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- PDB-7t4j: Crystal Structure of EGFR_D770_N771insNPG/V948R in complex with T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7t4j
タイトルCrystal Structure of EGFR_D770_N771insNPG/V948R in complex with TAK-788
要素Epidermal growth factor receptor
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE Inhibitor / Kinase / Inhibitor / covalent / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Complex I biogenesis / Respiratory electron transport / : / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / aerobic respiration / electron transfer activity / mitochondrial inner membrane
類似検索 - 分子機能
NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / Zinc finger, CHCC-type / Zinc-finger domain
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Chem-R28 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Skene, R.J. / Lane, W. / Hu, Y.
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2022
タイトル: Discovery of mobocertinib, a potent, oral inhibitor of EGFR exon 20 insertion mutations in non-small cell lung cancer.
著者: Huang, W.S. / Li, F. / Gong, Y. / Zhang, Y. / Youngsaye, W. / Xu, Y. / Zhu, X. / Greenfield, M.T. / Kohlmann, A. / Taslimi, P.M. / Toms, A. / Zech, S.G. / Zhou, T. / Das, B. / Jang, H.G. / ...著者: Huang, W.S. / Li, F. / Gong, Y. / Zhang, Y. / Youngsaye, W. / Xu, Y. / Zhu, X. / Greenfield, M.T. / Kohlmann, A. / Taslimi, P.M. / Toms, A. / Zech, S.G. / Zhou, T. / Das, B. / Jang, H.G. / Tugnait, M. / Ye, Y.E. / Gonzalvez, F. / Baker, T.E. / Nadworny, S. / Ning, Y. / Wardwell, S.D. / Zhang, S. / Gould, A.E. / Hu, Y. / Lane, W. / Skene, R.J. / Zou, H. / Clackson, T. / Narasimhan, N.I. / Rivera, V.M. / Dalgarno, D.C. / Shakespeare, W.C.
履歴
登録2021年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Epidermal growth factor receptor
B: Epidermal growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,9977
ポリマ－75,3752
非ポリマー1,6225
水1,71195
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.121, 85.531, 127.854
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1238-

HOH

21B-1239-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Epidermal growth factor receptor / Proto-oncogene c-ErbB-1 / Receptor tyrosine-protein kinase erbB-1


分子量: 37687.520 Da / 分子数: 2 / 変異: V948R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EGFR, ERBB, ERBB1, HER1
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: P00533, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-R28 / propan-2-yl 2-[[4-[2-(dimethylamino)ethyl-methyl-amino]-2-methoxy-5-(propanoylamino)phenyl]amino]-4-(1-methylindol-3-yl)pyrimidine-5-carboxylate / Mobocertinib, bound form


分子量: 587.712 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H41N7O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 阻害剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% PEG 8000, 200mM Ammonium Citrate, 100mM MES pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→48.12 Å / Num. obs: 33163 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.108 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.2-2.277.23.0742027728240.5041.2223.3130.7100
9.07-48.0760.025333855910.0110.02858.399.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
REFMAC5.8.0257精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7LGS

7lgs


解像度: 2.2→48.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 28.851 / SU ML: 0.301 / SU R Cruickshank DPI: 0.3055 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.306 / ESU R Free: 0.24 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2775 1689 5.1 %RANDOM
Rwork0.2244 ---
obs0.2271 31388 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 181.03 Å2 / Biso mean: 76.126 Å2 / Biso min: 35.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.79 Å2-0 Å20 Å2
2--2.27 Å2-0 Å2
3----0.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→48.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4470 0 116 95 4681
Biso mean--80.13 92.06 -
残基数----557
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0124688
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5151.6616337
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6145552
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.98121.946221
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.91315854
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.0541529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2590
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023582
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.41 120 -
Rwork0.418 2255 -
all-2375 -
obs--98.51 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4437-0.3880.01981.9434-0.22671.3415-0.11130.152-0.00110.44740.0616-0.0854-0.19760.1120.04970.8212-0.0463-0.08390.09060.02890.6687-1.607-37.7415.661
20.7829-0.1390.17783.5672-1.03291.54680.0392-0.03190.0341-0.3957-0.126-0.08520.21120.18510.08690.65730.06450.0550.13260.02050.494224.569-36.59446.118
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A701 - 790
2X-RAY DIFFRACTION1A791 - 987
3X-RAY DIFFRACTION1A1101
4X-RAY DIFFRACTION2B701 - 790
5X-RAY DIFFRACTION2B791 - 987
6X-RAY DIFFRACTION2B1101

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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