PDB-7sz9: Crosslinked Crystal Structure of Type II Fatty Acid Synthase Keto...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7sz9

タイトル

Crosslinked Crystal Structure of Type II Fatty Acid Synthase Ketosynthase, FabB, and C16:1-crypto Acyl Carrier Protein, AcpP

要素

3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1
Acyl carrier protein

キーワード

TRANSFERASE / ketosynthase / crosslink / FabB / ACP / KASI

機能・相同性

機能・相同性情報

monounsaturated fatty acid biosynthetic process / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I / lipid A biosynthetic process / acyl binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / acyl carrier activity / fatty acid biosynthetic process / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Mindrebo, J.T. / Chen, A. / Noel, J.P. / Burkart, M.D.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Mechanism-based cross-linking probes capture the Escherichia coli ketosynthase FabB in conformationally distinct catalytic states.
著者: Chen, A. / Mindrebo, J.T. / Davis, T.D. / Kim, W.E. / Katsuyama, Y. / Jiang, Z. / Ohnishi, Y. / Noel, J.P. / Burkart, M.D.

履歴

登録	2021年11月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年11月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7sz9.cif.gz	382.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7sz9.ent.gz	313.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7sz9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sz/7sz9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sz/7sz9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7sqiC 6okcS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (19) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1

B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1

C: Acyl carrier protein

D: Acyl carrier protein

ヘテロ分子

103 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.450, 103.580, 79.280
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 108.280, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1 / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I / Beta-ketoacyl-ACP synthase I / KAS I 分子量: 42596.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: fabB, fabC, b2323, JW2320 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P0A953, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I
#2: タンパク質	Acyl carrier protein / ACP 分子量: 8514.264 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: acpP, ECS88_1108 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B7MJ81
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-DJ5 / N~3~-{(2R)-4-[(dihydroxyphosphanyl)oxy]-2-hydroxy-3,3-dimethylbutanoyl}-N-(2-{[(9Z)-hexadec-9-enoyl]amino}ethyl)-beta-alaninamide 分子量: 577.691 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₅₂N₃O₈P
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.82 %
結晶化	温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 20% PEG 8000, 0.3 M sodium acetate, 0.1 M sodium cacodylate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年3月6日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→75.28 Å / Num. obs: 38093 / % possible obs: 82.1 % / 冗長度: 2.1 % / B_iso Wilson estimate: 32.53 Å² / CC_1/2: 0.945 / R split: 0.176 / R_merge(I) obs: 0.205 / R_pim(I) all: 0.117 / R_rim(I) all: 0.238 / Χ²: 1.15 / Net I/σ(I): 3.7

反射シェル

解像度 (Å)	Num. unique obs	CC_1/2	Diffraction-ID	% possible all
2.2-2.24	1412	0.576	1	53.9
11.22-60.9	372	0.986	1	98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless		データスケーリング
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
iMOSFLM		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6okc

6okc

解像度: 2.2→54.02 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.31 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2554	1808	4.77 %
R_work	0.2083	36100	-
obs	0.2105	37908	81.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 188.1 Å² / B_iso mean: 56.7525 Å² / B_iso min: 16.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.2→54.02 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7011	0	75	165	7251
B_iso mean	-	-	77.5	45.8	-
残基数	-	-	-	-	957

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.2-2.26	0.3547	98	0.3116	1820	1918	54
2.26-2.33	0.3393	95	0.3089	1786	1881	53
2.33-2.4	0.3385	119	0.2918	1836	1955	55
2.4-2.49	0.3468	143	0.3085	2666	2809	80
2.49-2.59	0.3045	137	0.2932	2724	2861	80
2.59-2.7	0.3358	158	0.2706	2716	2874	81
2.7-2.85	0.3472	120	0.2693	2733	2853	80
2.85-3.03	0.2674	149	0.2534	2740	2889	82
3.03-3.26	0.2958	171	0.2266	3368	3539	99
3.26-3.59	0.295	153	0.2046	3407	3560	99
3.59-4.1	0.2021	137	0.1687	3410	3547	100
4.11-5.17	0.1686	151	0.1516	3437	3588	100
5.17-54.02	0.2105	177	0.1741	3457	3634	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9895	0.4584	0.5734	1.9995	-0.0866	1.0094	0.2442	-0.0989	-0.3917	0.1985	0.0645	-0.2571	0.2091	0.1978	-0.268	0.2018	0.02	-0.116	0.4371	-0.0792	0.3621	23.4192	21.4143	28.0106
2	1.8593	0.3939	0.5667	2.1873	0.3878	1.3927	0.1728	0.1473	-0.3547	-0.1497	0.0665	0.0088	0.1694	0.2363	-0.2382	0.1571	0.0361	-0.0559	0.4563	-0.036	0.2988	20.4603	23.2937	17.838
3	2.1328	-1.3441	-0.5365	1.8358	0.1115	2.4429	0.0718	0.9398	-0.3719	-0.4131	0.1495	-0.1053	0.1832	0.2296	-0.1419	0.2872	-0.0074	0.0487	0.7144	-0.1798	0.3732	23.9552	24.174	4.004
4	1.605	0.191	0.2399	1.6857	0.2349	1.2887	0.0774	-0.0378	-0.1085	0.159	-0.1082	0.0494	0.1286	0.0266	0.0412	0.1439	-0.0374	-0.0038	0.3102	0.0007	0.1967	-2.9859	27.6781	24.4552
5	4.9514	1.11	0.3489	2.0304	2.4294	3.1397	-0.1153	-0.7698	0.2306	0.1314	0.0455	-0.1207	0.0322	0.3843	0.0602	0.1811	-0.0243	0.0554	0.3797	-0.0373	0.2638	4.2262	45.7886	30.0542
6	1.8767	0.3924	-1.1196	2.5819	0.2561	2.5067	0.0836	-0.7866	0.3547	0.4737	-0.0811	-0.0695	-0.1477	0.0107	0.0138	0.2274	-0.0254	0.0125	0.5107	-0.1009	0.299	-4.0553	45.1571	35.3655
7	7.7569	-2.4752	0.4819	7.6174	-3.9639	2.2362	0.152	-2.051	0.3816	1.6729	-0.4472	-1.2549	-0.7195	1.2991	0.2877	1.0909	-0.1444	-0.3822	1.251	-0.0322	0.8518	25.9578	23.9213	57.2489
8	3.9379	1.1755	4.0108	4.7019	3.292	5.0971	0.7756	-0.681	-1.0739	1.3748	-0.041	-0.3213	0.6766	0.367	-0.6242	0.9406	-0.1153	-0.0851	0.7834	0.1244	0.4067	17.7752	21.2966	52.3378
9	4.1641	0.15	1.9109	3.3773	5.2821	8.935	0.2712	-1.8925	-0.3553	0.0174	-0.5606	0.4217	1.1943	0.0504	0.2036	1.374	-0.2186	0.3101	1.0592	0.1364	1.0955	11.4087	19.7624	60.1782
10	1.9621	0.7661	-0.5668	0.8668	0.348	0.7331	0.2476	0.0581	0.2032	0.1556	-0.0549	0.1536	-0.003	-0.4109	-0.2152	0.7971	0.0123	0.0006	0.4757	0.073	0.3585	18.3576	17.0614	65.7248
11	6.0615	3.8801	-4.045	8.2697	-5.5094	4.2625	-0.117	-0.0874	0.0548	1.0192	-0.0549	0.7655	0.2109	-1.9675	0.142	0.6077	-0.0253	0.0551	1.0975	-0.2241	0.2884	-13.1405	-3.1361	11.803
12	2.6661	-0.9308	-2.4971	8.0857	2.808	2.8214	-0.4625	0.3564	0.4634	0.1403	0.2523	1.2241	-0.5231	-1.4835	0.2166	0.522	0.2143	-0.0087	1.6112	-0.3546	0.8111	-15.0827	1.181	3.3544
13	4.669	4.6208	3.8554	4.9688	4.1021	3.3905	-0.1169	1.5667	-0.3424	-1.7312	0.5264	-0.8501	-0.8176	-0.0127	-0.3656	0.6373	-0.0255	0.0497	0.5416	-0.1803	0.4121	-4.8632	3.7356	1.4111
14	6.3232	6.6898	-5.4384	7.1067	-5.8437	4.94	0.8155	-1.1202	-0.3674	1.5864	-1.3189	-0.7624	-1.1178	-0.0282	0.4486	0.7272	-0.0324	-0.1554	0.5592	0.0184	0.5778	-1.7287	0.2494	14.4798
15	9.5188	1.2912	2.1057	5.8216	-1.602	1.3861	-0.1809	-0.9701	-1.229	0.8999	-0.239	-0.365	2.0301	0.2562	0.3432	1.0039	0.0633	0.0754	0.5999	-0.0516	0.373	-1.6733	-9.7545	17.5145
16	8.4078	-0.3206	-3.1574	7.182	-4.8461	7.4862	-0.4087	-0.4409	-0.9448	0.1638	-0.1991	-1.7897	1.4899	2.0724	0.5218	0.6318	0.3286	0.0453	0.6982	-0.2256	0.9299	3.1022	-6.4959	6.3364
17	7.0441	2.7683	2.7627	5.7044	-2.5546	3.954	0.3467	-0.2266	-1.4859	0.1736	0.2218	-0.6	2.4933	-0.3772	-0.489	1.0175	0.037	0.0934	0.4462	-0.0364	0.4199	-6.2976	-11.5848	8.1782

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 147 )	A	0 - 147
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 148 through 248 )	A	148 - 248
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 249 through 405 )	A	249 - 405
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 0 through 248 )	B	0 - 248
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 249 through 304 )	B	249 - 304
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 305 through 404 )	B	305 - 404
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 5 through 30 )	C	5 - 30
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 31 through 49 )	C	31 - 49
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 50 through 64 )	C	50 - 64
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 65 through 75 )	C	65 - 75
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 1 through 15 )	D	1 - 15
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 16 through 25 )	D	16 - 25
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 26 through 35 )	D	26 - 35
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 36 through 49 )	D	36 - 49
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 50 through 55 )	D	50 - 55
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 56 through 64 )	D	56 - 64
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 65 through 75 )	D	65 - 75

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)