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- PDB-7szo: Structure of a bacterial fimbrial tip containing FocH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7szo
タイトルStructure of a bacterial fimbrial tip containing FocH
要素
  • Chaperone protein FimC
  • FimF protein
  • FimG
  • FimH,F1C putative fimbrial adhesin fusion
キーワードCELL ADHESION / FIMBRIA / FOCH
機能・相同性
機能・相同性情報


pilus / : / protein folding chaperone / cell wall organization / outer membrane-bounded periplasmic space / cell adhesion
類似検索 - 分子機能
Pili assembly chaperone, C-terminal / Pili assembly chaperone PapD, C-terminal domain / Pili assembly chaperone, bacterial / Pili assembly chaperone, conserved site / Pili assembly chaperone, C-terminal domain superfamily / Gram-negative pili assembly chaperone signature. / Pili assembly chaperone, N-terminal / : / Pili and flagellar-assembly chaperone, PapD N-terminal domain / PapD-like superfamily ...Pili assembly chaperone, C-terminal / Pili assembly chaperone PapD, C-terminal domain / Pili assembly chaperone, bacterial / Pili assembly chaperone, conserved site / Pili assembly chaperone, C-terminal domain superfamily / Gram-negative pili assembly chaperone signature. / Pili assembly chaperone, N-terminal / : / Pili and flagellar-assembly chaperone, PapD N-terminal domain / PapD-like superfamily / FimH, mannose-binding domain / FimH, mannose binding / Fimbrial-type adhesion domain / Fimbrial protein / : / Fimbrial-type adhesion domain superfamily / Adhesion domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
FimF protein / FimG / F1C putative fimbrial adhesin / Chaperone protein FimC / FimH
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Stenkamp, R.E. / Le Trong, I. / Aprikian, P. / Sokurenko, E.V.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Not funded 米国
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2022
タイトル: Recombinant FimH Adhesin Demonstrates How the Allosteric Catch Bond Mechanism Can Support Fast and Strong Bacterial Attachment in the Absence of Shear.
著者: Thomas, W.E. / Carlucci, L. / Yakovenko, O. / Interlandi, G. / Le Trong, I. / Aprikian, P. / Magala, P. / Larson, L. / Sledneva, Y. / Tchesnokova, V. / Stenkamp, R.E. / Sokurenko, E.V.
履歴
登録2021年11月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年8月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Chaperone protein FimC
E: FimF protein
F: FimF protein
G: FimG
H: FimH,F1C putative fimbrial adhesin fusion
I: Chaperone protein FimC
K: FimF protein
L: FimF protein
M: FimG
N: FimH,F1C putative fimbrial adhesin fusion
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)198,09512
ポリマ－197,91110
非ポリマー1842
水63135
1
C: Chaperone protein FimC
E: FimF protein
F: FimF protein
G: FimG
H: FimH,F1C putative fimbrial adhesin fusion


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,9565
ポリマ－98,9565
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10910 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area42360 Å2
手法PISA
2
I: Chaperone protein FimC
K: FimF protein
L: FimF protein
M: FimG
N: FimH,F1C putative fimbrial adhesin fusion
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,1407
ポリマ－98,9565
非ポリマー1842
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11500 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area42020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)214.777, 214.777, 532.051
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

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タンパク質 , 4種, 10分子 CIEFKLGMHN

#1: タンパク質 Chaperone protein FimC


分子量: 22754.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: fimC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31697
#2: タンパク質
FimF protein / Protein FimF / Type 1 fimbria minor subunit FimF / Type 1 fimbriae minor subunit FimF


分子量: 16161.095 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: fimF, fimF_1, fimF_2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1M0WRP3
#3: タンパク質 FimG


分子量: 14864.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: fimG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A8HPB0
#4: タンパク質 FimH,F1C putative fimbrial adhesin fusion / FimH protein / Fimbrial protein / Minor component of type 1 fimbriae / Protein FimH / Type 1 ...FimH protein / Fimbrial protein / Minor component of type 1 fimbriae / Protein FimH / Type 1 fimbria D-mannose specific adhesin FimH / Type 1 fimbrial adhesin / Type 1 fimbrial adhesin subunit FimH


分子量: 29015.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: fimH, fimH_1, fimH_2, A5U30_000851, AZZ83_003042, BMR21_18285, BON83_01475, BvCmsSIP024_00413, CY655_27460, DS966_19870, eco0007, ELT29_21175, ELT33_17165, EQO00_22790, EWK56_20550, F9B07_ ...遺伝子: fimH, fimH_1, fimH_2, A5U30_000851, AZZ83_003042, BMR21_18285, BON83_01475, BvCmsSIP024_00413, CY655_27460, DS966_19870, eco0007, ELT29_21175, ELT33_17165, EQO00_22790, EWK56_20550, F9B07_23010, GF147_14570, HL563_18710, NCTC9075_05909, NCTC9434_02335, focH
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9F6Z7, UniProt: A8KI79

-
非ポリマー , 2種, 37分子

#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1.6 M POTASSIUM CHLORIDE, 0.1 M REMARK 280 SODIUM CITRATE, PH 4.1

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→176.78 Å / Num. obs: 109868 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.139 / Χ2: 1.103 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
2.8-2.930.76998040.956185
2.9-3.023.70.699106080.975192.2
3.02-3.154.10.528110701.05195.7
3.15-3.324.20.364111731.226196.6
3.32-3.534.20.25111671.384196.5
3.53-3.84.30.196111081.242195.7
3.8-4.184.40.149110521.106195.2
4.18-4.794.50.115112820.982196.7
4.79-6.034.60.095111890.956195.5
6.03-176.784.40.058114151.084194.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.5.0047精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb 3jwn

3jwn


解像度: 2.8→176.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.917 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / SU B: 13.123 / SU ML: 0.242 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.379 / ESU R Free: 0.289 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2735 5492 5 %RANDOM
Rwork0.2449 ---
obs0.2464 104359 94.31 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 104.6 Å2 / Biso mean: 46.64 Å2 / Biso min: 12.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.35 Å21.67 Å20 Å2
2--3.35 Å20 Å2
3----5.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→176.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13803 0 12 35 13850
Biso mean--49.86 24.92 -
残基数----1858
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.02214121
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.028905
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.911.95219343
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7543.00221933
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.44251850
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.17725.297572
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.82152118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.6091558
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0550.22340
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02115951
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022633
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.869 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.408 352 -
Rwork0.402 6732 -
obs--82.91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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