PDB-7sv2: Human Cytochrome P450 (CYP) 3A5 ternary complex with azamulin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7sv2

タイトル

Human Cytochrome P450 (CYP) 3A5 ternary complex with azamulin

要素

Cytochrome P450 3A5

キーワード

OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / Inhibitor / complex / binding properties / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

retinoic acid 4-hydroxylase activity / estrogen 16-alpha-hydroxylase activity / lipid hydroxylation / aflatoxin metabolic process / testosterone 6-beta-hydroxylase activity / alkaloid catabolic process / Aflatoxin activation and detoxification / estrogen 2-hydroxylase activity / oxidative demethylation / Xenobiotics ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.46 Å

データ登録者

Hsu, M. / Johnson, E.F.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Structural characterization of the homotropic cooperative binding of azamulin to human cytochrome P450 3A5.
著者: Hsu, M.H. / Johnson, E.F.

履歴

登録	2021年11月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年5月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7sv2.cif.gz	886.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7sv2.ent.gz	618.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7sv2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sv/7sv2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sv/7sv2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6mjmS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (5) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cytochrome P450 3A5

B: Cytochrome P450 3A5

C: Cytochrome P450 3A5

D: Cytochrome P450 3A5

ヘテロ分子

226 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Cytochrome P450 3A5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: chain is functional unit
56.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Cytochrome P450 3A5

ヘテロ分子

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56.4 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Cytochrome P450 3A5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
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4

D: Cytochrome P450 3A5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
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単位格子

Length a, b, c (Å)	104.786, 134.300, 275.274
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

#1: タンパク質	Cytochrome P450 3A5 / CYPIIIA5 / Cytochrome P450 HLp2 / Cytochrome P450-PCN3 分子量: 54862.586 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP 24-497 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP3A5 / プラスミド: PCWORI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH-5A / 参照: UniProt: P20815, unspecific monooxygenase
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MWY / (3aS,4R,5S,6R,8R,9R,9aR,10R)-6-ethyl-5-hydroxy-4,6,9,10-tetramethyl-1-oxodecahydro-3a,9-propanocyclopenta[8]annulen-8-yl [(5-amino-1H-1,2,4-triazol-3-yl)sulfanyl]acetate 分子量: 478.648 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₃₈N₄O₄S / コメント: 抗生剤, 阻害剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.26 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Na Malonate, pH 6.5, 30% PEG 3350, n-decyl-beta-D-maltoside

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL12-1 / 波長: 0.97946 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97946 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→39.56 Å / Num. obs: 85964 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 12.1 % / B_iso Wilson estimate: 50.98 Å² / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 7.8

反射シェル

解像度 (Å)	Num. unique obs	CC_1/2	Diffraction-ID
2.46-2.51	4241	0.599	1
2.3-2.34	4291	0.202	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
JBluIce-EPICS	1.19.2_4158	データ収集
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6mjm

6mjm

解像度: 2.46→39.44 Å / SU ML: 0.2865 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.8963
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2233	3400	4.81 %
R_work	0.1877	67252	-
obs	0.1894	70652	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 63.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.46→39.44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14651	0	436	128	15215

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0028	15490
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6205	21087
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0438	2362
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2670
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.222	6012

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.46-2.5	0.3074	147	0.2512	2804	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.5-2.53	0.3214	131	0.2501	2752	X-RAY DIFFRACTION	100
2.53-2.57	0.3198	136	0.2555	2829	X-RAY DIFFRACTION	100
2.57-2.61	0.3074	136	0.2444	2718	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.61-2.66	0.3279	139	0.2365	2796	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.66-2.71	0.2951	143	0.2374	2752	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.76	0.2942	141	0.2339	2814	X-RAY DIFFRACTION	100
2.76-2.82	0.2635	120	0.2181	2775	X-RAY DIFFRACTION	100
2.82-2.88	0.2899	137	0.2249	2762	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.88-2.94	0.259	129	0.2369	2844	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.94-3.02	0.2842	132	0.2268	2751	X-RAY DIFFRACTION	100
3.02-3.1	0.2686	155	0.2162	2778	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.1-3.19	0.2669	144	0.2004	2778	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.19-3.29	0.2147	141	0.2007	2815	X-RAY DIFFRACTION	100
3.29-3.41	0.2621	165	0.2138	2772	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.41-3.55	0.2556	158	0.2031	2784	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3.55-3.71	0.2174	155	0.1907	2782	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.71-3.9	0.1888	139	0.1688	2789	X-RAY DIFFRACTION	99.83
3.9-4.15	0.2085	147	0.1681	2796	X-RAY DIFFRACTION	99.76
4.15-4.47	0.1981	140	0.1621	2839	X-RAY DIFFRACTION	99.87
4.47-4.92	0.1745	137	0.1588	2805	X-RAY DIFFRACTION	99.73
4.92-5.63	0.2077	160	0.1702	2848	X-RAY DIFFRACTION	99.97
5.63-7.08	0.2035	141	0.1811	2872	X-RAY DIFFRACTION	99.9
7.08-39.44	0.1651	127	0.1535	2997	X-RAY DIFFRACTION	99.81

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.34184099534	0.325080989293	0.37285044694	1.06005176359	-0.147557443306	1.26933562689	-0.0455466819085	0.0491551277417	0.0435093355607	-0.0137482489635	0.0547678698426	0.0488112279857	0.0191598379988	-0.0414184655748	-1.41785444417E-5	0.331241367251	-0.0557223963583	0.0118182540565	0.262551894811	-0.0126188870376	0.278868854398	-11.951153518	35.8122004517	40.2431705528
2	1.40968431157	-0.322504961083	-0.380844219755	0.689709204857	0.16936069837	0.946868676391	-0.00387895854044	-0.193060217951	0.0745614728737	0.247077365293	-0.0318624213845	-0.187043106379	-0.0490993202172	0.189600376152	-0.00338800633547	0.420231537326	-0.0905572585628	-0.185385382478	0.369447592776	0.0380601517625	0.34180552035	27.716486318	67.4707004051	58.747547303
3	2.50329301845	-0.594950174587	0.172163528017	1.3586417621	-0.141311609912	1.08782921703	-0.0535457379064	-0.0206907871167	0.184933620173	0.071556156148	0.0353686662279	0.0791893924266	-0.122680764231	-0.108941510275	4.60391527489E-5	0.318921657431	0.014493039969	-0.0279703133282	0.271712035589	0.00908477480482	0.244367146531	38.5788253485	11.5480424737	22.7839466938
4	0.730560781282	-0.162948255438	0.278525935037	0.964912925502	0.150892091229	1.19518243143	-0.0229590588815	0.103542047309	-0.0263401054367	-0.103674281928	0.0375993732859	-0.341507695251	0.134463590858	0.20161631612	6.98213360332E-5	0.303740729054	0.00850122095538	0.0326341152081	0.355122147757	0.0651908091212	0.461917985305	34.5883549776	50.5240546057	16.4973302083

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	(chain 'A' and resid 23 through 495)	A	A	23 - 495	1 - 465
2	2	(chain 'B' and resid 23 through 496)	B	E	23 - 496	1 - 465
3	3	(chain 'C' and resid 29 through 496)	C	I	29 - 496	1 - 456
4	4	(chain 'D' and resid 27 through 495)	D	M	27 - 495	1 - 438

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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