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- PDB-7t5w: Structure of E. coli CapH C-terminal domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7t5w
タイトルStructure of E. coli CapH C-terminal domain
要素Helix-turn-helix domain-containing protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / helix turn helix / HTH / DdrO
機能・相同性Helix-turn-helix domain / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / cytosol / Helix-turn-helix domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Lau, R.K. / Corbett, K.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21 AI148814 米国
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2022
タイトル: A conserved signaling pathway activates bacterial CBASS immune signaling in response to DNA damage.
著者: Lau, R.K. / Enustun, E. / Gu, Y. / Nguyen, J.V. / Corbett, K.D.
履歴
登録2021年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年11月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Helix-turn-helix domain-containing protein
B: Helix-turn-helix domain-containing protein
C: Helix-turn-helix domain-containing protein
D: Helix-turn-helix domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1114
ポリマ－21,1114
非ポリマー00
水1,08160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4840 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area9950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.023, 39.855, 46.256
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.731, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
Helix-turn-helix domain-containing protein / Helix-turn-helix transcriptional regulator / Transcriptional regulator / XRE family transcriptional regulator


分子量: 5277.855 Da / 分子数: 4 / 断片: C-terminal residues 67-107 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: nadR_1, BHS87_27750, D9K17_19515, GRQ19_13110, HV109_14215, NCTC13216_00230
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1X1LKI5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Sodium Citrate pH 3.0, 1.6 M LiSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.00004 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00004 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→100 Å / Num. obs: 15936 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 31.13 Å2 / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 26.2
反射 シェル解像度: 1.75→1.78 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 768 / CC1/2: 0.631 / Rpim(I) all: 0.45 / Rrim(I) all: 0.784

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7T5V

7t5v


解像度: 1.75→45.72 Å / SU ML: 0.2478 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 28.585
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.237 709 4.45 %
Rwork0.2098 15208 -
obs0.2112 15917 98.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 37.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→45.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1259 0 0 60 1319
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01011283
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.00121715
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0462174
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0096230
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5979503
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.75-1.890.31231390.28612900X-RAY DIFFRACTION95.51
1.89-2.080.25621270.2113064X-RAY DIFFRACTION99.59
2.08-2.380.23241370.20853050X-RAY DIFFRACTION99.41
2.38-30.22641330.22363078X-RAY DIFFRACTION99.69
3-45.720.23421730.19783116X-RAY DIFFRACTION99.43
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.50649018205-0.4910321666670.3039759437840.956227011017-0.1360685039961.99782470814-0.0150665750004-0.159566548137-0.0690985061680.03549040623540.02355961136020.08465948200370.0347429615403-0.126931896856-1.05493456726E-50.234844743317-0.007332537567820.005201596941930.225323996987-0.003633387546860.2435719865174.190158652091.7236572010710.3676971791
22.42695069196-0.55059129647-1.185377644851.537705124410.961640786913.206243132280.0965855391840.2760771953420.00566095482881-0.145675102813-0.0490948917687-0.0278914367803-0.220179501493-0.07094435054080.005166976257860.2556293325910.039768982225-0.007899182550310.2614502735670.01470609553020.24838100426816.678311882-0.432285513735-10.2331072614
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain A or chain BA - BA - B70 - 1051 - 41
22chain C or chain DC - DC - D67 - 1061 - 37

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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