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- PDB-7szr: NIK bound to inhibitor G02792917 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7szr
タイトルNIK bound to inhibitor G02792917
要素Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14
キーワードSIGNALING PROTEIN / Kinase / inhibitor / NF-kB inducing kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


CD28 dependent PI3K/Akt signaling / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / mitogen-activated protein kinase kinase kinase / non-canonical NF-kappaB signal transduction / MAP kinase kinase kinase activity / canonical NF-kappaB signal transduction / fibrillar center ...CD28 dependent PI3K/Akt signaling / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / mitogen-activated protein kinase kinase kinase / non-canonical NF-kappaB signal transduction / MAP kinase kinase kinase activity / canonical NF-kappaB signal transduction / fibrillar center / cellular response to mechanical stimulus / defense response to virus / protein kinase activity / immune response / phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / nucleoplasm / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase kinase kinase 14 / M3K14, catalytic domain / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DYQ / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Liau, N.P.D. / Hymowitz, S.G.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2023
タイトル: Filling a nick in NIK: Extending the half-life of a NIK inhibitor through structure-based drug design.
著者: Crawford, J.J. / Feng, J. / Brightbill, H.D. / Johnson, A.R. / Wright, M. / Kolesnikov, A. / Lee, W. / Castanedo, G.M. / Do, S. / Blaquiere, N. / Staben, S.T. / Chiang, P.C. / Fan, P.W. / ...著者: Crawford, J.J. / Feng, J. / Brightbill, H.D. / Johnson, A.R. / Wright, M. / Kolesnikov, A. / Lee, W. / Castanedo, G.M. / Do, S. / Blaquiere, N. / Staben, S.T. / Chiang, P.C. / Fan, P.W. / Baumgardner, M. / Wong, S. / Godemann, R. / Grabbe, A. / Wiegel, C. / Sujatha-Bhaskar, S. / Hymowitz, S.G. / Liau, N. / Hsu, P.L. / McEwan, P.A. / Ismaili, M.H.A. / Landry, M.L.
履歴
登録2021年11月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22023年12月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14
B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,95510
ポリマ－77,6032
非ポリマー1,3518
水00
1
A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5736
ポリマ－38,8021
非ポリマー7725
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,3814
ポリマ－38,8021
非ポリマー5803
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.540, 144.540, 46.040
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14 / NF-kappa-beta-inducing kinase / Serine/threonine-protein kinase NIK


分子量: 38801.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Map3k14, Nik
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9WUL6, mitogen-activated protein kinase kinase kinase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-DYQ / 1-(3-{[(1R,4R,5S)-4-hydroxy-2-methyl-3-oxo-2-azabicyclo[3.1.0]hexan-4-yl]ethynyl}phenyl)-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-3-carboxamide


分子量: 387.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H17N5O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.11 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.2
詳細: 100 mM sodium citrate tribasic dihydrate (pH 6.2), 0.5 M ammonium sulfate, 0.9 M lithium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→48.18 Å / Num. obs: 45790 / % possible obs: 99.82 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 75.95 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.1121 / Net I/σ(I): 15.26
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.51 / Num. unique obs: 2374 / CC1/2: 0.78 / Rpim(I) all: 0.524

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20rc3-4406_final精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6G4Y

6g4y


解像度: 2.8→48.18 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 2295 5.01 %
Rwork0.2289 43495 -
obs0.2306 45790 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 309.81 Å2 / Biso mean: 94.9449 Å2 / Biso min: 36.87 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→48.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5046 0 122 0 5168
Biso mean--84.44 --
残基数----649
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8-2.860.48111600.398727612921100
2.86-2.930.44021280.386626772805100
2.93-30.4321220.414927562878100
3-3.080.33911360.357127852921100
3.08-3.170.40231580.3126692827100
3.17-3.280.28911390.296627232862100
3.28-3.390.30551700.25326592829100
3.39-3.530.31311590.258527412900100
3.53-3.690.33951440.264426502794100
3.69-3.880.31321640.23722718288299
3.88-4.130.2581420.208227132855100
4.13-4.440.23211320.181427322864100
4.44-4.890.21421010.176427672868100
4.89-5.60.21281470.204727262873100
5.6-7.040.21771540.212626722826100
7.05-48.180.18321390.181327462885100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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