PDB-7stv: Crystal structure of sulfatase from Pedobacter yulinensis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7stv

タイトル

Crystal structure of sulfatase from Pedobacter yulinensis

要素

N-acetylgalactosamine-6-sulfatase

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

arylsulfatase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pedobacter yulinensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

O'Malley, A. / Schlachter, C.R. / Grimes, L.L. / Tomashek, J.J. / Lee, A.L. / Chruszcz, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Molecules / 年: 2021
タイトル: Purification, Characterization, and Structural Studies of a Sulfatase from Pedobacter yulinensis .
著者: Schlachter, C.R. / O'Malley, A. / Grimes, L.L. / Tomashek, J.J. / Chruszcz, M. / Lee, L.A.

履歴

登録	2021年11月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年1月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2023年11月15日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7stv.cif.gz	179.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7stv.ent.gz	135.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7stv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7stv_validation.pdf.gz	852.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7stv_full_validation.pdf.gz	857.8 KB	表示
XML形式データ	7stv_validation.xml.gz	18.8 KB	表示
CIF形式データ	7stv_validation.cif.gz	26.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/st/7stv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/st/7stv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7sttSC 7stuC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3l6q-d 2rch-d 1qs0-d 2nnb-d 6rzq-d 1jme-d 6eo4-d 7nqr-d 2rcm-d 3cli-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: N-acetylgalactosamine-6-sulfatase

ヘテロ分子

51.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: N-acetylgalactosamine-6-sulfatase

ヘテロ分子

A: N-acetylgalactosamine-6-sulfatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
103 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.728, 82.728, 115.292
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-505- CL
2	1	A-700- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	N-acetylgalactosamine-6-sulfatase 分子量: 51392.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pedobacter yulinensis (バクテリア) 遺伝子: C7T94_09545 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2T3HKC0

-
非ポリマー , 5種, 122分子

#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.5 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1 M sodium citrate pH 5.5, 20% w/v polyethylene glycol 3000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 295 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.34→40 Å / Num. obs: 19275 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 9.2 % / CC_1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.101 / R_pim(I) all: 0.048 / R_rim(I) all: 0.148 / R_sym value: 0.101 / Net I/σ(I): 18.5
反射シェル	解像度: 2.34→2.38 Å / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.489 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 936 / CC_1/2: 0.948 / CC star: 0.986 / R_pim(I) all: 0.175 / R_rim(I) all: 0.525 / R_sym value: 0.489 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7STT

7stt

解像度: 2.35→34.232 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 19.712 / SU ML: 0.209 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.393 / ESU R Free: 0.244 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2295	943	4.904 %
R_work	0.1717	18285	-
all	0.174	-	-
obs	-	19228	98.353 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.402 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.062 Å²	1.031 Å²	0 Å²
2-	-	2.062 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-6.691 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→34.232 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3448	0	18	116	3582

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	3550
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.015	3245
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.313	1.651	4817
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.271	1.582	7471
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.423	5	437
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.863	22.256	195
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.266	15	561
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.733	15	23
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.059	0.2	444
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4093
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	857
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	767
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.194	0.2	3075
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.162	0.2	1721
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	1472
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	161
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.113	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.141	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.242	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.28	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.224	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.067	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.719	4.83	1754
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.719	4.829	1753
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.86	7.238	2189
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.86	7.239	2190
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.864	5.014	1796
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.853	5.012	1793
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.163	7.422	2628
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.162	7.423	2629
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.182	56.394	4062
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.183	56.355	4055

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.35-2.411	0.301	77	0.286	1236	X-RAY DIFFRACTION	93.3191
2.411-2.477	0.352	58	0.274	1336	X-RAY DIFFRACTION	100
2.477-2.548	0.316	73	0.248	1253	X-RAY DIFFRACTION	99.9246
2.548-2.626	0.306	74	0.231	1235	X-RAY DIFFRACTION	98.7179
2.626-2.712	0.276	68	0.209	1190	X-RAY DIFFRACTION	99.9206
2.712-2.807	0.272	53	0.19	1175	X-RAY DIFFRACTION	100
2.807-2.912	0.279	51	0.184	1147	X-RAY DIFFRACTION	99.9166
2.912-3.03	0.187	67	0.174	1068	X-RAY DIFFRACTION	100
3.03-3.164	0.23	50	0.18	1055	X-RAY DIFFRACTION	99.8193
3.164-3.318	0.325	49	0.187	1002	X-RAY DIFFRACTION	99.3384
3.318-3.496	0.221	29	0.184	953	X-RAY DIFFRACTION	98.4955
3.496-3.706	0.208	49	0.158	878	X-RAY DIFFRACTION	97.1698
3.706-3.96	0.239	47	0.156	834	X-RAY DIFFRACTION	96.4951
3.96-4.273	0.145	44	0.132	751	X-RAY DIFFRACTION	94.5303
4.273-4.676	0.182	37	0.128	702	X-RAY DIFFRACTION	95.232
4.676-5.219	0.252	32	0.138	672	X-RAY DIFFRACTION	98.0501
5.219-6.009	0.197	32	0.163	599	X-RAY DIFFRACTION	98.9028
6.009-7.319	0.233	27	0.16	509	X-RAY DIFFRACTION	98.893
7.319-10.181	0.191	22	0.136	422	X-RAY DIFFRACTION	99.1071
10.181-34.232	0.291	4	0.192	268	X-RAY DIFFRACTION	98.1949

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -33.34 Å / Origin y: 6.47 Å / Origin z: -16.9122 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0866 Å²	0.0344 Å²	-0.0179 Å²	-	0.0973 Å²	-0.0188 Å²	-	-	0.0134 Å²
L	0.7211 °²	-0.1627 °²	-0.1402 °²	-	0.9915 °²	-0.3944 °²	-	-	0.7423 °²
S	-0.135 Å °	-0.1441 Å °	0.016 Å °	0.1245 Å °	0.0798 Å °	-0.1028 Å °	-0.0659 Å °	0.0496 Å °	0.0553 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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