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- PDB-7t83: Structure of angiotensin II type I receptor (AT1R) nanobody antag... -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 7t83

タイトル

Structure of angiotensin II type I receptor (AT1R) nanobody antagonist AT118i4h32

要素

Nanobody AT118i4h32

キーワード

IMMUNE SYSTEM / single chain antibody fragment

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / CITRATE ANION

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Skiba, M.A. / Kruse, A.C.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	1R01CA260415	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	5T32GM132089-03	米国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)	5R21HD101596	米国

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: An in silico method to assess antibody fragment polyreactivity.
著者: Harvey, E.P. / Shin, J.E. / Skiba, M.A. / Nemeth, G.R. / Hurley, J.D. / Wellner, A. / Shaw, A.Y. / Miranda, V.G. / Min, J.K. / Liu, C.C. / Marks, D.S. / Kruse, A.C.

履歴

登録	2021年12月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年12月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年12月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7t83.cif.gz	464.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7t83.ent.gz	323.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7t83.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7t83_validation.pdf.gz	501.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7t83_full_validation.pdf.gz	511.4 KB	表示
XML形式データ	7t83_validation.xml.gz	34.8 KB	表示
CIF形式データ	7t83_validation.cif.gz	46.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/7t83 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/7t83	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7t84C 1yc7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
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SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
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イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
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クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
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糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
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#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)

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集合体

登録構造単位

A: Nanobody AT118i4h32

B: Nanobody AT118i4h32

C: Nanobody AT118i4h32

D: Nanobody AT118i4h32

E: Nanobody AT118i4h32

F: Nanobody AT118i4h32

G: Nanobody AT118i4h32

H: Nanobody AT118i4h32

ヘテロ分子

115 kDa, 8 ポリマー
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A: Nanobody AT118i4h32

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
14.2 kDa, 1 ポリマー
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B: Nanobody AT118i4h32

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.4 kDa, 1 ポリマー
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C: Nanobody AT118i4h32

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.4 kDa, 1 ポリマー
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D: Nanobody AT118i4h32

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.4 kDa, 1 ポリマー
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E: Nanobody AT118i4h32

登録者が定義した集合体
14.2 kDa, 1 ポリマー
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F: Nanobody AT118i4h32

登録者が定義した集合体
14.2 kDa, 1 ポリマー
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G: Nanobody AT118i4h32

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.4 kDa, 1 ポリマー
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H: Nanobody AT118i4h32

登録者が定義した集合体
14.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	80.110, 85.400, 84.440
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 108.640, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: 抗体	Nanobody AT118i4h32 分子量: 14225.860 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET26b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-FLC / CITRATE ANION 分子量: 189.100 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₆H₅O₇
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

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実験情報

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.3 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.6 詳細: 16% PEG 4000, 10% isopropanol, 0.1 M sodium citrate pH 5.6

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月12日

放射

モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.033 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→31.5 Å / Num. obs: 62725 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.828 % / B_iso Wilson estimate: 65.326 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.068 / R_rim(I) all: 0.074 / Χ²: 1.201 / Net I/σ(I): 12.05

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.1-2.22	6.762	1.563	0.96	10010	0.724	1.693	97.8
2.22-2.38	7.057	0.878	1.79	9414	0.901	0.947	98.8
2.38-2.57	6.849	0.489	3.11	8838	0.961	0.529	98.9
2.57-2.81	6.923	0.239	6.24	8137	0.989	0.259	99.2
2.81-3.14	7.046	0.121	12.45	7413	0.996	0.131	99.3
3.14-3.63	6.643	0.071	21.75	6549	0.997	0.077	99.5
3.63-4.43	6.784	0.054	30.57	5576	0.998	0.058	99.4
4.43-6.24	6.447	0.048	35.43	4318	0.998	0.052	99.5
6.24-31.5	6.439	0.044	37.61	2470	0.997	0.048	98.9

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.1 Å	47.95 Å
Translation	2.1 Å	47.95 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.8.2	位相決定
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1YC7

1yc7

解像度: 2.1→31.48 Å / SU ML: 0.3955 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 38.6973 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2566	1990	3.18 %
R_work	0.2078	60637	-
obs	0.2094	62627	98.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 86.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→31.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7299	0	52	71	7422

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0017	7503
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.442	10147
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0409	1055
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0025	1319
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.1206	4404

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.15	0.5191	150	0.4568	4210	X-RAY DIFFRACTION	96.67
2.15-2.21	0.4744	135	0.4234	4293	X-RAY DIFFRACTION	98.51
2.21-2.27	0.4452	147	0.3965	4291	X-RAY DIFFRACTION	98.6
2.27-2.35	0.3583	139	0.3549	4297	X-RAY DIFFRACTION	98.51
2.35-2.43	0.4444	133	0.3515	4345	X-RAY DIFFRACTION	98.83
2.43-2.53	0.4498	148	0.316	4257	X-RAY DIFFRACTION	98.77
2.53-2.64	0.3934	133	0.3069	4334	X-RAY DIFFRACTION	99.02
2.64-2.78	0.3505	146	0.2855	4330	X-RAY DIFFRACTION	99.07
2.78-2.96	0.342	142	0.2776	4335	X-RAY DIFFRACTION	99.29
2.96-3.18	0.3449	136	0.2546	4366	X-RAY DIFFRACTION	99.45
3.18-3.5	0.2563	145	0.2259	4354	X-RAY DIFFRACTION	99.43
3.5-4.01	0.2302	145	0.1981	4386	X-RAY DIFFRACTION	99.63
4.01-5.05	0.191	144	0.1393	4377	X-RAY DIFFRACTION	99.65
5.05-31.48	0.1825	147	0.1467	4462	X-RAY DIFFRACTION	99.44

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.03685489397	4.8107360517	2.47132047762	6.10515100349	3.27671489787	2.12861864155	0.879966222792	-0.0223401939138	0.710909492154	0.476522022878	-0.507071692748	0.243903216474	-0.500242339047	-2.16930783313	-0.47986835891	0.616202309271	-0.256873283956	0.0841655893288	1.02199540059	-0.0252713387728	0.762259377253	16.5785990539	55.5291356467	43.1565695014
2	5.42260128256	-1.67374126586	-5.85216173249	4.79902204047	-0.752304682894	8.82162129938	0.146701821062	-0.17137275788	0.810910110644	-0.0955326383281	-0.0464799985033	0.204837651362	-0.537481508759	-0.241212389111	-0.126468184199	0.424688476722	-0.0571842040083	-0.020807355025	1.29842118127	-0.110670216722	0.829749654493	20.6881572603	58.073337174	33.1127695715
3	8.96556625366	0.784672250504	0.68900311671	7.75511274302	0.124693290742	4.17656057661	0.133061636654	0.292903089339	0.692237108185	-0.0314440037838	-0.00196679917458	-0.168781341234	0.0652202984003	0.227238073679	-0.127666235081	0.461200854131	-0.0990327118568	0.00820162875599	0.911624345324	0.0118151908618	0.455946318328	28.5965102022	57.7403334657	33.1102993008
4	7.55331585546	1.76867560882	3.68746211647	6.64921416128	-3.24999897811	5.07490614343	-0.113959832015	1.45376334422	0.261975257181	-1.19778372701	-0.157571642641	-0.0360137493341	0.375902686534	0.472079760916	0.316545662026	0.659650204503	-0.179769816583	0.095335412362	1.12936161621	-0.108595903644	0.555971164591	27.1450504005	51.0851221817	28.3571427321
5	6.05492940472	4.20755251434	4.16340330512	5.53019668453	3.3388358348	3.0879807932	0.498253922982	-0.593670986915	-0.716964796427	0.229834615095	-0.293295338509	-0.139773760494	0.487041662328	-1.11294272369	-0.219591438077	0.611315518469	-0.112647401429	-0.00374213248804	1.16962319264	-0.0267924510191	0.651717290293	25.1829426847	50.7510932096	38.3099406607
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48	0.159657534227	-0.000426026503028	0.327097077061	1.72889020668	-0.266517249314	8.64658336536	0.652103566792	-0.139930096597	0.671693956638	0.247616703777	-0.134629541077	-0.159580223834	-0.263553915733	0.985880206619	-0.269564905842	0.409242775923	-0.194717001403	0.0879679018283	0.582445520577	-0.0172924740859	0.568048838912	8.42268344206	46.9428784515	51.2052923614
49	8.44783873066	-5.70514403384	4.39570289345	4.6475958904	-3.94172249423	4.50013948415	0.80384063046	0.298579735338	-0.361289618444	-0.667192363101	-0.247868599465	0.411085419727	0.269151742935	-0.650817338937	-0.42395063824	0.588183536064	0.0032931710241	-0.0192280309218	0.492958571507	-0.0574569604774	0.533490009095	1.78514227786	50.8829086977	49.6244133572
50	6.26416430029	-2.84556847317	-2.82664503115	2.09977289954	1.42162003416	2.13280467979	0.586650867163	-1.68346554287	-0.134333759696	1.09144898164	-0.0469048570292	-0.0441468092376	1.49793636856	0.134386026812	-0.496234787321	0.809201463498	-0.141327964451	-0.0900183827024	0.715321374283	0.0565419720503	0.843734635231	6.01543997482	40.5475841062	58.9231674372
51	6.77246595397	0.975715727042	3.18971904989	8.95399093755	-3.05678378479	3.31635907022	0.172352093619	-1.05646777684	-0.538236529271	0.510196938449	0.366730667094	0.357231047551	0.973905744066	-0.0728730109406	-0.652696367829	0.549082046815	-0.0254651009135	-0.103568428027	0.768003513188	-0.132873683441	0.551552280541	5.86504719908	37.2605116253	49.2684722797
52	2.96729315191	0.944473963556	3.07621869503	7.69062494369	2.63286546252	3.74359254441	0.326450734128	-0.921184195129	-0.470217377833	-0.0906005744943	-0.197538487137	1.49553800914	0.14242274463	-0.680844803771	-0.0712711323892	0.455999011721	-0.0372996550309	0.0555515109754	0.759827108752	0.0433839060839	0.826889153537	0.787486190648	45.9002341577	45.2593083998
53	5.2546245987	3.63276010168	5.15797940207	8.9333284426	4.76382393925	7.02060288114	-0.262156884141	0.533585264017	0.641700730317	0.325552865518	0.298594620267	0.0884954609442	-0.733676628847	1.2564875604	-0.309574751786	0.53108244837	-0.15247280072	0.142807711428	0.825053679151	-0.111121921383	0.59328504311	10.9642210357	50.0064665069	48.5057420417

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 7 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 8 through 31 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 32 through 82 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 83 through 98 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 99 through 119 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 1 through 7 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 8 through 17 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 18 through 31 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 32 through 39 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 40 through 51 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 52 through 82 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 83 through 98 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 99 through 118 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 2 through 17 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 18 through 31 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 32 through 51 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 52 through 82 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 83 through 99 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 100 through 117 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 1 through 7 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 8 through 24 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 25 through 31 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 32 through 39 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 40 through 51 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 52 through 66 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 67 through 72 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 73 through 82 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 83 through 99 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 100 through 111 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 112 through 118 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'E' and (resid 2 through 24 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'E' and (resid 25 through 31 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'E' and (resid 32 through 45 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'E' and (resid 46 through 82 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'E' and (resid 83 through 99 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'E' and (resid 100 through 118 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'F' and (resid 2 through 31 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'F' and (resid 32 through 61 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'F' and (resid 62 through 72 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'F' and (resid 73 through 118 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'G' and (resid -1 through 24 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'G' and (resid 25 through 31 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'G' and (resid 32 through 82 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'G' and (resid 83 through 119 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'H' and (resid 1 through 7 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'H' and (resid 8 through 24 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'H' and (resid 25 through 31 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'H' and (resid 32 through 39 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'H' and (resid 40 through 51 )
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'H' and (resid 52 through 60 )
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'H' and (resid 61 through 82 )
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'H' and (resid 83 through 98 )
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'H' and (resid 99 through 118 )

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