[日本語] English
万見
- PDB-7st8: Crystal structure of 7H2.2 Fab in complex with SAS1B C-terminal region -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7st8
タイトルCrystal structure of 7H2.2 Fab in complex with SAS1B C-terminal region
要素
  • 7H2.2 Fab Heavy Chain
  • 7H2.2 Fab Light Chain
  • Astacin-like metalloendopeptidase
キーワードIMMUNE SYSTEM / Cancer / antibody / oocyte antigen
機能・相同性
機能・相同性情報


glutamic-type peptidase activity / negative regulation of binding of sperm to zona pellucida / aspartic-type peptidase activity / prevention of polyspermy / cortical granule / positive regulation of protein processing / fertilization / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / metalloendopeptidase activity / cell adhesion ...glutamic-type peptidase activity / negative regulation of binding of sperm to zona pellucida / aspartic-type peptidase activity / prevention of polyspermy / cortical granule / positive regulation of protein processing / fertilization / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / metalloendopeptidase activity / cell adhesion / zinc ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Astacin-like domain profile. / Peptidase M12A / Astacin (Peptidase family M12A) / Peptidase, metallopeptidase / Zinc-dependent metalloprotease / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Astacin-like metalloendopeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Legg, M.S.G. / Evans, S.V.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)499037-16 カナダ
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2022
タイトル: Monoclonal antibody 7H2.2 binds the C-terminus of the cancer-oocyte antigen SAS1B through the hydrophilic face of a conserved amphipathic helix corresponding to one of only two regions ...タイトル: Monoclonal antibody 7H2.2 binds the C-terminus of the cancer-oocyte antigen SAS1B through the hydrophilic face of a conserved amphipathic helix corresponding to one of only two regions predicted to be ordered
著者: Legg, M.S.G. / Gagnon, S.M.L. / Powell, C.J. / Boulanger, M.J. / Li, A.J.J. / Evans, S.V.
履歴
登録2021年11月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
H: 7H2.2 Fab Heavy Chain
L: 7H2.2 Fab Light Chain
S: Astacin-like metalloendopeptidase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,9003
ポリマ－64,9003
非ポリマー00
水46826
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4850 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area19540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.355, 43.030, 106.227
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 123.890, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: 抗体 7H2.2 Fab Heavy Chain


分子量: 23838.760 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 7H2.2 Fab Light Chain


分子量: 23852.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: タンパク質 Astacin-like metalloendopeptidase / SAS1B / Oocyte astacin / Ovastacin / ZP2-proteinase


分子量: 17208.973 Da / 分子数: 1 / Fragment: C-terminus / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ASTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q6HA08, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.42 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M CHES, pH 9.5, 20 % (w/v) PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→40 Å / Num. obs: 13315 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 9.7 % / Rmerge(I) obs: 0.161 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.169 / Χ2: 1.146 / Net I/σ(I): 16.9 / Num. measured all: 129654
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.75-2.854.60.50312850.8720.2460.5641.11194.9
2.85-2.965.40.43212950.9280.190.4751.10295.6
2.96-3.16.80.35512840.9270.1410.3841.10593.2
3.1-3.2680.28612840.9580.1010.3051.07296
3.26-3.468.60.2913210.9260.0980.3081.43596.4
3.46-3.739.30.23613200.9570.0790.251.30796.5
3.73-4.1110.80.2213380.9590.0670.231.23197.5
4.11-4.713.70.17113760.990.0460.1771.09199.6
4.7-5.9214.50.11913820.9960.0310.1231.052100
5.92-4014.50.06914300.9980.0190.0711.05998.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3U9U Fab heavy chain, and 2XQY Fab light chain

3u9u

2xqy


解像度: 2.75→26.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.88 / SU B: 19.049 / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.415 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2699 648 5.2 %RANDOM
Rwork0.2307 ---
obs0.2328 11735 93.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 104.09 Å2 / Biso mean: 40.324 Å2 / Biso min: 0.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.17 Å20 Å2-0.83 Å2
2--3.29 Å20 Å2
3---0.52 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.75→26.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3355 0 0 26 3381
Biso mean---25.32 -
残基数----455
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0133443
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173030
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2941.6424712
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0921.5687050
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4455452
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.62122.937126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.88615504
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4151510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0390.2482
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.023861
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02685
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.821 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.388 35 -
Rwork0.337 868 -
all-903 -
obs--93 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る