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- PDB-7sql: Crystal structure of human uridine-cytidine kinase 2 complexed wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sql
タイトルCrystal structure of human uridine-cytidine kinase 2 complexed with a weak small molecule inhibitor
要素Uridine-cytidine kinase 2
キーワードTransferase/Inhibitor / Kinase / Uridine kinase / Cytidine kinase / Inhibitor / transferase / Transferase-Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


uridine/cytidine kinase / CTP salvage / ribosylnicotinamide kinase activity / uridine kinase activity / Pyrimidine salvage / cytidine kinase activity / UMP salvage / phosphorylation / ATP binding / identical protein binding ...uridine/cytidine kinase / CTP salvage / ribosylnicotinamide kinase activity / uridine kinase activity / Pyrimidine salvage / cytidine kinase activity / UMP salvage / phosphorylation / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Uridine kinase-like / Phosphoribulokinase/uridine kinase / Phosphoribulokinase / Uridine kinase family / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AQX / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Uridine-cytidine kinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Mashayekh, S. / Stunkard, L.M. / Kienle, M. / Mathews, I.I. / Khosla, C.
資金援助1件
組織認可番号国
Other privatePTA 1256351-1-GAMDE
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2022
タイトル: Structure-Based Prototyping of Allosteric Inhibitors of Human Uridine/Cytidine Kinase 2 (UCK2).
著者: Mashayekh, S. / Stunkard, L.M. / Kienle, M. / Mathews, I.I. / Khosla, C.
履歴
登録2021年11月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uridine-cytidine kinase 2
B: Uridine-cytidine kinase 2
C: Uridine-cytidine kinase 2
D: Uridine-cytidine kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,75917
ポリマ－112,4354
非ポリマー2,32413
水4,197233
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Analyzed on a SEC column
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9350 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area39270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.087, 93.893, 157.497
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Uridine-cytidine kinase 2 / UCK 2 / Cytidine monophosphokinase 2 / Testis-specific protein TSA903 / Uridine monophosphokinase 2


分子量: 28108.830 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UCK2, UMPK / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BZX2, uridine/cytidine kinase

-
非ポリマー , 6種, 246分子

#2: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C6H14O4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-AQX / N-(4-bromophenyl)-2-{[1-(4-fluorophenyl)-4-oxo-4,5-dihydro-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-6-yl]sulfanyl}acetamide


分子量: 474.306 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H13BrFN5O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: 4% glycerol, 100 mM HEPES pH 6.9, 8% PEG 3350, and 30% PEG 400
Temp details: room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
Ambient temp details: liquid nitrogen stream at room temperature
Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月12日
詳細: Flat Si Rh coated M0, Kirkpatrick-Baez flat bent Si M1 & M2
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→39.7 Å / Num. obs: 49319 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 11.9 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.233 / Rpim(I) all: 0.073 / Rrim(I) all: 0.245 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.4-2.4811.23.0045046644990.4570.9723.1631.799.3
9.6-39.6711.40.04999308700.9990.0150.0513798.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation7.47 Å39.67 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1UFQ

1ufq


解像度: 2.4→39.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / WRfactor Rfree: 0.238 / WRfactor Rwork: 0.1829 / FOM work R set: 0.8064 / SU B: 8.534 / SU ML: 0.194 / SU R Cruickshank DPI: 0.3172 / SU Rfree: 0.2488 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.317 / ESU R Free: 0.249 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2566 2414 4.9 %RANDOM
Rwork0.1997 ---
obs0.2025 46673 98.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 138.21 Å2 / Biso mean: 48.388 Å2 / Biso min: 4.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.07 Å2-0 Å20 Å2
2---1.25 Å20 Å2
3---0.18 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→39.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6788 0 236 234 7258
Biso mean--72.69 46.34 -
残基数----849
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0137215
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0156981
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5031.6459743
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2151.58316055
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1515864
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.06222.828389
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.993151273
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.3771547
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2926
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.028053
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021671
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 166 -
Rwork0.274 3314 -
obs--96.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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