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万見
- PDB-7t1f: Crystal structure of GDP-bound T50I mutant of human KRAS4B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7t1f
タイトルCrystal structure of GDP-bound T50I mutant of human KRAS4B
要素Isoform 2B of GTPase KRas
キーワードONCOPROTEIN / KRAS / RAS / T50I / KRAS4B / K-RAS
機能・相同性small monomeric GTPase / Ca2+ pathway / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Isoform 2B of GTPase KRas
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Zhang, Y. / Zhang, C.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: JCI Insight / 年: 2023
タイトル: Structural and functional analyses of a germline KRAS T50I mutation provide insights into Raf activation.
著者: Chen, P.Y. / Huang, B.J. / Harris, M. / Boone, C. / Wang, W. / Carias, H. / Mesiona, B. / Mavrici, D. / Kohler, A.C. / Bollag, G. / Zhang, C. / Zhang, Y. / Shannon, K.
履歴
登録2021年12月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22023年12月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform 2B of GTPase KRas
B: Isoform 2B of GTPase KRas
C: Isoform 2B of GTPase KRas
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,44910
ポリマ－58,0233
非ポリマー1,4277
水3,297183
1
A: Isoform 2B of GTPase KRas
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8083
ポリマ－19,3411
非ポリマー4682
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Isoform 2B of GTPase KRas
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8083
ポリマ－19,3411
非ポリマー4682
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Isoform 2B of GTPase KRas
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8334
ポリマ－19,3411
非ポリマー4923
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.110, 70.110, 337.610
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1 through 59 or resid 68 through 117 or resid 119 through 169))
21(chain B and (resid 1 through 59 or resid 68 through 117 or resid 119 through 169))
31(chain C and (resid 1 through 59 or resid 68 through 117 or resid 119 through 169))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 1 through 59 or resid 68 through 117 or resid 119 through 169))A1 - 59
121(chain A and (resid 1 through 59 or resid 68 through 117 or resid 119 through 169))A68 - 117
131(chain A and (resid 1 through 59 or resid 68 through 117 or resid 119 through 169))A119 - 169
211(chain B and (resid 1 through 59 or resid 68 through 117 or resid 119 through 169))B1 - 59
221(chain B and (resid 1 through 59 or resid 68 through 117 or resid 119 through 169))B68 - 117
231(chain B and (resid 1 through 59 or resid 68 through 117 or resid 119 through 169))B119 - 169
311(chain C and (resid 1 through 59 or resid 68 through 117 or resid 119 through 169))C1 - 59
321(chain C and (resid 1 through 59 or resid 68 through 117 or resid 119 through 169))C68 - 117
331(chain C and (resid 1 through 59 or resid 68 through 117 or resid 119 through 169))C119 - 169

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要素

#1: タンパク質 Isoform 2B of GTPase KRas / K-Ras 2 / Ki-Ras / c-K-ras / c-Ki-ras


分子量: 19340.865 Da / 分子数: 3 / 変異: T50I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KRAS, KRAS2, RASK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01116-2, small monomeric GTPase
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.41 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M calcium chloride and 20% PEG3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11584 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11584 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→49.289 Å / Num. obs: 26221 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 29.2 % / Rrim(I) all: 0.174 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル
解像度 (Å)Num. unique obsRrim(I) allDiffraction-ID
2.2-2.2618941.3341
2.26-2.3218121.1641
2.32-2.3917831.051
2.39-2.4617270.91

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LDJ

4ldj


解像度: 2.2→49.289 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2499 1747 6.66 %
Rwork0.2106 24474 -
obs0.2132 26221 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 96.77 Å2 / Biso mean: 38.0422 Å2 / Biso min: 10.12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→49.289 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3886 0 88 183 4157
Biso mean--28.03 37.27 -
残基数----487
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054102
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8615549
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053622
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005707
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4592484
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2344X-RAY DIFFRACTION12.407TORSIONAL
12B2344X-RAY DIFFRACTION12.407TORSIONAL
13C2344X-RAY DIFFRACTION12.407TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.2-2.26470.31461410.25641982
2.2647-2.33780.31681420.24011984
2.3378-2.42140.27981410.24171973
2.4214-2.51830.31311410.24381984
2.5183-2.63290.28021430.22891987
2.6329-2.77180.27351430.23692011
2.7718-2.94540.28941430.22092013
2.9454-3.17280.23111450.22242026
3.1728-3.4920.23391460.19782041
3.492-3.99710.23941470.18932060
3.9971-5.03510.18971510.16822126
5.0351-49.280.24951640.2222287
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.2355-0.6311-0.37543.0913-0.14143.44870.03710.0274-0.10510.0932-0.00150.21140.1333-0.1605-0.00840.16520.0052-0.01330.15360.01020.14473.40427.80716.118
26.0579-1.85310.01555.9696-0.34542.5595-0.03120.5221-0.4589-0.35180.03060.22040.3358-0.0233-0.01410.2075-0.0311-0.00310.2395-0.03270.19770.78713.842-13.126
34.25461.0120.34465.0206-0.43142.91390.14780.2006-0.3533-0.0358-0.0125-0.42550.06910.2943-0.15850.22510.0192-0.0390.2169-0.00510.19741.10252.266-13.385
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 1:169 )A1 - 169
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 1:169 )B1 - 169
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN C AND RESID 1:168 )C1 - 168

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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