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- PDB-7sse: Crystal structure of the WDR domain of human DCAF1 in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sse
タイトルCrystal structure of the WDR domain of human DCAF1 in complex with CYCA-117-70
要素DDB1- and CUL4-associated factor 1
キーワードTRANSFERASE / WD-repeat / WDR / DCAF1 / SGC / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H2AT120 kinase activity / cell competition in a multicellular organism / V(D)J recombination / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / B cell differentiation / post-translational protein modification / nuclear estrogen receptor binding / fibrillar center / positive regulation of protein catabolic process ...histone H2AT120 kinase activity / cell competition in a multicellular organism / V(D)J recombination / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / B cell differentiation / post-translational protein modification / nuclear estrogen receptor binding / fibrillar center / positive regulation of protein catabolic process / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein ubiquitination / phosphorylation / protein serine kinase activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
VPRBP/DCAF1 family / Lissencephaly type-1-like homology motif / LIS1 homology (LisH) motif profile. / LIS1 homology motif / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-B1I / DDB1- and CUL4-associated factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.62 Å
データ登録者Kimani, S. / Owen, J. / Li, A. / Dong, A. / Li, Y. / Hutchinson, A. / Seitova, A. / Shahani, V.M. / Schapira, M. / Arrowsmith, C.H. ...Kimani, S. / Owen, J. / Li, A. / Dong, A. / Li, Y. / Hutchinson, A. / Seitova, A. / Shahani, V.M. / Schapira, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Halabelian, L. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
The Structural Genomics Consortium (SGC) カナダ
引用ジャーナル: J.Chem.Inf.Model. / 年: 2023
タイトル: Discovery of a Novel DCAF1 Ligand Using a Drug-Target Interaction Prediction Model: Generalizing Machine Learning to New Drug Targets.
著者: Kimani, S.W. / Owen, J. / Green, S.R. / Li, F. / Li, Y. / Dong, A. / Brown, P.J. / Ackloo, S. / Kuter, D. / Yang, C. / MacAskill, M. / MacKinnon, S.S. / Arrowsmith, C.H. / Schapira, M. / ...著者: Kimani, S.W. / Owen, J. / Green, S.R. / Li, F. / Li, Y. / Dong, A. / Brown, P.J. / Ackloo, S. / Kuter, D. / Yang, C. / MacAskill, M. / MacKinnon, S.S. / Arrowsmith, C.H. / Schapira, M. / Shahani, V. / Halabelian, L.
履歴
登録2021年11月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月23日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.gene_src_common_name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32023年11月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DDB1- and CUL4-associated factor 1
B: DDB1- and CUL4-associated factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,5433
ポリマ－71,1862
非ポリマー3571
水4,035224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.956, 87.919, 73.878
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.720, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 DDB1- and CUL4-associated factor 1 / HIV-1 Vpr-binding protein / VprBP / Serine/threonine-protein kinase VPRBP / Vpr-interacting protein


分子量: 35592.945 Da / 分子数: 2 / 変異: F1077A, R1079A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DCAF1, KIAA0800, RIP, VPRBP / プラスミド: pFBOH-MHL / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9Y4B6, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-B1I / N-[(3R)-1-(3-fluorophenyl)piperidin-3-yl]-6-(morpholin-4-yl)pyrimidin-4-amine


分子量: 357.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H24FN5O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.28 % / Mosaicity: 0.232 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 30% PEG3350 ,0.1M Ammonium Sulphate, 0.1M Bis-Tris pH5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.62→50 Å / Num. obs: 76489 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.041 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.048 / Χ2: 1.142 / Net I/σ(I): 13.5 / Num. measured all: 269845
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.62-1.652.10.51630680.6660.390.6510.68778.4
1.65-1.682.70.48835790.7440.3340.5950.6691.9
1.68-1.713.40.42438070.8470.2590.4990.68897.4
1.71-1.753.60.35338660.8940.2110.4130.69398.4
1.75-1.783.70.2838120.9320.1650.3260.67799
1.78-1.823.70.22839320.9440.1350.2650.74799.1
1.82-1.873.70.18438710.9670.1090.2140.78499.3
1.87-1.923.60.14338460.9770.0860.1680.82499.1
1.92-1.983.60.11138830.9830.0670.130.87998.8
1.98-2.043.50.09138780.9880.0560.1070.96798.7
2.04-2.113.20.07238540.990.0460.0861.05298
2.11-2.23.80.06538820.9940.0380.0751.02999.5
2.2-2.33.80.05439020.9950.0320.0631.13499.6
2.3-2.423.80.0538920.9960.0290.0581.2299.5
2.42-2.573.80.04839310.9960.0280.0551.39998.8
2.57-2.773.70.04238150.9960.0250.0491.48598.4
2.77-3.053.30.03638860.9970.0220.0421.71197.8
3.05-3.493.90.03538940.9980.020.041.93299
3.49-4.43.90.03339380.9970.0190.0381.9299.4
4.4-503.70.0339530.9970.0180.0351.63798.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4PXW

4pxw


解像度: 1.62→44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 2.247 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.101 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2335 3744 4.9 %RANDOM
Rwork0.2056 ---
obs0.2069 72666 97.32 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 75.04 Å2 / Biso mean: 26.441 Å2 / Biso min: 13.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.83 Å20 Å2-0.94 Å2
2---0.24 Å20 Å2
3----0.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.62→44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4608 0 26 226 4860
Biso mean--35.95 33.14 -
残基数----592
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0134800
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174176
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3071.6346533
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2831.5789683
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.9115601
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.47823.265245
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.82315739
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.5211520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0560.2647
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025524
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021045
LS精密化 シェル解像度: 1.62→1.662 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.336 203 -
Rwork0.332 4431 -
all-4634 -
obs--80.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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