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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7sv3 | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of SpaA-SLH in complex with 4,6-Pyr-beta-D-ManNAc-(1->4)-beta-D-GlcNAcOMe | ||||||||||||
要素 | Surface (S-) layer glycoprotein | ||||||||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / S-layer (S層) / SLH domain / Secondary cell wall polymer | ||||||||||||
機能・相同性 | S-layer homology domain / S-layer homology (SLH) domain profile. / Copper resistance protein CopC/internalin, immunoglobulin-like / Chem-D2Y / Surface (S-) layer glycoprotein 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Paenibacillus alvei (バクテリア) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Legg, M.S.G. / Evans, S.V. | ||||||||||||
資金援助 | オーストリア, 3件
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引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022 タイトル: The S-layer homology domains of Paenibacillus alvei surface protein SpaA bind to cell wall polysaccharide through the terminal monosaccharide residue. 著者: Legg, M.S.G. / Hager-Mair, F.F. / Krauter, S. / Gagnon, S.M.L. / Lopez-Guzman, A. / Lim, C. / Blaukopf, M. / Kosma, P. / Schaffer, C. / Evans, S.V. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7sv3.cif.gz | 55.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7sv3.ent.gz | 36.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7sv3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sv/7sv3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sv/7sv3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19784.240 Da / 分子数: 1 / 断片: SLH domains (UNP residues 21-193) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Paenibacillus alvei (バクテリア) 遺伝子: spaA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C1JZ07 |
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#2: 化合物 | ChemComp-D2Y / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.27 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.1 M sodium acetate trihydrate pH 4.5, 2.0 M ammonium sulphate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月18日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.7→20 Å / Num. obs: 19791 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.145 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.154 / Χ2: 0.839 / Net I/σ(I): 11.8 / Num. measured all: 155592 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6CWM 解像度: 1.7→19.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 2.514 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.108 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 50.35 Å2 / Biso mean: 15.054 Å2 / Biso min: 6.92 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.7→19.9 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.744 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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