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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7svg
タイトルBile Salt Hydrolase A from Lactobacillus gasseri with chenodeoxycholate and taurine bound
要素Choloylglycine hydrolase
キーワードHYDROLASE / bile salt hydrolase
機能・相同性CHENODEOXYCHOLIC ACID / 2-AMINOETHANESULFONIC ACID / :
機能・相同性情報
生物種Lactobacillus gasseri (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Walker, M.E. / Redinbo, M.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM135218 米国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2023
タイトル: Bile salt hydrolases shape the bile acid landscape and restrict Clostridioides difficile growth in the murine gut.
著者: Foley, M.H. / Walker, M.E. / Stewart, A.K. / O'Flaherty, S. / Gentry, E.C. / Patel, S. / Beaty, V.V. / Allen, G. / Pan, M. / Simpson, J.B. / Perkins, C. / Vanhoy, M.E. / Dougherty, M.K. / ...著者: Foley, M.H. / Walker, M.E. / Stewart, A.K. / O'Flaherty, S. / Gentry, E.C. / Patel, S. / Beaty, V.V. / Allen, G. / Pan, M. / Simpson, J.B. / Perkins, C. / Vanhoy, M.E. / Dougherty, M.K. / McGill, S.K. / Gulati, A.S. / Dorrestein, P.C. / Baker, E.S. / Redinbo, M.R. / Barrangou, R. / Theriot, C.M.
履歴
登録2021年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Choloylglycine hydrolase
B: Choloylglycine hydrolase
C: Choloylglycine hydrolase
D: Choloylglycine hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,31111
ポリマ－143,6334
非ポリマー1,6787
水24,9691386
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18810 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area42290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.147, 153.115, 94.979
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.795, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質
Choloylglycine hydrolase


分子量: 35908.262 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lactobacillus gasseri (乳酸菌) / 遺伝子: bsh, J3E66_000057 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8A6B131, choloylglycine hydrolase
#2: 化合物
ChemComp-TAU / 2-AMINOETHANESULFONIC ACID / タウリン


分子量: 125.147 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H7NO3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-JN3 / CHENODEOXYCHOLIC ACID / (3ALPHA,5ALPHA,7BETA,8ALPHA,17ALPHA)-3,7-DIHYDROXYCHOLAN-24-OIC ACID / ケノデオキシコ-ル酸


分子量: 392.572 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H40O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1386 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 18% (w/v) PEG 3350, 0.2M Ammonium chloride pH 6.3 streak seeded with crystals grown in 20% (w/v) PEG 3350, 0.2M Ammonium chloride pH 6.3. Crystals were grown in a protein (9.55 mg/mL):mother ...詳細: 18% (w/v) PEG 3350, 0.2M Ammonium chloride pH 6.3 streak seeded with crystals grown in 20% (w/v) PEG 3350, 0.2M Ammonium chloride pH 6.3. Crystals were grown in a protein (9.55 mg/mL):mother liquor ratio of 1:2. Crystal seeds were streaked into this condition from a broad screen hit and then the resultant crystals were soaked in 1:1 ratio of mother liquor:100 mM TCDCA for 24h before looping.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→29.34 Å / Num. obs: 332715 / % possible obs: 92.9 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 20.08 Å2 / CC1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.09959 / Rpim(I) all: 0.05829 / Rrim(I) all: 0.1158 / Net I/σ(I): 6.16
反射 シェル解像度: 1.352→1.4 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 1.518 / Mean I/σ(I) obs: 0.44 / Num. unique obs: 29313 / CC1/2: 0.317 / CC star: 0.694 / Rpim(I) all: 0.9715 / Rrim(I) all: 1.814 / % possible all: 72.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2HEZ

2hez


解像度: 1.35→29.34 Å / SU ML: 0.2517 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.8431
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2 1965 0.6 %
Rwork0.1777 325823 -
obs0.1778 327788 92.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 25.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→29.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9783 0 112 1386 11281
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006210145
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.857813851
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0831535
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00561773
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.38021376
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.35-1.390.4329920.431916582X-RAY DIFFRACTION66.32
1.39-1.420.39161380.41922255X-RAY DIFFRACTION89.09
1.42-1.470.40041440.391623033X-RAY DIFFRACTION92.08
1.47-1.510.41081420.384723354X-RAY DIFFRACTION93.27
1.51-1.570.34991460.317623491X-RAY DIFFRACTION94.06
1.57-1.630.30741420.25623604X-RAY DIFFRACTION94.43
1.63-1.70.25611470.228823740X-RAY DIFFRACTION94.82
1.7-1.790.24321370.215223847X-RAY DIFFRACTION95.11
1.79-1.910.20461500.181823956X-RAY DIFFRACTION95.63
1.91-2.050.18811380.163924058X-RAY DIFFRACTION96.24
2.05-2.260.18331470.157824207X-RAY DIFFRACTION96.5
2.26-2.590.18011500.158624328X-RAY DIFFRACTION97.16
2.59-3.260.15761460.15324556X-RAY DIFFRACTION97.6
3.26-29.340.16571460.136324812X-RAY DIFFRACTION98.15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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