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- PDB-7t88: Crystal Structure of the C-terminal Domain of the Phosphate Acety... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7t88
タイトルCrystal Structure of the C-terminal Domain of the Phosphate Acetyltransferase from Escherichia coli
要素Phosphate acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphate acetyltransferase activity / phosphate acetyltransferase / acetyl-CoA biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphate acetyltransferase, bacteria / DRTGG / DRTGG domain / Phosphate acetyltransferase / HPr(Ser) kinase/phosphorylase-like, N-terminal domain superfamily / : / Phosphate acetyltransferase, domain 2 / Phosphate acetyltransferase, domain 1 / Phosphate acetyl/butaryl transferase / Phosphate acetyl/butaryl transferase ...Phosphate acetyltransferase, bacteria / DRTGG / DRTGG domain / Phosphate acetyltransferase / HPr(Ser) kinase/phosphorylase-like, N-terminal domain superfamily / : / Phosphate acetyltransferase, domain 2 / Phosphate acetyltransferase, domain 1 / Phosphate acetyl/butaryl transferase / Phosphate acetyl/butaryl transferase / AAA domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / : / PHOSPHATE ION / Phosphate acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Kim, Y. / Dementiev, A. / Welk, L. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of c from Escherichia coli
著者: Kim, Y. / Dementiev, A. / Welk, L. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2021年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.22024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphate acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,01312
ポリマ－35,2231
非ポリマー79011
水81145
1
A: Phosphate acetyltransferase
ヘテロ分子

A: Phosphate acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,02524
ポリマ－70,4462
非ポリマー1,57922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
Buried area6630 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area25630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.875, 72.875, 193.248
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Phosphate acetyltransferase / Phosphotransacetylase


分子量: 35223.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
遺伝子: WR15_08840 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: A0A0H0GLE6, phosphate acetyltransferase

-
非ポリマー , 7種, 56分子

#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.49 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Bis-Tris:HCl pH 6.5, 25% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 31287 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14 % / Biso Wilson estimate: 54.54 Å2 / CC1/2: 0.973 / Rmerge(I) obs: 0.159 / Net I/σ(I): 24.1
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 1.642 / Mean I/σ(I) obs: 1.19 / Num. unique obs: 1515 / CC1/2: 0.535 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: alpha Fold2

解像度: 2.1→48.26 Å / SU ML: 0.2286 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.7536
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2309 1473 4.72 %
Rwork0.1999 29702 -
obs0.2013 31175 99.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 67.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→48.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2438 0 31 45 2514
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00232501
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5343396
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0416405
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051447
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2096938
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.170.26321110.2792597X-RAY DIFFRACTION97.73
2.17-2.250.26821390.23662636X-RAY DIFFRACTION99.96
2.25-2.340.24781310.23442653X-RAY DIFFRACTION100
2.34-2.440.26441220.23042683X-RAY DIFFRACTION100
2.44-2.570.25881290.22322654X-RAY DIFFRACTION100
2.57-2.730.30011490.25122659X-RAY DIFFRACTION100
2.73-2.950.26941550.23982670X-RAY DIFFRACTION100
2.95-3.240.24261490.23352685X-RAY DIFFRACTION100
3.24-3.710.24761090.20322764X-RAY DIFFRACTION100
3.71-4.670.1881310.16662770X-RAY DIFFRACTION100
4.67-48.260.21951480.18322931X-RAY DIFFRACTION99.81
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.391783965850.05963781703533.339796166791.8678569394-0.6676224381537.18857261670.3600481983030.257919837618-0.194138523771-0.1383326339150.0823783611243-0.1314783825520.9430395169440.538378483044-0.4356793941880.7168769830040.063085657869-0.08385103584980.462541205046-0.08172006721780.623522198151-12.8750339345-12.04336350325.7516131306
27.833225533460.34564956738-3.639242924136.46458999582-2.597302804159.84676558361-0.2034947305710.866127835935-0.043933428141-1.316986422420.012479595376-0.8020847642110.8204781846360.6301250468940.04638040085280.927256637038-0.010794343044-0.1127096142470.664185442798-0.07448413140030.62781360959-11.8538700885-8.5011526758112.3985036075
34.71890705078-2.876689725040.4914553340756.780684600030.4628097650725.09821889802-0.3679919692670.157498383180.283492136777-0.9944422264530.3713294119070.1721824880190.01632823836790.6245403113440.01016821104440.834034238257-0.188083695593-0.1795785840550.6321483962810.03419655754680.537320164496-24.489121355-3.3459327630910.9322635711
42.01625507425-0.143059969798-2.507780940546.43704792584-1.392004376826.30285925899-0.04147629995570.9633205118410.634654616421-0.6168684365440.1457932712210.915119467338-0.359892224966-0.47172029886-0.1964548972171.2199356584-0.0657126951952-0.399848861150.624827366350.01058915810961.02383898454-31.559686777211.006587208313.670998168
51.872328202510.5246114553921.78598099742.069165206930.3667864383944.922383400070.0406484763142-0.192371701201-0.0399475197242-0.2676144827180.1140324125350.390939357040.0391569323391-0.428656714598-0.1382782575050.443433369242-0.0312571576229-0.0922691480490.4383086017470.0115611068330.533085094679-21.4016280010.56702575852833.3614465618
64.62835585867-0.136649739643-0.4768578822945.034465389051.429935549473.610616150910.174999138521-0.491752172624-0.1893851779360.34075346552-0.05238266615730.2218027793770.164565947146-0.440454654585-0.1364015459610.550867991789-0.02493757864390.02431527069190.6037763911280.07041822224020.398239042904-19.72606691511.0767298663956.0756808302
74.456979173041.070772661281.094155614498.18724277276-3.277643755316.098113037120.219273136844-0.233466417202-0.2835017761480.376994258739-0.0447070072116-0.1142124358650.0637294638638-0.240466051143-0.1905568343590.430329674180.0157981289633-0.04864346569150.455804292821-0.07092374651930.359852684741-11.63417584571.3809314199349.3297905197
86.692072857011.65454710351-3.426108639638.47821805191-0.630590207014.27149973884-0.4217827714470.2571431713950.869254001173-0.2196114598730.488887496069-0.4690829276410.170574867220.372320066135-0.01552217945240.485857156058-0.034764589612-0.06722270139270.450264091653-0.07259218746850.414522188164-14.3413108789-1.4270595191831.8945654634
96.847660289072.27488825263-4.853151721726.43125785889-1.937538584363.55258629585-0.117228730222-0.2523721120560.1408453501240.2151414753570.4023793633050.06077118547440.3861514350130.178064514684-0.3153603031570.579490596798-0.00793741787902-0.1622480377440.484158800657-0.05681166946910.511887002958-16.3685516822-8.979194382929.3064990071
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 387 through 426 )387 - 4261 - 40
22chain 'A' and (resid 427 through 448 )427 - 44841 - 62
33chain 'A' and (resid 449 through 475 )449 - 47563 - 89
44chain 'A' and (resid 476 through 492 )476 - 49290 - 106
55chain 'A' and (resid 493 through 580 )493 - 580107 - 194
66chain 'A' and (resid 581 through 639 )581 - 639195 - 253
77chain 'A' and (resid 640 through 670 )640 - 670254 - 284
88chain 'A' and (resid 671 through 695 )671 - 695285 - 309
99chain 'A' and (resid 696 through 713 )696 - 713310 - 327

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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