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- PDB-7sjf: Structure of Dehaloperoxidase B in Complex with Thymol -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sjf
タイトルStructure of Dehaloperoxidase B in Complex with Thymol
要素Dehaloperoxidase B
キーワードOXIDOREDUCTASE / heme peroxidase / peroxygenase / heme cofactor / oxygen binding
機能・相同性
機能・相同性情報


oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Myoglobin-like, M family globin domain / Globin/Protoglobin / Globin / Globin / Globin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 5-METHYL-2-(1-METHYLETHYL)PHENOL / Dehaloperoxidase B
類似検索 - 構成要素
生物種Amphitrite ornata (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Ghiladi, R.A. / de Serrano, V.S. / Malewschik, T. / Yun, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Multifunctional Globin Dehaloperoxidase as a Biocatalyst in the Oxidation of Monoterpenes
著者: Malewschick, T. / Yun, D. / de Serrano, V. / Ghiladi, R.A.
履歴
登録2021年10月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dehaloperoxidase B
B: Dehaloperoxidase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6479
ポリマ－30,8292
非ポリマー1,8187
水1,13563
1
A: Dehaloperoxidase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3695
ポリマ－15,4141
非ポリマー9554
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Dehaloperoxidase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2774
ポリマ－15,4141
非ポリマー8633
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.316, 66.898, 67.615
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Dehaloperoxidase B


分子量: 15414.462 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Amphitrite ornata (無脊椎動物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold(DE3) / 参照: UniProt: Q9NAV7

-
非ポリマー , 5種, 70分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-IPB / 5-METHYL-2-(1-METHYLETHYL)PHENOL / チモ-ル


分子量: 150.218 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
配列の詳細Ligand IPB occupies density that is close to the position of H55 in its alternate conformation. The ...Ligand IPB occupies density that is close to the position of H55 in its alternate conformation. The occupancies of the alternate conformations reflect the fact. In the fraction where the ligand is bound, reflected by the occupancy of the ligand, H55 is in the conformation facing outside of the distal side of the heme pocket, with the same occupancy as the bound ligand. When the ligand is not bound, H55 can occupy the inside conformation, also reflected by its occupancy.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.41 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: MPEG 2000, ammonium sulfate, Na cacodylate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2021年7月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twin
タイプCrystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
pseudo-merohedral11H, K, L10.6444
pseudo-merohedral22-H, -L, -K20.3556
反射解像度: 1.81→37.344 Å / Num. obs: 20141 / % possible obs: 83.07 % / 冗長度: 4.2 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 22.1
反射 シェル解像度: 1.811→1.858 Å / Num. unique obs: 1123 / CC1/2: 0.793

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3IXF

3ixf


解像度: 1.96→37.344 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU B: 12.888 / SU ML: 0.191 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.055 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2912 838 5.056 %
Rwork0.2066 15737 -
all0.211 --
obs-16575 81.9 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 31.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-19.955 Å20 Å20 Å2
2---13.75 Å2-0 Å2
3----6.205 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.96→37.344 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2152 0 124 63 2339
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0132755
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0152509
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8651.6953803
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4411.6475819
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4285369
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.23823.179151
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.60615491
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.651518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2332
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.023521
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02717
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2660.2859
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2260.22618
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1840.21304
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0860.21181
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.220.2113
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.2850.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1750.221
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.190.273
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2030.216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.652.6171298
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6492.6181299
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3833.9261680
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.3843.9271681
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7352.8711457
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.7152.8691450
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5044.2792102
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.4784.2762091
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.22432.9193478
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.22532.8953466
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.96-2.0110.374440.33779X-RAY DIFFRACTION55.7211
2.011-2.0660.557730.3741152X-RAY DIFFRACTION86.3284
2.066-2.1260.433690.3431132X-RAY DIFFRACTION86.4029
2.126-2.1910.349720.281127X-RAY DIFFRACTION88.6179
2.191-2.2630.43520.2741034X-RAY DIFFRACTION81.7771
2.263-2.3420.43360.2541059X-RAY DIFFRACTION86.8358
2.342-2.430.377580.223996X-RAY DIFFRACTION84.9315
2.43-2.5290.332590.209930X-RAY DIFFRACTION84.1702
2.529-2.6410.325500.202920X-RAY DIFFRACTION84.1284
2.641-2.770.254220.198862X-RAY DIFFRACTION82.1561
2.77-2.9190.195450.205811X-RAY DIFFRACTION81.1374
2.919-3.0950.234490.216749X-RAY DIFFRACTION80.6876
3.095-3.3080.24320.206727X-RAY DIFFRACTION81.877
3.308-3.5710.261300.191635X-RAY DIFFRACTION74.8874
3.571-3.910.24250.171619X-RAY DIFFRACTION80.5
3.91-4.3680.262350.146586X-RAY DIFFRACTION83.5801
4.368-5.0370.209370.161523X-RAY DIFFRACTION84.4646
5.037-6.1510.423210.2482X-RAY DIFFRACTION89.1844
6.151-8.6270.157140.175389X-RAY DIFFRACTION88.1838
8.627-37.3440.247150.164225X-RAY DIFFRACTION86.0215
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.22680.3783-0.31871.165-0.54130.4539-0.01520.0089-0.0699-0.083-0.0962-0.09260.0291-0.00420.11140.06050.0101-0.00180.08030.01570.0465.7954-2.39421.136
20.60970.0176-0.01820.5838-0.46210.5940.00620.02160.03920.01780.05330.04-0.0353-0.0633-0.05950.07500.01520.06550.00860.0102-21.29-4.843719.1348
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelectionAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1ALLA1 - 137
2X-RAY DIFFRACTION2ALLB1 - 137

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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