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- PDB-7szs: Crystal Structure of Probable GTP-binding protein EngB bound to G... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7szs
タイトルCrystal Structure of Probable GTP-binding protein EngB bound to GDP from Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae
要素Probable GTP-binding protein EngB
キーワードCELL CYCLE / SSGCID / Cell division / Septation / GTP-Binding / Metal-binding / Nucleotide-binding / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


division septum assembly / GTP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
GTP-binding protein, ribosome biogenesis, YsxC / EngB-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / EngB-type guanine nucleotide-binding (G) domain / 50S ribosome-binding GTPase / GTP binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-BUTANEDIOL / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / R-1,2-PROPANEDIOL / Probable GTP-binding protein EngB
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Probable GTP-binding protein EngB bound to GDP from Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae
著者: DeBouver, N.D. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2021年11月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable GTP-binding protein EngB
B: Probable GTP-binding protein EngB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,5577
ポリマ－49,4132
非ポリマー1,1455
水8,521473
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4620 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area18130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.470, 94.070, 56.590
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.600, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Probable GTP-binding protein EngB


分子量: 24706.305 Da / 分子数: 2 / 断片: KlpnC.00252.a.B1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (strain HS11286) (肺炎桿菌)
株: HS11286 / 遺伝子: engB, KPHS_00220 / プラスミド: KlpnC.00252.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3GG62

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非ポリマー , 5種, 478分子

#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-BU1 / 1,4-BUTANEDIOL / 1,4-ブタンジオ-ル


分子量: 90.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#5: 化合物 ChemComp-PGR / R-1,2-PROPANEDIOL / (R)-1,2-プロパンジオ-ル


分子量: 76.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 473 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.31 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: KlpnC.00252.a.B1.PW38989 [Barcode: 321927d12, PuckID: nyh1-5, Cryo: Direct, BEAMLINE: APS21idf, Collected date: 07292021, Concentration: 20 mg/mL] 100 mM Bicine/Trizma base pH 8.5, 12.5% (w/v) ...詳細: KlpnC.00252.a.B1.PW38989 [Barcode: 321927d12, PuckID: nyh1-5, Cryo: Direct, BEAMLINE: APS21idf, Collected date: 07292021, Concentration: 20 mg/mL] 100 mM Bicine/Trizma base pH 8.5, 12.5% (w/v) PEG 1000, 12.5% (w/v) PEG 3350, 12.5% (w/v) MPD, 0.02 M each of [1,6-hexandiol, 1-butanol, 1,2-propanediol, 2-propanol, 1,4-butanediol, 1,3-propanediol]

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2021年10月21日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→47.04 Å / Num. obs: 83437 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.164 % / Biso Wilson estimate: 15.23 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rrim(I) all: 0.062 / Χ2: 0.937 / Net I/σ(I): 14.87 / Num. measured all: 347458 / Scaling rejects: 4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.5-1.544.1250.5052.8225338615261420.8610.58199.8
1.54-1.584.1390.4043.5624844601360030.9110.46599.8
1.58-1.634.1420.344.1524135583058270.9370.39199.9
1.63-1.684.1570.2854.9723660570356920.950.32899.8
1.68-1.734.1650.2286.1222834549254830.9650.26299.8
1.73-1.794.1740.1837.5122189532353160.9760.21199.9
1.79-1.864.1830.149.3721545516551510.9860.16199.7
1.86-1.944.1740.10512.2620647494649460.9920.121100
1.94-2.024.1810.08914.5719797474247350.9930.10299.9
2.02-2.124.1830.07317.5218856452045080.9950.08399.7
2.12-2.244.1890.06220.0818074432543150.9960.07199.8
2.24-2.374.1760.05522.3217041409240810.9960.06399.7
2.37-2.544.1810.04924.6716039384838360.9970.05699.7
2.54-2.744.1830.04426.7914933358635700.9970.05199.6
2.74-34.1760.04128.5413703328932810.9970.04799.8
3-3.354.1820.03731.5912567301930050.9980.04399.5
3.35-3.874.1630.03533.9710898262326180.9980.0499.8
3.87-4.744.1670.03235.659322225122370.9980.03799.4
4.74-6.714.1620.03234.877183173117260.9980.03799.7
6.71-47.043.9930.03135.1538539839650.9980.03698.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.20rc3-4406精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1PUI

1pui


解像度: 1.5→47.04 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.44 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1821 2021 2.42 %
Rwork0.1642 81402 -
obs0.1646 83423 99.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 72.09 Å2 / Biso mean: 21.2786 Å2 / Biso min: 8.26 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→47.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3147 0 73 477 3697
Biso mean--19.76 30.74 -
残基数----406
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.5-1.540.25761450.232457835928
1.54-1.580.22741370.204658135950
1.58-1.630.22791280.194157955923
1.63-1.680.22641730.185357935966
1.68-1.740.16631600.174357585918
1.74-1.810.1981330.174558305963
1.81-1.890.19761300.172258435973
1.89-1.990.19771450.16157855930
1.99-2.110.19341440.154958125956
2.11-2.280.18321470.154658355982
2.28-2.510.15911470.161457865933
2.51-2.870.17851450.166258235968
2.87-3.610.19531500.157258395989
3.62-47.040.14981370.153659076044
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.61570.12750.8923.8948-0.43091.4074-0.06070.2589-0.2702-0.51440.0997-0.01410.1168-0.0995-0.01370.16710.0009-0.01520.0903-0.02460.124810.59418.66441.4845
21.3399-0.2254-0.56750.884-0.44062.5168-0.00940.106-0.1653-0.06690.04740.160.4307-0.3-0.03740.1424-0.0374-0.01040.1180.00020.14548.7999-6.5189.8168
33.4399-1.40310.04582.29810.96841.8902-0.0003-0.0572-0.1427-0.01530.11610.28220.333-0.4921-0.06010.1065-0.0503-0.00160.15250.02430.12951.05842.730614.1156
42.85850.03780.35222.76520.44911.7496-0.0164-0.1058-0.21980.04280.05650.31780.3058-0.2902-0.0630.0948-0.00310.01720.0804-0.00760.14196.5832-4.700611.2912
56.10250.9826-1.07375.588-2.70916.9294-0.042-0.4642-0.62990.2033-0.14230.39060.9068-0.38380.20050.2948-0.03870.02660.15220.01810.249610.8811-16.312715.832
61.0153-0.2328-0.12254.70773.72822.95650.02620.0198-0.0475-0.10330.0609-0.1094-0.12480.1364-0.11310.06760.01930.00340.10160.01360.107615.4843-3.109612.4723
71.1655-0.7905-0.6083.20060.95972.91050.0081-0.0818-0.04270.1283-0.0319-0.0040.08490.07070.01750.0749-0.001-0.01730.10280.01770.09117.399-2.301822.4175
83.3594-3.2427-2.29627.2653.81615.4291-0.2161-0.40490.27250.43830.2629-0.4158-0.0630.3341-0.06060.1646-0.0167-0.0550.17490.00760.162423.64475.392228.3512
93.9357-2.3332-0.25075.30230.25333.4451-0.0558-0.00430.22220.0987-0.0305-0.1733-0.08720.08460.05630.0976-0.0243-0.00830.0730.00780.049716.56216.870920.2601
103.6769-2.6336-2.8126.27474.46193.82350.19070.25580.0278-0.3814-0.0888-0.3799-0.31610.0206-0.170.11110.01540.00850.10770.02290.1318.23325.9374.8292
112.0852-0.5070.46983.8236-2.562.9355-0.2045-0.2503-0.01110.55780.06340.1272-0.2227-0.2410.11840.14530.0081-0.00180.1226-0.0360.11735.798624.932415.057
122.361-0.2427-2.28990.88430.8894.79340.07860.09960.2663-0.1175-0.00650.0723-0.3402-0.187-0.0630.13250.0004-0.02230.11920.00960.148310.154939.33548.3464
133.7139-0.8197-0.5012.00660.1372.8771-0.1050.26470.2045-0.35290.12620.0701-0.3377-0.1817-0.06350.1346-0.0004-0.05180.10490.01630.10376.87229.864-0.1602
143.11940.5665-0.24982.3880.63521.78710.06590.23070.3805-0.2987-0.04590.1561-0.5031-0.1549-0.06130.22370.0418-0.01220.11690.0170.131511.478941.77916.4514
151.08550.0016-0.38221.48510.55481.9932-0.01120.0173-0.0428-0.05550.0191-0.1772-0.03750.1662-0.02080.0812-0.01480.00490.09850.00950.09824.437631.62344.8391
162.4354-1.5799-1.94375.68394.55224.0667-0.0096-0.27270.0130.46540.0048-0.18560.31790.0741-0.03730.1372-0.02-0.0310.12190.00830.114214.13226.650518.0494
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -2 through 16 )A-2 - 16
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 17 through 39 )A17 - 39
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 40 through 65 )A40 - 65
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 66 through 89 )A66 - 89
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 90 through 106 )A90 - 106
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 107 through 118 )A107 - 118
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 119 through 152 )A119 - 152
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 153 through 169 )A153 - 169
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 170 through 186 )A170 - 186
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 187 through 206 )A187 - 206
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid -1 through 16 )B-1 - 16
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 17 through 39 )B17 - 39
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 40 through 65 )B40 - 65
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 66 through 106 )B66 - 106
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 107 through 186 )B107 - 186
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 187 through 206 )B187 - 206

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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