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- PDB-7st5: Structure of Fab CC-95251 in complex with SIRP-alpha -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7st5
タイトルStructure of Fab CC-95251 in complex with SIRP-alpha
要素
  • (Fab CC-95251 anti-SIRP-alpha ...) x 2
  • Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type substrate 1
キーワードIMMUNE SYSTEM / cell surface receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to interleukin-12 / monocyte extravasation / negative regulation of macrophage inflammatory protein 1 alpha production / protein binding involved in heterotypic cell-cell adhesion / negative regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / regulation of interleukin-1 beta production / GTPase regulator activity / cell-cell adhesion mediator activity / regulation of type II interferon production / negative regulation of nitric oxide biosynthetic process ...cellular response to interleukin-12 / monocyte extravasation / negative regulation of macrophage inflammatory protein 1 alpha production / protein binding involved in heterotypic cell-cell adhesion / negative regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / regulation of interleukin-1 beta production / GTPase regulator activity / cell-cell adhesion mediator activity / regulation of type II interferon production / negative regulation of nitric oxide biosynthetic process / protein antigen binding / negative regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / negative regulation of interferon-beta production / regulation of tumor necrosis factor production / negative regulation of JNK cascade / regulation of nitric oxide biosynthetic process / regulation of interleukin-6 production / Signal regulatory protein family interactions / negative regulation of phagocytosis / protein phosphatase inhibitor activity / negative regulation of interleukin-6 production / tertiary granule membrane / ficolin-1-rich granule membrane / negative regulation of tumor necrosis factor production / cellular response to interleukin-1 / positive regulation of phagocytosis / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / protein tyrosine kinase binding / Cell surface interactions at the vascular wall / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / SH3 domain binding / cellular response to type II interferon / positive regulation of T cell activation / negative regulation of inflammatory response / cellular response to hydrogen peroxide / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / cell migration / regulation of gene expression / protein phosphatase binding / cell adhesion / Neutrophil degranulation / cell surface / extracellular exosome / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. ...: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type substrate 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Fenalti, G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: Cancer Res Commun / 年: 2024
タイトル: Discovery and Preclinical Activity of BMS-986351, an Antibody to SIRP alpha That Enhances Macrophage-mediated Tumor Phagocytosis When Combined with Opsonizing Antibodies.
著者: Chan, H. / Trout, C.V. / Mikolon, D. / Adams, P. / Guzman, R. / Mavrommatis, K. / Abbasian, M. / Hadjivassiliou, H. / Dearth, L. / Fox, B.A. / Sivakumar, P. / Cho, H. / Hariharan, K.
履歴
登録2021年11月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年5月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Fab CC-95251 anti-SIRP-alpha heavy chain
L: Fab CC-95251 anti-SIRP-alpha light chain
F: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type substrate 1
h: Fab CC-95251 anti-SIRP-alpha heavy chain
l: Fab CC-95251 anti-SIRP-alpha light chain
A: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type substrate 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,33913
ポリマ－121,8746
非ポリマー4657
水3,027168
1
H: Fab CC-95251 anti-SIRP-alpha heavy chain
L: Fab CC-95251 anti-SIRP-alpha light chain
A: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type substrate 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,1536
ポリマ－60,9373
非ポリマー2163
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6150 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area22020 Å2
手法PISA
2
F: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type substrate 1
h: Fab CC-95251 anti-SIRP-alpha heavy chain
l: Fab CC-95251 anti-SIRP-alpha light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,1857
ポリマ－60,9373
非ポリマー2484
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6230 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area21890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.957, 97.704, 103.385
Angle α, β, γ (deg.)77.180, 85.920, 85.740
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11H
21h
12L
22l
13F
23A

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11VALVALPROPROHA2 - 2202 - 220
21VALVALPROPROhD2 - 2202 - 220
12ASPASPARGARGLB1 - 2111 - 211
22ASPASPARGARGlE1 - 2111 - 211
13GLUGLUGLUGLUFC3 - 1113 - 111
23GLUGLUGLUGLUAF3 - 1113 - 111

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 FA

#3: タンパク質 Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type substrate 1 / SHP substrate 1 / SHPS-1 / Brain Ig-like molecule with tyrosine-based activation motifs / Bit / ...SHP substrate 1 / SHPS-1 / Brain Ig-like molecule with tyrosine-based activation motifs / Bit / CD172 antigen-like family member A / Inhibitory receptor SHPS-1 / Macrophage fusion receptor / MyD-1 antigen / Signal-regulatory protein alpha-1 / Sirp-alpha-1 / Signal-regulatory protein alpha-2 / Sirp-alpha-2 / Signal-regulatory protein alpha-3 / Sirp-alpha-3 / p84


分子量: 13598.380 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIRPA, BIT, MFR, MYD1, PTPNS1, SHPS1, SIRP / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P78324

-
抗体 , 2種, 4分子 HhLl

#1: 抗体 Fab CC-95251 anti-SIRP-alpha heavy chain


分子量: 24223.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Fab CC-95251 anti-SIRP-alpha light chain


分子量: 23115.664 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 3種, 175分子

#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M MES pH 6.5, 25 %w/v PEG MME 550, 0.01 M Zinc sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.0782 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月11日 / 詳細: MICROMAX CONFOCAL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0782 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→95 Å / Num. obs: 83446 / % possible obs: 88.6 % / 冗長度: 2.2 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル解像度: 2.11→2.22 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 12639 / CC1/2: 0.804

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2JJS

2jjs


解像度: 2.2→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU B: 6.284 / SU ML: 0.159 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.253 / ESU R Free: 0.216 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2797 3601 4.9 %RANDOM
Rwork0.2446 ---
obs0.2463 69503 88.17 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 105.28 Å2 / Biso mean: 41.674 Å2 / Biso min: 13.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.55 Å21.33 Å20.52 Å2
2--0.15 Å2-0.48 Å2
3----0.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→50.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7446 0 30 168 7644
Biso mean--49.93 39.76 -
残基数----1040
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.027647
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.026675
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7641.93810427
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.106315254
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.21551026
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.49623.532269
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.50815993
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7461531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.21193
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0218827
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021752
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11H191340.05
12h191340.05
21L195520.04
22l195520.04
31F97720.05
32A97720.05
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.401 154 -
Rwork0.35 3304 -
all-3458 -
obs--55.86 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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