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万見
- PDB-7t92: Structure of the peroxisomal retro-translocon formed by a heterot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7t92
タイトルStructure of the peroxisomal retro-translocon formed by a heterotrimeric ubiquitin ligase complex
要素
  • Fab heavy chain
  • Fab light chain
  • Peroxin-10
  • Peroxin-12
  • Peroxin-2
キーワードTRANSLOCASE / peroxisome / retro-translocon / ubiquitin ligase
機能・相同性
機能・相同性情報


RING-type E3 ubiquitin transferase (cysteine targeting) / peroxisomal importomer complex / protein import into peroxisome matrix, receptor recycling / peroxisomal membrane / protein monoubiquitination / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / transferase activity / protein ubiquitination / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Pex, N-terminal / Peroxisome assembly protein 12 / Pex2 / Pex12 amino terminal region / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type ...: / Pex, N-terminal / Peroxisome assembly protein 12 / Pex2 / Pex12 amino terminal region / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL / 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine / Peroxisome assembly protein 10 / Peroxisome assembly protein 2 / Peroxisome assembly protein 12
類似検索 - 構成要素
生物種Thermothelomyces thermophilus ATCC 42464 (菌類)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Peiqiang, F. / Tom, R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: A peroxisomal ubiquitin ligase complex forms a retrotranslocation channel.
著者: Peiqiang Feng / Xudong Wu / Satchal K Erramilli / Joao A Paulo / Pawel Knejski / Steven P Gygi / Anthony A Kossiakoff / Tom A Rapoport /
要旨: Peroxisomes are ubiquitous organelles that house various metabolic reactions and are essential for human health. Luminal peroxisomal proteins are imported from the cytosol by mobile receptors, which ...Peroxisomes are ubiquitous organelles that house various metabolic reactions and are essential for human health. Luminal peroxisomal proteins are imported from the cytosol by mobile receptors, which then recycle back to the cytosol by a poorly understood process. Recycling requires receptor modification by a membrane-embedded ubiquitin ligase complex comprising three RING finger domain-containing proteins (Pex2, Pex10 and Pex12). Here we report a cryo-electron microscopy structure of the ligase complex, which together with biochemical and in vivo experiments reveals its function as a retrotranslocation channel for peroxisomal import receptors. Each subunit of the complex contributes five transmembrane segments that co-assemble into an open channel. The three ring finger domains form a cytosolic tower, with ring finger 2 (RF2) positioned above the channel pore. We propose that the N terminus of a recycling receptor is inserted from the peroxisomal lumen into the pore and monoubiquitylated by RF2 to enable extraction into the cytosol. If recycling is compromised, receptors are polyubiquitylated by the concerted action of RF10 and RF12 and degraded. This polyubiquitylation pathway also maintains the homeostasis of other peroxisomal import factors. Our results clarify a crucial step during peroxisomal protein import and reveal why mutations in the ligase complex cause human disease.
履歴
登録2021年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22022年7月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Peroxin-12
A: Peroxin-2
C: Peroxin-10
H: Fab heavy chain
L: Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,13130
ポリマ－160,4705
非ポリマー13,66125
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 BAC

#1: タンパク質 Peroxin-12


分子量: 49369.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermothelomyces thermophilus ATCC 42464 (菌類)
株: ATCC 42464 / BCRC 31852 / DSM 1799 / 遺伝子: MYCTH_2053677 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: G2Q5N0
#2: タンパク質 Peroxin-2


分子量: 38493.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermothelomyces thermophilus ATCC 42464 (菌類)
株: ATCC 42464 / BCRC 31852 / DSM 1799 / 遺伝子: MYCTH_2294472 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: G2Q1C9
#3: タンパク質 Peroxin-10


分子量: 48952.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermothelomyces thermophilus ATCC 42464 (菌類)
株: ATCC 42464 / BCRC 31852 / DSM 1799 / 遺伝子: MYCTH_2294231 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: G2Q0E2

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#4: 抗体 Fab heavy chain


分子量: 12518.806 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#5: 抗体 Fab light chain


分子量: 11135.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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非ポリマー , 3種, 25分子

#6: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 化合物
ChemComp-LBN / 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine / (2R)-2-[(9Z)-9-Octadecenoyloxy]-3-(palmitoyloxy)propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate


分子量: 760.076 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H82NO8P / コメント: リン脂質*YM
#8: 化合物
ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Peroxisomal heterotrimeric ubiquitin ligase complex bound with FabCOMPLEX#1-#50RECOMBINANT
2Peroxin12, Peroxin2, Peroxin10COMPLEX#1-#31RECOMBINANT
3Fab heavy chain, Fab light chainCOMPLEX#4-#51RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Thermothelomyces thermophilus ATCC 42464 (菌類)573729
23synthetic construct (人工物)32630
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Komagataella pastoris (菌類)4922
23Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was monodisperse.
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 4 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 52 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 121644 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 3.1 Å / 交差検証法: NONE
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00599842
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.704513320
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.07961453
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00491636
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.62811485

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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