PDB-7stu: Crystal structure of sulfatase from Pedobacter yulinensis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7stu

タイトル

Crystal structure of sulfatase from Pedobacter yulinensis

要素

N-acetylgalactosamine-6-sulfatase

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

arylsulfatase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pedobacter yulinensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.23 Å

データ登録者

O'Malley, A. / Schlachter, C.R. / Grimes, L.L. / Tomashek, J.J. / Lee, A.L. / Chruszcz, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Molecules / 年: 2021
タイトル: Purification, Characterization, and Structural Studies of a Sulfatase from Pedobacter yulinensis .
著者: Schlachter, C.R. / O'Malley, A. / Grimes, L.L. / Tomashek, J.J. / Chruszcz, M. / Lee, L.A.

履歴

登録	2021年11月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年1月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2023年11月15日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7stu.cif.gz	180.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7stu.ent.gz	136.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7stu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/st/7stu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/st/7stu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7sttSC 7stvC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3scw-d 3sct-d 3scq-d 3ldl-d 4qlk-d 7bzm-d 3ahv-d 3aht-d 3ldo-d 3scp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: N-acetylgalactosamine-6-sulfatase

ヘテロ分子

51.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: N-acetylgalactosamine-6-sulfatase

ヘテロ分子

A: N-acetylgalactosamine-6-sulfatase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
104 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.286, 83.286, 115.793
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-846- HOH

#1: タンパク質	N-acetylgalactosamine-6-sulfatase 分子量: 51392.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pedobacter yulinensis (バクテリア) 遺伝子: C7T94_09545 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2T3HKC0
#2: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド分子量: 79.904 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 316 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.47 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.15 M potassium bromide, 30% w/v polyethylene glycol monomethyl ether 2000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 295 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.23→40 Å / Num. obs: 23149 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 9.1 % / CC_1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.128 / R_pim(I) all: 0.057 / R_rim(I) all: 0.172 / R_sym value: 0.128 / Net I/σ(I): 15.14
反射シェル	解像度: 2.23→2.27 Å / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.907 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 1144 / CC_1/2: 0.738 / CC star: 0.922 / R_pim(I) all: 0.339 / R_rim(I) all: 0.858 / R_sym value: 0.907 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7STT

7stt

解像度: 2.23→39.217 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / SU B: 14.177 / SU ML: 0.164 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.302 / ESU R Free: 0.215 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2252	1205	5.235 %
R_work	0.1738	21815	-
all	0.176	-	-
obs	-	23020	99.19 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.47 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.13 Å²	0.565 Å²	0 Å²
2-	-	1.13 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-3.664 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.23→39.217 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3495	0	9	316	3820

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	3586
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.015	3292
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.382	1.65	4862
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.331	1.583	7583
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.433	5	444
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.014	22.335	197
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.44	15	576
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.544	15	23
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.064	0.2	448
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4142
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	868
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	811
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.192	0.2	3191
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.164	0.2	1758
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	1449
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.135	0.2	307
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.067	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.139	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.248	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.196	0.2	85
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.1	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.236	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.042	2.486	1779
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.039	2.485	1778
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.831	3.726	2222
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.831	3.728	2223
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.105	2.58	1807
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.105	2.581	1808
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.901	3.811	2640
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.901	3.811	2640
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.29	30.602	4299
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.134	30.058	4245

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.23-2.288	0.319	102	0.282	1553	X-RAY DIFFRACTION	99.3397
2.288-2.35	0.308	78	0.218	1560	X-RAY DIFFRACTION	99.7564
2.35-2.418	0.226	81	0.195	1523	X-RAY DIFFRACTION	99.442
2.418-2.492	0.251	101	0.172	1440	X-RAY DIFFRACTION	99.8704
2.492-2.574	0.22	66	0.175	1424	X-RAY DIFFRACTION	98.6755
2.574-2.664	0.186	74	0.164	1375	X-RAY DIFFRACTION	99.8622
2.664-2.764	0.204	77	0.171	1348	X-RAY DIFFRACTION	99.7899
2.764-2.876	0.238	77	0.168	1269	X-RAY DIFFRACTION	100
2.876-3.003	0.24	79	0.171	1234	X-RAY DIFFRACTION	99.9239
3.003-3.149	0.249	49	0.181	1200	X-RAY DIFFRACTION	100
3.149-3.318	0.242	64	0.19	1145	X-RAY DIFFRACTION	100
3.318-3.518	0.226	61	0.189	1042	X-RAY DIFFRACTION	98.6583
3.518-3.759	0.25	52	0.173	986	X-RAY DIFFRACTION	96.9188
3.759-4.057	0.209	38	0.151	940	X-RAY DIFFRACTION	97.1202
4.057-4.439	0.197	38	0.14	860	X-RAY DIFFRACTION	97.1861
4.439-4.956	0.233	40	0.145	800	X-RAY DIFFRACTION	98.476
4.956-5.708	0.143	30	0.167	719	X-RAY DIFFRACTION	99.8667
5.708-6.955	0.239	35	0.164	616	X-RAY DIFFRACTION	100
6.955-9.691	0.193	47	0.153	461	X-RAY DIFFRACTION	97.6923
9.691-39.217	0.175	15	0.193	312	X-RAY DIFFRACTION	99.6951

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5928	0.0821	-0.1289	0.4738	0.0821	0.5364	0.0274	0.0725	-0.1076	0.0271	-0.0351	-0.0193	0.0679	-0.0429	0.0078	0.0948	-0.0163	-0.0184	0.1043	-0.0253	0.0241	-27.0224	18.6896	19.3851
2	3.1167	0.6602	1.1357	0.9114	0.023	1.0701	-0.0211	0.0511	-0.3739	0.0115	-0.0762	-0.3301	0.0474	0.0126	0.0973	0.1446	0.0199	-0.0309	0.1274	-0.0074	0.2025	-6.4504	14.1716	16.48
3	1.4097	0.7196	0.7083	0.7743	0.3791	0.9707	-0.0177	0.1395	0.0267	-0.0748	-0.0224	-0.0175	0.0239	-0.0718	0.0401	0.0925	-0.0053	0.0001	0.1647	-0.0062	0.0058	-24.7936	27.352	9.676
4	1.1359	-0.0284	-0.0288	0.765	0.0181	0.6549	0.0921	0.047	0.1336	-0.0052	-0.0473	-0.0804	-0.097	-0.0151	-0.0448	0.0878	0.0047	0.0058	0.0949	0.0196	0.0285	-19.7573	43.9494	18.0476

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	1 - 209
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	A	210 - 260
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	A	261 - 344
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	A	345 - 445

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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