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- PDB-7t08: Cryptococcus neoformans protein farnesyltransferase in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7t08
タイトルCryptococcus neoformans protein farnesyltransferase in complex with FPP and inhibitor 2q
要素
  • Protein farnesyltransferase subunit beta
  • Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Inhibitor / Antifungal / TRANSFERASE / TRANSFERASE-Inhibitor complex / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


prenylation / protein prenyltransferase activity / protein geranylgeranyltransferase type I / protein farnesyltransferase / protein farnesyltransferase activity / protein farnesyltransferase complex / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Protein farnesyltransferase subunit beta / Prenyltransferase subunit beta / Protein prenyltransferase, alpha subunit / Protein prenyltransferase alpha subunit repeat / Protein prenyltransferases alpha subunit repeat profile. / PFTB repeat / Prenyltransferase and squalene oxidase repeat / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3FX / FARNESYL DIPHOSPHATE / Chem-XO1 / Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha / Protein farnesyltransferase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.803 Å
データ登録者Wang, Y. / Shi, Y. / Beese, L.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)5P01AI104533 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Structure-Guided Discovery of Potent Antifungals that Prevent Ras Signaling by Inhibiting Protein Farnesyltransferase.
著者: Wang, Y. / Xu, F. / Nichols, C.B. / Shi, Y. / Hellinga, H.W. / Alspaugh, J.A. / Distefano, M.D. / Beese, L.S.
履歴
登録2021年11月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha
B: Protein farnesyltransferase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,94765
ポリマ－97,7202
非ポリマー5,22763
水12,124673
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19930 Å2
ΔGint122 kcal/mol
Surface area30150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)141.915, 141.915, 130.226
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-675-

HOH

21B-1082-

HOH

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha / Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha / variant


分子量: 40913.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (strain H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487) (菌類)
株: H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487 / 遺伝子: CNAG_02229 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: J9VSJ6
#2: タンパク質 Protein farnesyltransferase subunit beta / FTase-beta


分子量: 56806.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (strain H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487) (菌類)
株: H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487 / 遺伝子: CNAG_05740 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: T2BPA1, protein farnesyltransferase

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非ポリマー , 6種, 736分子

#3: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-3FX / (2R)-3-(cyclohexylamino)-2-hydroxypropane-1-sulfonic acid


分子量: 237.316 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H19NO4S
#6: 化合物 ChemComp-XO1 / 4-{[5-({(2S)-2-butyl-5-oxo-4-[3-(trifluoromethoxy)phenyl]piperazin-1-yl}methyl)-1H-imidazol-1-yl]methyl}-2-fluorobenzonitrile


分子量: 529.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H27F4N5O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-FPP / FARNESYL DIPHOSPHATE / ファルネシル二りん酸


分子量: 382.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H28O7P2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 673 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.34 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100mM CAPSO pH9.5, 50-75mM Li2SO4, 200mM NaCl, 16%-21% PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.803→50.17 Å / Num. obs: 120525 / % possible obs: 98.66 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.984 / CC star: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.1582 / Rpim(I) all: 0.06742 / Rrim(I) all: 0.1723 / Net I/σ(I): 6.79
反射 シェル解像度: 1.803→1.868 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.6034 / Mean I/σ(I) obs: 1.91 / Num. unique obs: 10862 / CC1/2: 0.952 / CC star: 0.988 / Rpim(I) all: 0.2535 / Rrim(I) all: 0.6559 / % possible all: 90.05

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3SFX

3sfx


解像度: 1.803→50.17 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 20.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1936 6069 5.05 %
Rwork0.1751 219084 -
obs0.1761 120482 98.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 109.32 Å2 / Biso mean: 37.8604 Å2 / Biso min: 20.46 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.803→50.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6354 0 336 673 7363
Biso mean--45.64 45.63 -
残基数----801
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.8031-1.82360.32282790.2958514469
1.8236-1.84510.31783700.29397411100
1.8451-1.86760.27953980.27797385100
1.8676-1.89120.27583850.26087399100
1.8912-1.91610.23633840.2357385100
1.9161-1.94230.21294190.21937350100
1.9423-1.97010.23394080.2187422100
1.9701-1.99950.20513640.20787369100
1.9995-2.03070.22213990.20727427100
2.0307-2.0640.20894270.20567302100
2.064-2.09960.18983680.1904725298
2.0996-2.13780.19563790.19067425100
2.1378-2.17890.21673880.18537449100
2.1789-2.22340.18833880.18087381100
2.2234-2.27180.19733720.18787432100
2.2718-2.32460.20764050.18277435100
2.3246-2.38280.21863970.18097398100
2.3828-2.44720.18924190.17797396100
2.4472-2.51920.21943700.18017434100
2.5192-2.60050.18263940.17937417100
2.6005-2.69350.20593980.18147360100
2.6935-2.80130.2234190.18177370100
2.8013-2.92880.16534140.17747419100
2.9288-3.08320.18993410.1753723397
3.0832-3.27640.20464240.17247360100
3.2764-3.52930.18973690.17027436100
3.5293-3.88450.17583730.15287391100
3.8845-4.44650.17334120.14697427100
4.4465-5.60180.16654480.1509726599
5.6018-50.170.18463450.1675721097

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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