PDB-7t5j: Crystal Structure of Strictosidine Synthase in complex with S-IPA...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7t5j

タイトル

Crystal Structure of Strictosidine Synthase in complex with S-IPA (2-(1H-indol-3-yl) propan-1-amine)

要素

Strictosidine synthase

キーワード

LYASE / ALKALOID METABOLISM / SIX BLADED BETA PROPELLER FOLD / STR1 / VACUOLE / SYNTHASE / GLYCOPROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

strictosidine synthase / strictosidine synthase activity / alkaloid metabolic process / vacuole / biosynthetic process / endomembrane system / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Rauvolfia serpentina (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.86 Å

データ登録者

Liu, H. / Panjikar, S. / Futamura, Y. / Shao, N. / Osada, H. / Zou, H.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: beta-Branched Tryptamine Provoked Non Sandwich-Like-Mode Catalysis of Strictosidine Synthase to Antimalarial Indole Alkaloids
著者: Liu, H. / Panjikar, S. / Futamura, Y. / Shao, N. / Osada, H. / Zou, H.

履歴

登録	2021年12月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年12月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7t5j.cif.gz	254.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7t5j.ent.gz	206.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7t5j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7t5j_validation.pdf.gz	814.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7t5j_full_validation.pdf.gz	825.7 KB	表示
XML形式データ	7t5j_validation.xml.gz	23.5 KB	表示
CIF形式データ	7t5j_validation.cif.gz	31.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t5/7t5j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t5/7t5j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2fp8S 7l1l PDB 未公開エントリ 7l1n PDB 未公開エントリ 7l1o PDB 未公開エントリ S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Strictosidine synthase

B: Strictosidine synthase

ヘテロ分子

70.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Strictosidine synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Monomer
35.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Strictosidine synthase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	151.216, 151.216, 122.088
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(-0.760217, -0.093004, 0.642978), (0.040366, -0.99455, -0.096131), (0.648414, -0.047126, 0.759828)	71.19231, 40.11897, -28.1363

#1: タンパク質	Strictosidine synthase 分子量: 35207.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rauvolfia serpentina (植物) / 遺伝子: STR1 / プラスミド: PQE-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68175, strictosidine synthase
#2: 化合物	ChemComp-XLJ / (2S)-2-(1H-indol-3-yl)propan-1-amine 分子量: 174.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₄N₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.47 % / 解説: Hexagonal
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.8 M POTASSIUM SODIUM TARTRATE TETRAHYDRATE AND 0.1 M HEPES, PH 7.4, 5 MG/ML STRICTOSIDINE and 3 mM S-IPA (2-(1H-indol-3-yl) propan-1-amine)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年7月12日 / 詳細: DCM
放射	モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.86→20 Å / Num. obs: 22563 / % possible obs: 93.8 % / 冗長度: 5 % / B_iso Wilson estimate: 80.97 Å² / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.122 / R_pim(I) all: 0.06 / R_rim(I) all: 0.136 / Net I/σ(I): 8
反射シェル	解像度: 2.86→3.02 Å / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.628 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 3456 / CC_1/2: 0.93 / R_pim(I) all: 0.439 / R_rim(I) all: 0.698 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
Auto-Rickshaw		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2FP8

2fp8

解像度: 2.86→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 34.356 / SU ML: 0.295 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.802 / ESU R Free: 0.314 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22198	908	4.1 %	RANDOM
R_work	0.17544	-	-	-
obs	0.17756	21375	92.63 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 85.89 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.62 Å²	1.31 Å²	0 Å²
2-	-	2.62 Å²	0 Å²
3-	-	-	-8.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.86→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4812	0	13	7	4832

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.012	4960
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.355	1.634	6751
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.647	5	608
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.328	23.71	248
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.974	15	778
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.743	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	629
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3868
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.806	5.274	2438
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.545	9.888	3044
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.249	5.461	2522
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.831	72.982	7050
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.86→2.933 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.375	74	-
R_work	0.313	1599	-
obs	-	-	95.22 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.048	-0.9449	0.9249	2.5505	-0.3265	3.7264	-0.0563	0.043	-0.1542	-0.0909	0.1183	0.2436	0.3447	-0.4303	-0.062	0.2305	-0.1133	-0.0495	0.2624	0.0259	0.0332	20.1066	29.9383	-8.6404
2	4.4072	2.5018	-0.5063	6.8536	0.6584	3.6145	-0.0726	-0.1568	0.3305	-0.1732	0.1394	0.3453	-0.3213	-0.4277	-0.0668	0.1635	0.0864	-0.0495	0.4138	0.0568	0.1102	13.7175	43.6223	0.6937
3	4.3412	-0.5564	-0.6571	3.5995	1.2547	2.7291	-0.1498	-0.2483	0.1485	0.061	0.2488	0.1014	0.1252	-0.2333	-0.099	0.1679	-0.0219	-0.04	0.2988	0.0165	0.0216	24.5235	35.9803	11.1815
4	0.6872	-0.7375	1.301	3.4688	-0.7089	6.2128	-0.0325	-0.1049	0.1387	0.1682	-0.4509	-0.3958	-0.1288	0.6804	0.4834	0.2484	-0.0358	0.0036	0.4639	0.035	0.2573	34.2114	28.9542	1.0151
5	4.7985	-0.0147	0.0226	4.2189	2.8146	6.8483	-0.243	0.2391	0.1328	-0.1177	0.1064	0.3082	-0.1974	0.1861	0.1366	0.3065	-0.0175	-0.0411	0.1417	0.0702	0.1428	45.6432	18.0228	-13.9513
6	3.8987	-1.4045	1.3339	1.0747	-0.2231	4.2356	0.1062	0.6542	-0.6066	-0.0895	-0.004	-0.1129	0.2715	0.7308	-0.1023	0.3736	0.0306	-0.0257	0.4829	-0.0715	0.3933	61.6504	5.7992	-12.7589
7	7.7728	-1.4474	1.0757	0.4152	0.517	3.976	0.3725	0.1043	-0.14	-0.1231	-0.0634	-0.0357	0.1546	-0.0313	-0.3091	0.6057	-0.0139	-0.0188	0.4303	0.0898	0.5372	47.0948	-6.2875	3.1304
8	6.233	-3.9624	2.8306	3.2866	-0.2031	4.7624	0.0994	-0.2658	-0.308	0.188	0.0926	0.142	0.3687	-0.1968	-0.192	0.3923	-0.0277	-0.0222	0.25	0.1187	0.126	53.1727	11.599	2.4961

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	32 - 157
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	158 - 209
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	210 - 319
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	320 - 333
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	32 - 92
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	93 - 270
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	271 - 280
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	281 - 333

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関連情報:EMDBヘッダ

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