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- PDB-7sza: Crystal Structure Analysis of human PRPK complex with a compound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sza
タイトルCrystal Structure Analysis of human PRPK complex with a compound
要素
  • EKC/KEOPS complex subunit TP53RK
  • EKC/KEOPS complex subunit TPRKB
キーワードTRANSFERASE / protein kinase / p53 / immunomodulatory drugs / IMiDs
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA threonylcarbamoyladenosine metabolic process / EKC/KEOPS complex / tRNA threonylcarbamoyladenosine modification / 加水分解酵素; 酸無水物に作用 / tRNA modification in the nucleus and cytosol / tRNA processing / regulation of signal transduction by p53 class mediator / p53 binding / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase ...tRNA threonylcarbamoyladenosine metabolic process / EKC/KEOPS complex / tRNA threonylcarbamoyladenosine modification / 加水分解酵素; 酸無水物に作用 / tRNA modification in the nucleus and cytosol / tRNA processing / regulation of signal transduction by p53 class mediator / p53 binding / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / hydrolase activity / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / protein kinase binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lipopolysaccharide kinase (Kdo/WaaP) family / Serine/threonine-protein kinase Bud32 / CGI121/TPRKB / CGI121/TPRKB superfamily / Kinase binding protein CGI-121 / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DUI / CITRATE ANION / EKC/KEOPS complex subunit TP53RK / EKC/KEOPS complex subunit TPRKB
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Seo, H.-S. / Dhe-Paganon, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: Development of PRPK Directed Phthalimides
著者: Seo, H.-S. / Mizutani, T. / Hideshima, T. / Vangos, N.E. / Zhang, T. / Anderson, K.C. / Gray, N.S. / Dhe-Paganon, S.
履歴
登録2021年11月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年2月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EKC/KEOPS complex subunit TP53RK
B: EKC/KEOPS complex subunit TPRKB
C: EKC/KEOPS complex subunit TP53RK
D: EKC/KEOPS complex subunit TPRKB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,5948
ポリマ－96,6704
非ポリマー9254
水11,530640
1
A: EKC/KEOPS complex subunit TP53RK
B: EKC/KEOPS complex subunit TPRKB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7974
ポリマ－48,3352
非ポリマー4622
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3190 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area18860 Å2
手法PISA
2
C: EKC/KEOPS complex subunit TP53RK
D: EKC/KEOPS complex subunit TPRKB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7974
ポリマ－48,3352
非ポリマー4622
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3100 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area18090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)297.510, 47.490, 62.270
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.530, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 18 through 21 and (name N...
21(chain C and (resid 18 through 130 or (resid 131...
12(chain B and ((resid 0 and (name N or name...
22(chain D and (resid 0 through 1 or resid 3...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and ((resid 18 through 21 and (name N...A18 - 21
121(chain A and ((resid 18 through 21 and (name N...A14 - 503
131(chain A and ((resid 18 through 21 and (name N...A14 - 503
211(chain C and (resid 18 through 130 or (resid 131...C18 - 130
221(chain C and (resid 18 through 130 or (resid 131...C131
231(chain C and (resid 18 through 130 or (resid 131...C18 - 504
241(chain C and (resid 18 through 130 or (resid 131...C18 - 504
251(chain C and (resid 18 through 130 or (resid 131...C18 - 504
261(chain C and (resid 18 through 130 or (resid 131...C18 - 504
112(chain B and ((resid 0 and (name N or name...B0
122(chain B and ((resid 0 and (name N or name...B-1 - 175
132(chain B and ((resid 0 and (name N or name...B-1 - 175
142(chain B and ((resid 0 and (name N or name...B-1 - 175
152(chain B and ((resid 0 and (name N or name...B-1 - 175
212(chain D and (resid 0 through 1 or resid 3...D0 - 1
222(chain D and (resid 0 through 1 or resid 3...D3 - 72
232(chain D and (resid 0 through 1 or resid 3...D0 - 175
242(chain D and (resid 0 through 1 or resid 3...D0 - 175
252(chain D and (resid 0 through 1 or resid 3...D0 - 175
262(chain D and (resid 0 through 1 or resid 3...D0 - 175
272(chain D and (resid 0 through 1 or resid 3...D0 - 175
282(chain D and (resid 0 through 1 or resid 3...D0 - 175

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 EKC/KEOPS complex subunit TP53RK / Atypical serine/threonine protein kinase TP53RK / Nori-2 / TP53-regulating kinase / p53-related protein kinase


分子量: 28358.646 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TP53RK, C20orf64, PRPK / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q96S44, 加水分解酵素; 酸無水物に作用, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質 EKC/KEOPS complex subunit TPRKB / PRPK-binding protein / TP53RK-binding protein


分子量: 19976.223 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TPRKB, CGI-121, My019 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y3C4
#3: 化合物 ChemComp-DUI / 4-amino-2-[(3R)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1H-isoindole-1,3(2H)-dione / 2-[(3R)-2,6-ジオキソ-3-ピペリジニル]-4-アミノイソインドリン-1,3-ジオン


分子量: 273.244 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H11N3O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 640 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.59 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: 100mM Sodium citrate pH 5.2, 12.8% PEG8000, 10mM MgCl2, 10mM TCEP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→73.9509 Å / Num. obs: 68512 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 25.022 Å2 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.9-1.933.71.61231833580.4840.93399.9
5.16-73.953.539.91264535710.0120.02399.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2データスケーリング
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ENP, 4WW5

3enp

4ww5


解像度: 1.9→73.9509 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2163 3389 4.95 %
Rwork0.1728 65113 -
obs0.175 68502 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 106.88 Å2 / Biso mean: 36.4617 Å2 / Biso min: 15.47 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→73.9509 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6244 0 66 640 6950
Biso mean--27.41 41.76 -
残基数----811
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086423
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1848694
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.6854599
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0831028
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061110
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1402X-RAY DIFFRACTION6.373TORSIONAL
12C1402X-RAY DIFFRACTION6.373TORSIONAL
21B1020X-RAY DIFFRACTION6.373TORSIONAL
22D1020X-RAY DIFFRACTION6.373TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 24

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9-1.92720.38831430.322226472790100
1.9272-1.95590.38121360.319127462882100
1.9559-1.98650.31121340.277426672801100
1.9865-2.01910.28271550.234526832838100
2.0191-2.05390.2431490.212826882837100
2.0539-2.09120.26281280.20326852813100
2.0912-2.13150.2491360.196326742810100
2.1315-2.1750.21951450.188227372882100
2.175-2.22230.2141320.192327032835100
2.2223-2.2740.27461340.21312680281499
2.274-2.33080.27081450.190326812826100
2.3308-2.39390.26941520.185527382890100
2.3939-2.46430.24071220.178727102832100
2.4643-2.54380.2461510.172726702821100
2.5438-2.63480.19351350.171727672902100
2.6348-2.74030.20621210.172726912812100
2.7403-2.8650.22691410.175727182859100
2.865-3.0160.24881630.180527142877100
3.016-3.2050.22291300.171327082838100
3.205-3.45250.20121490.16927332882100
3.4525-3.79990.20331450.14962710285599
3.7999-4.34970.17191460.135127692915100
4.3497-5.47990.1661370.14132741287899
5.4799-73.95090.18381600.1612853301399
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.6191-0.0514-0.45940.4628-0.67911.1492-0.0949-0.1454-0.51460.01310.01090.4013-0.34840.07190.00060.3044-0.01670.02880.38050.00460.3054-75.0843-1.035536.4892
20.73510.10810.28080.6716-1.38391.22980.07890.0016-0.0733-0.08250.07170.1737-0.0244-0.3013-0.00060.22550.0138-0.00150.2619-0.01230.2361-62.9649-12.156132.3036
31.5439-0.7777-0.22530.80480.41850.7961-0.0862-0.15040.21880.14130.110.0033-0.19070.06150.00030.23670.0211-0.00730.225-0.01640.2556-54.4468-1.172334.8553
41.4445-0.9288-0.05480.6799-0.07020.86040.10230.22780.0172-0.0358-0.02190.00410.0936-0.1155-00.2160.00720.01860.2640.00630.2066-57.7608-6.48724.955
53.27060.2322-0.15130.91490.13732.875-0.09850.1969-0.3202-0.44120.0545-0.0240.4510.15950.00020.32990.04740.02640.2947-0.01790.2254-39.5219-20.551122.7832
60.4495-0.56170.36491.04330.20571.09480.04770.06260.116-0.148-0.1053-0.15410.04760.1285-0.00040.21530.00420.02890.2293-0.03310.2239-45.0113-11.074728.4564
71.0888-0.10750.16360.2587-0.79911.60870.07170.23410.1029-0.1082-0.0018-0.08440.31420.0986-0.00010.22290.03350.02680.24-0.00870.1932-45.6909-10.334725.1597
80.65880.1175-0.22170.9113-0.28220.2438-0.0268-0.2225-0.08370.61620.1119-0.26870.25380.03890.00230.26870.0218-0.02960.2812-0.00710.3082-37.3002-14.383936.0211
92.5906-0.5381-0.49550.52250.71941.8128-0.1065-0.0161-0.0749-0.12450.1302-0.22410.10650.40590.00010.2330.06510.03870.37090.00510.2652-31.794-16.188626.8168
100.49440.21420.39930.31150.23120.23690.0792-0.0761-0.25190.62290.01-0.3104-0.36430.388-0.00050.3390.048-0.07960.4027-0.07950.4396-29.1319-10.857238.9793
110.81270.3199-0.26561.43940.57940.68630.1563-0.0286-0.2259-0.32140.12620.13950.3015-0.6773-0.00060.33170.0197-0.03880.37150.03910.3919-77.05160.077113.8
121.8436-0.37970.93972.7529-0.68371.29180.00370.01240.0489-0.1189-0.1365-0.1472-0.2210.11250.00050.26930.01030.0410.23960.02220.1812-74.300816.68458.2039
130.8672-0.89270.59530.9174-0.83321.2746-0.0339-0.03770.03810.12080.051-0.0512-0.130.0777-00.208-0.00040.02250.22910.02410.2238-69.185910.697719.6988
140.1491-0.145-0.12030.15870.22840.3036-0.09350.15090.3798-0.24160.225-0.3169-0.55480.347-0.00170.3041-0.0629-0.04460.31020.03960.3784-59.561217.524119.5083
151.7284-1.67480.45281.96140.36941.25750.4111-0.08740.3090.0939-0.26610.0528-0.70710.1838-0.00110.3218-0.01330.05540.29450.04390.2626-72.169214.066610.5733
160.8789-0.35170.17190.70050.12660.3010.08450.0141-0.07080.50870.41450.59770.123-0.3886-0.00040.30270.02230.0560.36830.06050.2901-84.725512.203311.0036
170.79360.45980.36660.7680.5060.50490.01770.701-0.0561-0.4905-0.1412-0.194-0.22620.4734-0.00120.42120.04050.04980.41560.01270.2677-68.56819.40210.5636
180.62670.16460.40230.7324-0.12920.384-0.27810.2318-0.02770.4882-0.0574-0.4157-0.85981.0485-0.050.3958-0.04010.05750.43920.06110.4448-51.955110.857910.6906
194.5255-0.90532.52683.3384-0.59431.86320.4091.25431.1086-0.5906-0.8582-0.976-0.6541.3054-0.42650.29470.08710.24560.71980.16630.4058-46.7039-0.197413.3453
200.48180.2346-0.21620.7626-0.58330.4106-0.00880.08580.3389-0.0376-0.1431-0.12660.06160.1197-0.00030.22440.00530.03030.28290.04540.2766-56.16014.470621.1046
213.6460.92351.14082.3853-1.62942.27840.82151.8873-1.6666-0.4571-1.1244-0.22980.050.9293-0.39260.45110.2888-0.04040.7283-0.18690.5041-11.817410.1576-16.5142
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242.032-0.94020.93830.8793-0.59181.36630.18040.13220.33890.2643-0.0496-0.1273-0.24490.25810.00550.28070.0334-0.02890.2519-0.01790.2795-23.391923.839-7.4551
251.9119-1.33190.9561.4918-0.48391.32640.1067-0.1261-0.2999-0.1357-0.00510.25750.25180.0168-0.01470.23290.0178-0.04950.1859-0.0430.3105-27.641612.9493-7.0621
260.032-0.03680.09770.7194-0.66720.70740.12920.716-1.1565-1.2453-0.33211.1330.4177-0.8576-0.07290.5072-0.022-0.19640.4295-0.11350.7753-53.065215.1651-15.1139
272.0505-0.91910.44011.87430.2850.915-0.0341-0.3592-0.29530.29850.07670.1740.0516-0.10200.2490.020.01520.25140.01080.2495-41.665624.6996-3.9468
281.9687-1.38850.10831.2699-0.90091.7127-0.0844-0.1768-0.48780.0180.16360.31850.2847-0.02770.02430.21120.0006-00.18480.01030.3031-38.439119.564-5.673
290.7133-0.7108-0.11570.7308-0.15320.71730.15640.2514-0.0582-0.0811-0.06570.13620.09590.166400.26840.0617-0.02570.262-0.03510.232-42.518532.073-12.0566
301.4502-0.6613-0.84850.73230.37720.4175-0.09440.1608-0.1825-0.05180.11840.46060.1733-0.1464-0.00040.3477-0.0072-0.01550.39080.0550.3505-51.77827.7426-7.7348
310.7037-0.32060.08390.68440.50760.5365-0.10660.00370.22320.2658-0.0960.1232-0.4150.1386-0.00080.32450.0283-0.03340.3049-0.05850.3052-44.273539.6532-6.4825
322.5164-0.43860.0182.052-0.17741.30740.022-0.4411-0.55090.075-0.0221-0.05980.27520.0657-0.00160.42960.0662-0.03820.37840.08250.5055-11.1091-3.20126.9748
331.9723-0.7732-0.80721.6071-0.55031.6997-0.0613-0.4094-0.15830.3165-0.0365-0.2148-0.01560.3339-0.00040.28360.0327-0.05960.30370.01290.3073-11.11487.0814.2592
341.25930.255-0.48790.10750.06240.6172-0.1442-0.87230.11670.79440.1032-0.2121-0.34790.48860.00640.58050.0534-0.10730.46-0.06990.3886-12.873815.864212.5332
352.37240.590.77291.30250.33530.49260.0797-0.3584-0.62770.3354-0.0817-0.5072-0.02350.2214-0.00290.53130.0525-0.01350.47630.12950.6048-7.0846-3.47939.1237
363.0754-0.7170.28011.6759-0.86311.7845-0.1361-0.6127-0.2860.72230.24580.4273-0.1512-0.20650.00060.47190.04240.07310.41270.04980.3204-24.38397.417110.8365
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 14 through 34 )A14 - 34
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 35 through 69 )A35 - 69
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 70 through 93 )A70 - 93
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 94 through 121 )A94 - 121
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 122 through 155 )A122 - 155
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 156 through 171 )A156 - 171
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 172 through 192 )A172 - 192
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 193 through 210 )A193 - 210
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 211 through 231 )A211 - 231
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 232 through 246 )A232 - 246
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid -1 through 12 )B-1 - 12
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 13 through 34 )B13 - 34
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 35 through 83 )B35 - 83
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 84 through 96 )B84 - 96
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 97 through 112 )B97 - 112
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 113 through 125 )B113 - 125
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 126 through 141 )B126 - 141
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 142 through 152 )B142 - 152
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 153 through 160 )B153 - 160
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 161 through 175 )B161 - 175
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 18 through 35 )C18 - 35
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 36 through 52 )C36 - 52
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 53 through 69 )C53 - 69
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 70 through 94 )C70 - 94
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 95 through 121 )C95 - 121
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 122 through 139 )C122 - 139
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'C' and (resid 140 through 167 )C140 - 167
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'C' and (resid 168 through 192 )C168 - 192
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'C' and (resid 193 through 210 )C193 - 210
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'C' and (resid 211 through 228 )C211 - 228
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'C' and (resid 229 through 245 )C229 - 245
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 0 through 35 )D0 - 35
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'D' and (resid 36 through 83 )D36 - 83
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'D' and (resid 84 through 95 )D84 - 95
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'D' and (resid 96 through 125 )D96 - 125
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'D' and (resid 126 through 175 )D126 - 175

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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