0.948	99.0291	0.268

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関連情報:EMDBヘッダ

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