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- PDB-7swf: Cryo-EM structure of Arabidopsis Ago10-guide-target RNA complex i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7swf
タイトルCryo-EM structure of Arabidopsis Ago10-guide-target RNA complex in a central duplex conformation
要素
  • Protein argonaute 10
  • RNA (5'-R(P*CP*CP*AP*UP*UP*GP*UP*CP*AP*CP*AP*CP*UP*CP*CP*AP*A)-3')
  • RNA (5'-R(P*UP*GP*GP*AP*GP*UP*GP*UP*GP*AP*CP*AP*AP*UP*GP*GP*U)-3')
キーワードGENE REGULATION / miRNA / siRNA / RNA silencing / Argonaute / plant
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of shoot apical meristem development / primary shoot apical meristem specification / regulation of meristem structural organization / miRNA metabolic process / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / miRNA binding / plastid / somatic stem cell population maintenance / regulation of translation / defense response to virus ...regulation of shoot apical meristem development / primary shoot apical meristem specification / regulation of meristem structural organization / miRNA metabolic process / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / miRNA binding / plastid / somatic stem cell population maintenance / regulation of translation / defense response to virus / ribonucleoprotein complex / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein argonaute, Mid domain / Mid domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / Protein argonaute, N-terminal / Argonaute-like, PIWI domain / N-terminal domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / DUF1785 / Argonaute, linker 1 domain / Argonaute linker 1 domain ...Protein argonaute, Mid domain / Mid domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / Protein argonaute, N-terminal / Argonaute-like, PIWI domain / N-terminal domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / DUF1785 / Argonaute, linker 1 domain / Argonaute linker 1 domain / Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi domain / Piwi / PAZ domain superfamily / PAZ / PAZ domain / PAZ domain profile. / PAZ domain / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Protein argonaute 10
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
unidentified (未定義)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.79 Å
データ登録者Xiao, Y. / MacRae, I.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM127090 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2022
タイトル: The molecular mechanism of microRNA duplex selectivity of Arabidopsis ARGONAUTE10.
著者: Yao Xiao / Ian J MacRae /
要旨: Small RNAs (sRNAs), including microRNAs (miRNAs) and small interfering RNAs (siRNAs), are essential gene regulators for plant and animal development. The loading of sRNA duplexes into the proper ...Small RNAs (sRNAs), including microRNAs (miRNAs) and small interfering RNAs (siRNAs), are essential gene regulators for plant and animal development. The loading of sRNA duplexes into the proper ARGONAUTE (AGO) protein is a key step to forming a functional silencing complex. In Arabidopsis thaliana, the specific loading of miR166/165 into AGO10 (AtAGO10) is critical for the maintenance of the shoot apical meristem, the source of all shoot organs, but the mechanism by which AtAGO10 distinguishes miR166/165 from other cellular miRNAs is not known. Here, we show purified AtAGO10 alone lacks loading selectivity towards miR166/165 duplexes. However, phosphate and HSP chaperone systems reshape the selectivity of AtAGO10 to its physiological substrates. A loop in the AtAGO10 central cleft is essential for recognizing specific mismatches opposite the guide strand 3' region in miR166/165 duplexes. Replacing this loop with the equivalent loop from Homo sapiens AGO2 (HsAGO2) changes AtAGO10 miRNA loading behavior such that 3' region mismatches are ignored and mismatches opposite the guide 5' end instead drive loading, as in HsAGO2. Thus, this study uncovers the molecular mechanism underlying the miR166/165 selectivity of AtAGO10, essential for plant development, and provides new insights into how miRNA duplex structures are recognized for sRNA sorting.
履歴
登録2021年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年8月3日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年8月3日Data content type: Additional map / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年8月3日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02022年8月3日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年8月3日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02022年8月3日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年8月3日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月5日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年6月5日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.32025年5月21日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details
Item: _em_admin.last_update / _em_software.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.12025年5月21日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein argonaute 10
B: RNA (5'-R(P*UP*GP*GP*AP*GP*UP*GP*UP*GP*AP*CP*AP*AP*UP*GP*GP*U)-3')
D: RNA (5'-R(P*CP*CP*AP*UP*UP*GP*UP*CP*AP*CP*AP*CP*UP*CP*CP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,4304
ポリマ－123,4063
非ポリマー241
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Protein argonaute 10 / Protein PINHEAD / Protein ZWILLE


分子量: 110981.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: AGO10, PNH, ZLL, At5g43810, MQD19.17 / Variant: D795A
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9XGW1
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*GP*GP*AP*GP*UP*GP*UP*GP*AP*CP*AP*AP*UP*GP*GP*U)-3')


分子量: 6788.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) unidentified (未定義)
#3: RNA鎖 RNA (5'-R(P*CP*CP*AP*UP*UP*GP*UP*CP*AP*CP*AP*CP*UP*CP*CP*AP*A)-3')


分子量: 5636.419 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) unidentified (未定義)
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: AtAgo10-guide-target RNA complex / タイプ: COMPLEX
詳細: The complex of Arabidopsis Argonaute10 with a synthetic guide RNA and a target pairing to 2-16nt of guide guide
Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
110 mMTrisC4H11NO31
2100 mMNaClNaCl1
30.5 mMTCEPC9H15O6P1
試料濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 45000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 66.88 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 2049
画像スキャン動画フレーム数/画像: 42

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4GctfCTF補正
8PHENIXモデル精密化
10RELION3.1-cuda初期オイラー角割当
11RELION3.1-cuda最終オイラー角割当
13RELION3.1-cuda３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1935081
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.79 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 38833 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.017083
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.8759744
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d17.3361244
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0491116
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0061132

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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