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万見
- PDB-7ssc: TRL345 lineage ancestor I8 Fab bound to an HCMV gB-derived peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ssc
タイトルTRL345 lineage ancestor I8 Fab bound to an HCMV gB-derived peptide
要素
  • Envelope glycoprotein B peptide
  • TRL345-I8 Fab heavy chain
  • TRL345-I8 Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN / immunoglobulin / fusion protein / HCMV / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi membrane / host cell endosome membrane / symbiont entry into host cell / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus Glycoprotein B, antigenic domain, N-terminal / Glycoprotein B N-terminal antigenic domain of HCMV / : / Herpesvirus Glycoprotein B / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 1 / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 2 / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 2 superfamily / Herpesvirus Glycoprotein B ectodomain / Herpesvirus Glycoprotein B / Herpesvirus Glycoprotein B PH-like domain ...Herpesvirus Glycoprotein B, antigenic domain, N-terminal / Glycoprotein B N-terminal antigenic domain of HCMV / : / Herpesvirus Glycoprotein B / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 1 / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 2 / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 2 superfamily / Herpesvirus Glycoprotein B ectodomain / Herpesvirus Glycoprotein B / Herpesvirus Glycoprotein B PH-like domain / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Sponholtz, M.R. / McLellan, J.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Welch FoundationF-0003-19620604 米国
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2023
タイトル: A single, improbable B cell receptor mutation confers potent neutralization against cytomegalovirus.
著者: Jenks, J.A. / Amin, S. / Sponholtz, M.R. / Kumar, A. / Wrapp, D. / Venkatayogi, S. / Tu, J.J. / Karthigeyan, K. / Valencia, S.M. / Connors, M. / Harnois, M.J. / Hora, B. / Rochat, E. / ...著者: Jenks, J.A. / Amin, S. / Sponholtz, M.R. / Kumar, A. / Wrapp, D. / Venkatayogi, S. / Tu, J.J. / Karthigeyan, K. / Valencia, S.M. / Connors, M. / Harnois, M.J. / Hora, B. / Rochat, E. / McLellan, J.S. / Wiehe, K. / Permar, S.R.
履歴
登録2021年11月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: TRL345-I8 Fab heavy chain
L: TRL345-I8 Fab light chain
P: Envelope glycoprotein B peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7604
ポリマ－48,6683
非ポリマー921
水13,025723
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5080 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area19400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.879, 74.669, 104.880
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 TRL345-I8 Fab heavy chain


分子量: 23568.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 TRL345-I8 Fab light chain


分子量: 23315.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド Envelope glycoprotein B peptide / gB / gB-p17


分子量: 1783.959 Da / 分子数: 1 / Fragment: antigenic domain-2 (UNP residues 65-79) / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
参照: UniProt: P06473
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 723 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.28 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2 M magnesium chloride hexahydrate, 25% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→66.88 Å / Num. obs: 48200 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 13.44 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 17.2 / Num. measured all: 287280 / Scaling rejects: 175
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.8-1.8460.1391700128260.9820.0620.1539.698
9-66.885.90.03627664690.9980.0160.03923.599.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
MOSFLMデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6UOE, 6ZFO

6uoe

6zfo


解像度: 1.8→56.39 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 15.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1742 2377 4.94 %
Rwork0.1503 45764 -
obs0.1515 48141 97.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 71.62 Å2 / Biso mean: 18.1973 Å2 / Biso min: 4.88 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→56.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3361 0 6 723 4090
Biso mean--14 31.71 -
残基数----444
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8-1.840.2071570.17912634279198
1.84-1.880.2011560.16292650280698
1.88-1.920.18411500.1552640279097
1.92-1.970.19561090.14932607271694
1.97-2.020.20081280.1452686281498
2.02-2.080.18851350.14482668280398
2.08-2.150.171460.1462694284099
2.15-2.230.15561390.14192709284899
2.23-2.310.17271540.14382658281298
2.31-2.420.1871330.15372605273895
2.42-2.550.19861200.15952761288199
2.55-2.710.18731140.15842732284698
2.71-2.920.20211470.15992750289799
2.92-3.210.17221350.15422612274794
3.21-3.670.13921430.13762775291899
3.67-4.630.14161530.13382696284995
4.63-56.390.18441580.16352887304598
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.86370.80360.08841.4405-0.02740.2374-0.0041-0.02120.0021-0.0370.01550.06590.015-0.0139-0.01150.04230.0129-0.00750.08510.0040.0503-16.6242-32.4211.7042
20.42890.534-0.02471.51610.10120.0250.0477-0.0323-0.01470.0469-0.06220.00910.02460.02270.02190.07490.0067-0.02130.09770.00870.0424-8.8502-42.860414.4655
35.30710.7174-1.76064.8032-0.52737.77590.0033-0.20780.3430.26740.04230.1272-0.2998-0.1666-0.06550.062-0.0021-0.01480.0511-0.02470.08021.8257-8.762210.7589
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain HH1 - 213
2X-RAY DIFFRACTION2chain LL1 - 213
3X-RAY DIFFRACTION3chain PP69 - 79

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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