+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7swf | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of Arabidopsis Ago10-guide-target RNA complex in a central duplex conformation | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | GENE REGULATION / miRNA / siRNA / RNA silencing / Argonaute / plant | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of shoot apical meristem development / primary shoot apical meristem specification / regulation of meristem structural organization / miRNA metabolic process / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / miRNA binding / plastid / somatic stem cell population maintenance / regulation of translation / defense response to virus ...regulation of shoot apical meristem development / primary shoot apical meristem specification / regulation of meristem structural organization / miRNA metabolic process / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / miRNA binding / plastid / somatic stem cell population maintenance / regulation of translation / defense response to virus / ribonucleoprotein complex / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() unidentified (未定義) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.79 Å | ||||||
![]() | Xiao, Y. / MacRae, I.J. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: The molecular mechanism of microRNA duplex selectivity of Arabidopsis ARGONAUTE10. 著者: Yao Xiao / Ian J MacRae / ![]() 要旨: Small RNAs (sRNAs), including microRNAs (miRNAs) and small interfering RNAs (siRNAs), are essential gene regulators for plant and animal development. The loading of sRNA duplexes into the proper ...Small RNAs (sRNAs), including microRNAs (miRNAs) and small interfering RNAs (siRNAs), are essential gene regulators for plant and animal development. The loading of sRNA duplexes into the proper ARGONAUTE (AGO) protein is a key step to forming a functional silencing complex. In Arabidopsis thaliana, the specific loading of miR166/165 into AGO10 (AtAGO10) is critical for the maintenance of the shoot apical meristem, the source of all shoot organs, but the mechanism by which AtAGO10 distinguishes miR166/165 from other cellular miRNAs is not known. Here, we show purified AtAGO10 alone lacks loading selectivity towards miR166/165 duplexes. However, phosphate and HSP chaperone systems reshape the selectivity of AtAGO10 to its physiological substrates. A loop in the AtAGO10 central cleft is essential for recognizing specific mismatches opposite the guide strand 3' region in miR166/165 duplexes. Replacing this loop with the equivalent loop from Homo sapiens AGO2 (HsAGO2) changes AtAGO10 miRNA loading behavior such that 3' region mismatches are ignored and mismatches opposite the guide 5' end instead drive loading, as in HsAGO2. Thus, this study uncovers the molecular mechanism underlying the miR166/165 selectivity of AtAGO10, essential for plant development, and provides new insights into how miRNA duplex structures are recognized for sRNA sorting. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 172.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 127.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 110981.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: AGO10, PNH, ZLL, At5g43810, MQD19.17 / Variant: D795A 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9XGW1 |
---|---|
#2: RNA鎖 | 分子量: 6788.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) unidentified (未定義) |
#3: RNA鎖 | 分子量: 5636.419 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) unidentified (未定義) |
#4: 化合物 | ChemComp-MG / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-
試料調製
構成要素 | 名称: AtAgo10-guide-target RNA complex / タイプ: COMPLEX 詳細: The complex of Arabidopsis Argonaute10 with a synthetic guide RNA and a target pairing to 2-16nt of guide guide Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
| ||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 45000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1700 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 66.88 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 2049 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 42 |
-
解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1935081 | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.79 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 38833 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|