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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7t5w | ||||||
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タイトル | Structure of E. coli CapH C-terminal domain | ||||||
![]() | Helix-turn-helix domain-containing protein | ||||||
![]() | DNA BINDING PROTEIN / helix turn helix / HTH / DdrO | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lau, R.K. / Corbett, K.D. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A conserved signaling pathway activates bacterial CBASS immune signaling in response to DNA damage. 著者: Lau, R.K. / Enustun, E. / Gu, Y. / Nguyen, J.V. / Corbett, K.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 121.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 79.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7t5tC ![]() 7t5uC ![]() 7t5vSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
実験データセット #1 | データ参照: ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5277.855 Da / 分子数: 4 / 断片: C-terminal residues 67-107 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: nadR_1, BHS87_27750, D9K17_19515, GRQ19_13110, HV109_14215, NCTC13216_00230 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.26 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Sodium Citrate pH 3.0, 1.6 M LiSO4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.00004 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→100 Å / Num. obs: 15936 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 31.13 Å2 / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 26.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.78 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 768 / CC1/2: 0.631 / Rpim(I) all: 0.45 / Rrim(I) all: 0.784 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7T5V 解像度: 1.75→45.72 Å / SU ML: 0.2478 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 28.585 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.08 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→45.72 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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