PDB-7suo: Crystal Structure of the G3BP1 NTF2-like domain bound to the IDR1...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7suo

タイトル

Crystal Structure of the G3BP1 NTF2-like domain bound to the IDR1 of SARS-CoV-2 nucleocapsid protein

要素

Nucleoprotein
Ras GTPase-activating protein-binding protein 1

キーワード

Hydrolase/Viral Protein / nucleocapsid protein / G3BP1 / Hydrolase-Viral Protein complex

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA/RNA helicase activity / ribosomal small subunit binding / positive regulation of type I interferon production / stress granule assembly / DNA helicase activity / molecular condensate scaffold activity / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / cytoplasmic stress granule / endonuclease activity / perikaryon ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Biswal, M. / Lu, J. / Song, J.

資金援助

米国, 5件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Library of Medicine (NIH/NLM)	1R21AI147057	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R35GM119721	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R01AI153419	米国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)	R01HD092431	米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)	R01ES032024	米国

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2022
タイトル: SARS-CoV-2 Nucleocapsid Protein Targets a Conserved Surface Groove of the NTF2-like Domain of G3BP1.
著者: Biswal, M. / Lu, J. / Song, J.

履歴

登録	2021年11月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年3月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7suo.cif.gz	136.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7suo.ent.gz	106.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7suo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7suo_validation.pdf.gz	445.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7suo_full_validation.pdf.gz	449.9 KB	表示
XML形式データ	7suo_validation.xml.gz	13.7 KB	表示
CIF形式データ	7suo_validation.cif.gz	18.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/su/7suo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/su/7suo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5fw5S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4etl-d 4r7o-4 3azt-1 4a7m-d 1ml2-d 4u3t-2 3amc-2 4v0v-2 6b6k-d 6dno-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ras GTPase-activating protein-binding protein 1

B: Ras GTPase-activating protein-binding protein 1

C: Nucleoprotein

D: Nucleoprotein

33.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.704, 51.140, 153.088
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Ras GTPase-activating protein-binding protein 1 / G3BP-1 / ATP-dependent DNA helicase VIII / hDH VIII / GAP SH3 domain-binding protein 1 分子量: 15767.881 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: G3BP1, G3BP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13283, DNA helicase, RNA helicase
#2: タンパク質・ペプチド	Nucleoprotein 分子量: 1118.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.3 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 20% propan-2-ol, 0.1 M MES monohydrate (pH 6.0), 20% PEG MME 20,000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2021年6月25日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 14524 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 7.9 % / B_iso Wilson estimate: 32.38 Å² / R_merge(I) obs: 0.15 / R_pim(I) all: 0.056 / R_rim(I) all: 0.16 / Χ²: 0.727 / Net I/σ(I): 4.6 / Num. measured all: 114088

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.35-2.43	6.1	0.659	1318	0.744	0.281	0.72	0.46	92.4
2.43-2.53	7.1	0.595	1391	0.851	0.236	0.642	0.466	96.9
2.53-2.65	7.8	0.518	1425	0.917	0.195	0.555	0.498	98.9
2.65-2.79	8.3	0.399	1441	0.951	0.146	0.426	0.527	100
2.79-2.96	8.4	0.316	1422	0.966	0.114	0.336	0.599	100
2.96-3.19	8.4	0.216	1477	0.983	0.079	0.23	0.694	100
3.19-3.51	8.4	0.146	1462	0.992	0.053	0.156	0.8	100
3.51-4.02	8.3	0.105	1470	0.994	0.038	0.112	0.901	100
4.02-5.06	8.1	0.095	1502	0.995	0.035	0.101	1.148	100
5.06-50	7.5	0.065	1616	0.998	0.025	0.069	1.006	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.2_4158: ???)	精密化
HKL-3000	v721.3	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-3000	v721.3	データ削減
PHENIX	1.19.2_4158	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5FW5

5fw5

解像度: 2.35→48.51 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.89 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2477	1446	9.99 %
R_work	0.1968	-	-
obs	0.2017	14470	98.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→48.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2289	0	0	87	2376

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	2437
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.699	3316
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.087	343
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	351
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	446

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.35-2.43	0.3203	130	0.2612	1180	X-RAY DIFFRACTION	92
2.43-2.53	0.3186	140	0.2416	1250	X-RAY DIFFRACTION	97
2.53-2.65	0.2874	140	0.2337	1284	X-RAY DIFFRACTION	99
2.65-2.79	0.2748	145	0.2102	1296	X-RAY DIFFRACTION	100
2.79-2.96	0.2638	142	0.2126	1276	X-RAY DIFFRACTION	100
2.96-3.19	0.2369	148	0.2042	1326	X-RAY DIFFRACTION	100
3.19-3.51	0.2458	145	0.1843	1311	X-RAY DIFFRACTION	100
3.51-4.02	0.2312	146	0.1816	1320	X-RAY DIFFRACTION	100
4.02-5.06	0.206	150	0.156	1346	X-RAY DIFFRACTION	100
5.06-48.51	0.2512	160	0.2109	1435	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3997	0.9321	0.4195	5.4467	1.25	6.0286	0.1507	-0.4108	0.0473	-0.2447	0.0755	-0.7955	-0.392	0.5701	-0.1153	0.1882	-0.0472	0.0343	0.3778	-0.1677	0.3884	-5.176	9.259	-9.438
2	7.9484	0.2756	-4.0091	4.784	2.2494	8.6057	0.3367	1.5035	0.7674	-2.1937	-0.5117	0.0009	-1.7041	-0.3767	0.1753	1.0207	0.0291	0.0768	0.4996	-0.0402	0.6111	-10.826	22.903	-17.994
3	5.2996	-0.962	-1.2566	2.7844	1.5685	3.4183	0.0783	-0.0956	0.0512	-0.0292	-0.0565	0.0677	-0.2289	-0.1153	0.014	0.1905	-0.0049	-0.0155	0.288	-0.0751	0.1975	-12.845	9.124	-12.811
4	2.4291	-0.2784	-1.7703	1.1771	-2.2594	6.4918	-0.6245	1.5673	0.1831	-1.4057	0.214	-1.5362	-0.1772	0.8804	0.3272	0.7026	-0.3472	0.2218	0.7442	-0.0489	0.8256	-3.874	13.357	-41.078
5	5.9344	2.428	1.7829	7.1828	-0.0168	4.5114	0.1435	0.3836	-0.1529	-0.4322	-0.0529	0.3116	0.0386	0.0652	-0.0763	0.2283	0.0406	0.0129	0.2415	-0.0145	0.1199	-18.854	-0.83	-33.417
6	8.9186	-5.014	-3.5016	8.4313	5.6723	3.8182	-0.2048	-2.1485	-0.9074	2.0183	0.4658	-0.1366	1.6742	0.6934	-0.1281	0.822	-0.0908	-0.1548	0.7363	0.2238	0.7671	-19.77	-10.468	-16.47
7	4.8062	2.4796	2.9119	7.5945	-0.4196	7.1547	-0.0201	-0.6409	-0.3961	-0.1196	0.0111	0.3342	0.5942	-0.8461	0.0341	0.4155	-0.013	-0.0376	0.3307	-0.0982	0.2644	-24.179	-11.049	-30.114
8	7.1326	0.9276	-1.7066	4.5582	0.6695	4.8015	-0.2812	-0.0709	0.7739	-0.2818	0.043	0.325	-0.6803	0.0017	0.1326	0.3609	0.0705	-0.0588	0.2366	-0.0741	0.1795	-19.213	8.302	-26.684
9	5.5354	0.9536	-0.9333	3.8664	0.7283	4.0065	0.0969	0.2281	0.1732	-0.4446	-0.0263	0.1893	-0.0963	-0.1312	0.0297	0.2405	0.0126	-0.0191	0.2665	-0.0024	0.1809	-19.887	1.04	-29.231
10	6.2985	-0.7419	-5.496	2.8937	0.7824	6.5631	-0.1994	-0.4568	0.2902	0.1906	0.2917	-0.1133	0.5736	0.4795	-0.2498	0.1943	-0.0106	-0.0373	0.3201	-0.0945	0.2143	-19.269	-0.555	-21.862
11	4.4923	2.1433	0.294	4.0096	-2.7338	7.5372	0.1031	-0.3847	0.4087	-0.1916	-0.5608	-1.6965	0.3568	1.3941	0.5284	0.2693	0.0048	0.0485	0.8764	-0.1393	0.595	3.466	4.608	-9.208
12	6.9738	0.1808	0.9978	5.4849	-6.308	9.0141	0.5925	1.1324	0.449	-1.5247	-1.5667	-1.8683	0.8228	0.8924	0.8832	0.7895	-0.012	0.3154	0.746	0.007	0.4492	-10.48	1.651	-42.534

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 3:42 )	A	3 - 42
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 43:67 )	A	43 - 67
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 68:138 )	A	68 - 138
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN B AND RESID 2:7 )	B	2 - 7
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN B AND RESID 8:42 )	B	8 - 42
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 43:57 )	B	43 - 57
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 58:73 )	B	58 - 73
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 74:99 )	B	74 - 99
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 100:123 )	B	100 - 123
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 124:139 )	B	124 - 139
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN C AND RESID 13:21 )	C	13 - 21
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN D AND RESID 12:22 )	D	12 - 22

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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