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- PDB-6okc: Crosslinked Crystal Structure of Type II Fatty Acid Synthase Keto... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6okc | |||||||||
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Title | Crosslinked Crystal Structure of Type II Fatty Acid Synthase Ketosynthase, FabB, and C12-crypto Acyl Carrier Protein, AcpP | |||||||||
![]() |
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![]() | TRANSFERASE/LIPID TRANSPORT / Thiolase / ketosynthase / KS / AcpP / TRANSFERASE-LIPID TRANSPORT complex | |||||||||
Function / homology | ![]() monounsaturated fatty acid biosynthetic process / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I / lipid biosynthetic process / lipid A biosynthetic process / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / acyl binding / acyl carrier activity / fatty acid biosynthetic process / response to xenobiotic stimulus ...monounsaturated fatty acid biosynthetic process / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I / lipid biosynthetic process / lipid A biosynthetic process / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / acyl binding / acyl carrier activity / fatty acid biosynthetic process / response to xenobiotic stimulus / lipid binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Mindrebo, J.T. / Kim, W.E. / Bartholow, T.G. / Chen, A. / Davis, T.D. / La Clair, J. / Burkart, M.D. / Noel, J.P. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Gating mechanism of elongating beta-ketoacyl-ACP synthases. Authors: Mindrebo, J.T. / Patel, A. / Kim, W.E. / Davis, T.D. / Chen, A. / Bartholow, T.G. / La Clair, J.J. / McCammon, J.A. / Noel, J.P. / Burkart, M.D. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDB format | ![]() | 321.4 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 42.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 65.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6okfC ![]() 6okgC ![]() 6oltC ![]() 1g5xS ![]() 2facS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 42656.203 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: K12 / Gene: fabB, fabC, b2323, JW2320 / Plasmid: pET28 / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: P0A953, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I #2: Protein | Mass: 8645.460 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: K12 / Gene: acpP, b1094, JW1080 / Plasmid: pMAL / Details (production host): native expression / Production host: ![]() ![]() #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.27 Å3/Da / Density % sol: 45.84 % / Description: Square plates |
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Crystal grow | Temperature: 281 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 20% PEG 8K, 0.2 M magnesium acetate, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 10, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.55→87.7 Å / Num. obs: 135639 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 11.8 % / Biso Wilson estimate: 13.45 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.115 / Net I/σ(I): 14.2 / Num. measured all: 1594036 / Scaling rejects: 844 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1G5X (FabB search model), 2FAC (AcpP search model) Resolution: 1.55→87.7 Å / SU ML: 0.14 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / Phase error: 14.78
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 116.51 Å2 / Biso mean: 22.5945 Å2 / Biso min: 5.71 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.55→87.7 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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