[日本語] English
万見
- PDB-7t1q: Crystal Structure of the Succinyl-diaminopimelate Desuccinylase (... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7t1q
タイトルCrystal Structure of the Succinyl-diaminopimelate Desuccinylase (DapE) from Acinetobacter baumannii in complex with Succinic Acid
要素Succinyl-diaminopimelate desuccinylase
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / DapE
機能・相同性
機能・相同性情報


succinyl-diaminopimelate desuccinylase / succinyl-diaminopimelate desuccinylase activity / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / cobalt ion binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Succinyl-diaminopimelate desuccinylase, proteobacteria / Peptidase M20, dimerisation domain / Bacterial exopeptidase dimerisation domain / Peptidase dimerisation domain / Peptidase M20 / Peptidase family M20/M25/M40
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / TRIETHYLENE GLYCOL / SUCCINIC ACID / Succinyl-diaminopimelate desuccinylase
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii ATCC 17978 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Minasov, G. / Shuvalova, L. / Brunzelle, J.S. / Dubrovska, I. / Pshenychnyi, S. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Succinyl-diaminopimelate Desuccinylase (DapE) from Acinetobacter baumannii in complex with Succinic Acid.
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Brunzelle, J.S. / Dubrovska, I. / Pshenychnyi, S. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2021年12月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月1日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.pdbx_collection_date
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Succinyl-diaminopimelate desuccinylase
B: Succinyl-diaminopimelate desuccinylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,70411
ポリマ－82,9382
非ポリマー7669
水6,233346
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6390 Å2
ΔGint-159 kcal/mol
Surface area28040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.323, 103.460, 145.157
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Succinyl-diaminopimelate desuccinylase / SDAP desuccinylase / N-succinyl-LL-2 / 6-diaminoheptanedioate amidohydrolase


分子量: 41468.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii ATCC 17978 (バクテリア)
株: ATCC 17978 / CIP 53.77 / LMG 1025 / NCDC KC755 / 5377 / 遺伝子: dapE, A1S_2810 / プラスミド: pMCSG92 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Magic
参照: UniProt: A3M8H2, succinyl-diaminopimelate desuccinylase

-
非ポリマー , 5種, 355分子

#2: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 346 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.6 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: Protein: 10.6 mg/ml, 0.15M Sodium chloride, 0.01M Tris pH 8.3, 2mM N6-Me-L,L-SDAP; Screen: Classics II (D5), 0.1M Sodium acetate pH 4.5, 25% (w/v) PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97848 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月17日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97848 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→30 Å / Num. obs: 50400 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.2 % / Biso Wilson estimate: 45.5 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.145 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.151 / Rsym value: 0.145 / Χ2: 1.068 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル解像度: 2.25→2.29 Å / 冗長度: 12.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 2507 / CC1/2: 0.756 / CC star: 0.928 / Rpim(I) all: 0.607 / Χ2: 1.009 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5uej

5uej


解像度: 2.25→29.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 14.067 / SU ML: 0.177 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.226 / ESU R Free: 0.194 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2331 2458 5 %RANDOM
Rwork0.1878 ---
obs0.19 47108 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 155.64 Å2 / Biso mean: 53.815 Å2 / Biso min: 22.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.81 Å2-0 Å20 Å2
2--0.49 Å2-0 Å2
3----5.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.25→29.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5772 0 38 350 6160
Biso mean--62.9 49.68 -
残基数----752
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0135980
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0155578
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3521.6428133
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.3611.57412856
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.1125758
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg23.93223.389301
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg7.64515930
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.051530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.2796
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0520.026884
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0470.021308
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.308 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 159 -
Rwork0.346 3441 -
all-3600 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1437-0.22731.03972.278-0.14023.4748-0.02220.68430.2982-0.00930.03850.0329-0.42750.2075-0.01640.0722-0.0061-0.00520.32150.04490.2016-34.91126.38712.167
21.94890.00160.50121.3669-0.37283.20480.01570.485-0.0068-0.01320.04750.15580.0313-0.1572-0.06320.00920.0216-0.01990.2193-0.0120.104-39.19718.88512.673
34.5819-0.4572-3.87090.83881.03323.9311-0.3276-0.1663-0.08530.2040.07870.10930.5770.1860.24890.48220.1041-0.01780.21870.00290.1961-17.885-5.2612.276
41.6192-0.29891.06941.1481-0.46433.43440.12510.3347-0.221-0.06660.01170.34990.2723-0.5442-0.13680.0846-0.0311-0.04630.3166-0.05110.232-45.23312.49313.48
51.69140.1143-0.77411.54520.55423.51130.0573-0.11150.4290.05420.3594-0.4858-0.18690.4771-0.41660.0392-0.0132-0.01390.1501-0.1130.339311.68910.168-27.532
61.034-0.0856-0.32641.83740.62892.9826-0.0239-0.15930.21870.08950.2713-0.4115-0.06180.4976-0.24740.13020.0059-0.06440.1634-0.08450.234811.6162.489-26.423
73.5638-1.6211-4.28591.60192.13425.2589-0.08230.8421-0.19760.09-0.23050.03460.1465-1.02060.31280.30590.0405-0.07470.5264-0.06910.1891-18.883-5.633-16.649
80.4670.0096-0.23370.76630.23323.9615-0.1282-0.09480.06580.09950.2214-0.33840.06360.5022-0.09320.18940.0712-0.09580.172-0.07130.203910.131-6.571-27.63
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 78
2X-RAY DIFFRACTION2A79 - 180
3X-RAY DIFFRACTION3A181 - 290
4X-RAY DIFFRACTION4A291 - 378
5X-RAY DIFFRACTION5B4 - 76
6X-RAY DIFFRACTION6B77 - 175
7X-RAY DIFFRACTION7B176 - 284
8X-RAY DIFFRACTION8B285 - 378

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る