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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7t5s | ||||||
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タイトル | P. aeruginosa LpxA in complex with ligand H16 | ||||||
要素 | Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Lpxa / lipid A / LPS / lipopolysaccharide / UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase / acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase activity / lipid A biosynthetic process / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa PA7 (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Sacco, M. / Chen, Y. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2022 タイトル: Structure-Based Ligand Design Targeting Pseudomonas aeruginosa LpxA in Lipid A Biosynthesis. 著者: Sacco, M.D. / Defrees, K. / Zhang, X. / Lawless, W. / Nwanochie, E. / Balsizer, A. / Darch, S.E. / Renslo, A.R. / Chen, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7t5s.cif.gz | 298.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7t5s.ent.gz | 243.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7t5s.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7t5s_validation.pdf.gz | 2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7t5s_full_validation.pdf.gz | 2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7t5s_validation.xml.gz | 54.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7t5s_validation.cif.gz | 70.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t5/7t5s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t5/7t5s | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28048.730 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PA7 (緑膿菌) 株: PA7 / 遺伝子: lpxA, PSPA7_1495 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A6V1E4, acyl-[acyl-carrier-protein]-UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase #2: 化合物 | ChemComp-F3R / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.69 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 12% PEG 1,000, 0.2 M CaOAc, 0.1 M imidazole pH7 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.6888 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月27日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.6888 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3→45.46 Å / Num. obs: 25934 / % possible obs: 86.7 % / 冗長度: 4.1 % / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.141 / Rpim(I) all: 0.07 / Rrim(I) all: 0.159 / Net I/σ(I): 5.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6ueg 解像度: 3→45.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / SU B: 24.268 / SU ML: 0.413 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.579 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 152.63 Å2 / Biso mean: 52.365 Å2 / Biso min: 23.61 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3→45.46 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3→3.078 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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