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- PDB-7t6i: Crystal structure of HLA-DP1 in complex with pp65 peptide in reve... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7t6i
タイトルCrystal structure of HLA-DP1 in complex with pp65 peptide in reverse orientation
要素
  • HLA class II histocompatibility antigen DP alpha chain
  • MHC class II antigen
  • pp65 peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / Antigen presentation (抗原提示)
機能・相同性
機能・相同性情報


viral tegument / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / MHC class II protein complex / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / 獲得免疫系 / host cell cytoplasm / membrane => GO:0016020 / endosome membrane / lysosomal membrane ...viral tegument / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / MHC class II protein complex / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / 獲得免疫系 / host cell cytoplasm / membrane => GO:0016020 / endosome membrane / lysosomal membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell nucleus
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus UL82/UL83 / Betaherpesvirus UL82/83 protein N terminus / dUTPase-like superfamily / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal ...Herpesvirus UL82/UL83 / Betaherpesvirus UL82/83 protein N terminus / dUTPase-like superfamily / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
グリシン / 65 kDa phosphoprotein / HLA class II histocompatibility antigen DP alpha chain / MHC class II antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human cytomegalovirus (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Lim, J.J. / Reid, H. / Rossjohn, J.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC) オーストラリア
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Human T cells recognize HLA-DP-bound peptides in two orientations.
著者: Klobuch, S. / Lim, J.J. / van Balen, P. / Kester, M.G.D. / de Klerk, W. / de Ru, A.H. / Pothast, C.R. / Jedema, I. / Drijfhout, J.W. / Rossjohn, J. / Reid, H.H. / van Veelen, P.A. / ...著者: Klobuch, S. / Lim, J.J. / van Balen, P. / Kester, M.G.D. / de Klerk, W. / de Ru, A.H. / Pothast, C.R. / Jedema, I. / Drijfhout, J.W. / Rossjohn, J. / Reid, H.H. / van Veelen, P.A. / Falkenburg, J.H.F. / Heemskerk, M.H.M.
履歴
登録2021年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class II histocompatibility antigen DP alpha chain
B: MHC class II antigen
C: pp65 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8488
ポリマ－45,0473
非ポリマー8015
水3,441191
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8450 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area18280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.360, 62.364, 72.796
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.523, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen DP alpha chain / HLA-DPA1 protein / HLA-DPA1*02:01:01:NEW / MHC class II antigen


分子量: 21020.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DPA1
発現宿主: Insect expression vector pBlueBacmsGCA1His (その他)
参照: UniProt: Q95HB9
#2: タンパク質 MHC class II antigen


分子量: 22173.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DPB1, DPB1
発現宿主: Insect expression vector pBlueBacmsGCB1His (その他)
参照: UniProt: S6B6U4

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タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 4分子 C

#3: タンパク質・ペプチド pp65 peptide / pp65 / 65 kDa matrix phosphoprotein / Phosphoprotein UL83 / Tegument protein UL83


分子量: 1853.148 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 142-158 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human cytomegalovirus (strain AD169) (ヘルペスウイルス)
参照: UniProt: P06725
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 193分子

#5: 化合物 ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシン / グリシン


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO2
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.48 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M Sodium Cacodylate pH 6.5 25% w/v PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→45.04 Å / Num. obs: 22454 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 33.02 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.255 / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / Num. unique obs: 2175 / CC1/2: 0.956

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3WEX

3wex


解像度: 2.3→43.91 Å / SU ML: 0.2547 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 22.8108
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.224 1076 4.79 %
Rwork0.1809 21372 -
obs0.183 22448 99.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 37.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→43.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3032 0 50 191 3273
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00393165
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.56944317
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044476
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041563
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.713430
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.40.30831340.23142643X-RAY DIFFRACTION99.14
2.4-2.530.25381440.20662617X-RAY DIFFRACTION99.28
2.53-2.690.23381040.20832682X-RAY DIFFRACTION99.36
2.69-2.90.24951160.20962674X-RAY DIFFRACTION99.54
2.9-3.190.25261280.20782679X-RAY DIFFRACTION99.72
3.19-3.650.24191480.1832668X-RAY DIFFRACTION99.75
3.65-4.60.19691530.14772663X-RAY DIFFRACTION99.89
4.6-43.910.18741490.16132746X-RAY DIFFRACTION99.86

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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