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- PDB-7sqc: Ciliary C1 central pair apparatus isolated from Chlamydomonas rei... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sqc
タイトルCiliary C1 central pair apparatus isolated from Chlamydomonas reinhardtii
要素
  • (Unknown protein) x 4
  • CPC1
  • Calmodulin
  • FAP101
  • FAP105
  • FAP108
  • FAP114
  • FAP119
  • FAP15
  • FAP194
  • FAP216
  • FAP219
  • FAP221
  • FAP227
  • FAP246
  • FAP266
  • FAP275
  • FAP279
  • FAP297
  • FAP305
  • FAP42
  • FAP46
  • FAP47
  • FAP54
  • FAP69
  • FAP7
  • FAP74
  • FAP76
  • FAP81
  • FAP99
  • Flagellar associated protein
  • Heat shock protein 70A
  • Hydin
  • PF16
  • PF6
  • Phosphopyruvate hydratase
  • Tubulin alpha
  • Tubulin beta
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / cilia / microtubule
機能・相同性
機能・相同性情報


axonemal central pair projection / axonemal central apparatus / organelle / axonemal central apparatus assembly / establishment of meiotic spindle localization / cilium movement involved in cell motility / cilium movement / guanylate kinase activity / axoneme assembly / calcium-dependent cysteine-type endopeptidase activity ...axonemal central pair projection / axonemal central apparatus / organelle / axonemal central apparatus assembly / establishment of meiotic spindle localization / cilium movement involved in cell motility / cilium movement / guanylate kinase activity / axoneme assembly / calcium-dependent cysteine-type endopeptidase activity / phosphopyruvate hydratase / phosphopyruvate hydratase complex / phosphopyruvate hydratase activity / adenylate kinase / adenylate kinase activity / motile cilium / spindle organization / protein serine/threonine phosphatase activity / myosin phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / axoneme / microtubule-based process / chaperone cofactor-dependent protein refolding / cilium assembly / enzyme regulator activity / heat shock protein binding / protein folding chaperone / tubulin binding / cell projection / glycolytic process / ATP-dependent protein folding chaperone / electron transport chain / cilium / structural constituent of cytoskeleton / spindle pole / microtubule cytoskeleton / mitotic cell cycle / protein refolding / microtubule binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / microtubule / transcription coactivator activity / cytoskeleton / calmodulin binding / hydrolase activity / negative regulation of cell population proliferation / GTPase activity / nucleotide binding / calcium ion binding / regulation of DNA-templated transcription / GTP binding / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / proteolysis / ATP binding / membrane / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sperm-associated antigen 17 / Cilia- and flagella-associated protein 54 / Domain of unknown function DUF4456 / Domain of unknown function DUF4455 / Primary ciliary dyskinesia protein 1 / Flagellar C1a complex subunit C1a-32 / Deleted in lung and esophageal cancer protein 1 / Cilia- and flagella-associated protein 99 / Cilia- and flagella-associated protein 46 / Leucine-rich repeat-containing protein 72 ...Sperm-associated antigen 17 / Cilia- and flagella-associated protein 54 / Domain of unknown function DUF4456 / Domain of unknown function DUF4455 / Primary ciliary dyskinesia protein 1 / Flagellar C1a complex subunit C1a-32 / Deleted in lung and esophageal cancer protein 1 / Cilia- and flagella-associated protein 99 / Cilia- and flagella-associated protein 46 / Leucine-rich repeat-containing protein 72 / : / : / : / : / : / : / : / Domain of unknown function (DUF4455) / Domain of unknown function (DUF4456) / Flagellar C1a complex subunit C1a-32 / Cilia- and flagella-associated protein 54 / Flagellar-associated PapD-like / Cilia- and flagella-associated protein 69, ARM repeat / Androglobin, domain II / FAP42 domain B2 / FAP42 domain B3 / CPC1/SPEF2 domain D5 / Associate of Myc 1 / Hydrocephalus-inducing-like / CH-like domain in sperm protein / CH-like domain in sperm protein / : / HYDIN/CFA65/VesB-like, Ig-like domain / Adenylate kinase, active site lid domain superfamily / Peptidase C2, calpain, catalytic domain / Calpain family cysteine protease / Cysteine proteinase, calpain-type, catalytic domain profile. / Calpain-like thiol protease family. / Possible plasma membrane-binding motif in junctophilins, PIP-5-kinases and protein kinases. / : / MORN motif / MORN repeat / : / Serine-threonine protein phosphatase, N-terminal / Serine-threonine protein phosphatase N-terminal domain / Transglutaminase/protease-like homologues / Transglutaminase-like / Enolase / Enolase, conserved site / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase signature. / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Adenylate kinase, conserved site / Adenylate kinase signature. / Adenylate kinase/UMP-CMP kinase / Adenylate kinase / Serine/threonine specific protein phosphatases signature. / Protein phosphatase 2A homologues, catalytic domain. / Leucine rich repeat, ribonuclease inhibitor type / Leucine-rich repeat / IQ calmodulin-binding motif / Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase / Guanylate kinase-like domain profile. / Guanylate kinase-like domain / Heat shock hsp70 proteins family signature 2. / Heat shock hsp70 proteins family signature 1. / Heat shock hsp70 proteins family signature 3. / Heat shock protein 70, conserved site / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Heat shock protein 70kD, peptide-binding domain superfamily / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / Leucine-rich repeats, bacterial type / Heat shock protein 70 family / Hsp70 protein / Heat shock protein 70kD, C-terminal domain superfamily / Calponin homology domain / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Calponin homology (CH) domain / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / Enolase-like, N-terminal / IQ motif, EF-hand binding site / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / IQ motif profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4, mitochondrial / Metallo-dependent phosphatase-like / : / Leucine rich repeat
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Calponin-homology (CH) domain-containing protein / Radial spoke protein 10 / EF-hand domain-containing protein / adenylate kinase / Flagellar associated protein / Spermatogenesis-associated protein 17 ...ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Calponin-homology (CH) domain-containing protein / Radial spoke protein 10 / EF-hand domain-containing protein / adenylate kinase / Flagellar associated protein / Spermatogenesis-associated protein 17 / Flagellar associated protein / Sperm-associated antigen 6 / Flagellar associated protein / Flagellar associated protein / Flagellar associated protein / Cilia- and flagella-associated protein 69 ARM repeats domain-containing protein / HYDIN/VesB/CFA65-like Ig-like domain-containing protein / Minichromosome loss protein Mcl1 middle region domain-containing protein / Flagellar associated protein 174 / Cilia- and flagella-associated protein 46 / Calmodulin / Flagellar associated protein / Cilia- and flagella-associated protein 99 / Uncharacterized protein / Cilia- and flagella-associated protein 54 / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / phosphopyruvate hydratase / FAP221 / Cilia- and flagella-associated protein 74 / Tubulin beta-1/beta-2 chain / Tubulin alpha-1 chain / Central apparatus associated protein C1a-86 / Central apparatus associated protein C1a-34 / Central apparatus associated protein C1a-32 / Central apparatus associated protein C1a-18 / Central pair complex 1 / PF6 protein / Serine/threonine-protein phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Gui, M. / Wang, X. / Dutcher, S.K. / Brown, A. / Zhang, R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022
タイトル: Ciliary central apparatus structure reveals mechanisms of microtubule patterning.
著者: Miao Gui / Xiangli Wang / Susan K Dutcher / Alan Brown / Rui Zhang /
要旨: A pair of extensively modified microtubules form the central apparatus (CA) of the axoneme of most motile cilia, where they regulate ciliary motility. The external surfaces of both CA microtubules ...A pair of extensively modified microtubules form the central apparatus (CA) of the axoneme of most motile cilia, where they regulate ciliary motility. The external surfaces of both CA microtubules are patterned asymmetrically with large protein complexes that repeat every 16 or 32 nm. The composition of these projections and the mechanisms that establish asymmetry and longitudinal periodicity are unknown. Here, by determining cryo-EM structures of the CA microtubules, we identify 48 different CA-associated proteins, which in turn reveal mechanisms for asymmetric and periodic protein binding to microtubules. We identify arc-MIPs, a novel class of microtubule inner protein, that bind laterally across protofilaments and remodel tubulin structure and lattice contacts. The binding mechanisms utilized by CA proteins may be generalizable to other microtubule-associated proteins. These structures establish a foundation to elucidate the contributions of individual CA proteins to ciliary motility and ciliopathies.
履歴
登録2021年11月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年6月5日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
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W1: FAP76
W3: Unknown protein
W4: Unknown protein
W5: Unknown protein
W6: Unknown protein
W7: Unknown protein
W8: Unknown protein
W9: Unknown protein
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WB: Tubulin alpha
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WJ: Tubulin alpha
WK: Tubulin beta
WL: Tubulin alpha
WM: Tubulin beta
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X1: FAP246
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XM: Tubulin beta
XN: Tubulin alpha
XO: Tubulin beta
Y0: Phosphopyruvate hydratase
Y1: Phosphopyruvate hydratase
Y2: Phosphopyruvate hydratase
Y3: Phosphopyruvate hydratase
Y4: Phosphopyruvate hydratase
Y5: Phosphopyruvate hydratase
Y6: Phosphopyruvate hydratase
Y7: Phosphopyruvate hydratase
YB: Tubulin alpha
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YD: Tubulin alpha
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YH: Tubulin alpha
YI: Tubulin beta
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YM: Tubulin beta
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YO: Tubulin beta
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Z1: Heat shock protein 70A
Z2: Heat shock protein 70A
Z3: Heat shock protein 70A
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ZJ: Tubulin alpha
ZK: Tubulin beta
ZL: Tubulin alpha
ZM: Tubulin beta
ZN: Tubulin alpha
ZO: Tubulin beta
ZP: Tubulin alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,563,822708
ポリマ－27,462,411406
非ポリマー101,412302
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

+
タンパク質 , 40種, 405分子 0A0B0C0D0E0F0G0H0I0J0K0L1A1B1C1D1F1G1H1I1J1K1L1M1N1O1P1Q1R1S...

#1: タンパク質
Flagellar associated protein / Flagellar associated protein 174


分子量: 10336.616 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8I439
#2: タンパク質
FAP42 / Adenylate kinase


分子量: 269172.500 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3D425, adenylate kinase
#3: タンパク質
FAP7 / Flagella associated protein


分子量: 54721.914 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8IVW2
#4: タンパク質 FAP81


分子量: 234483.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3DQM4
#5: タンパク質 FAP216 / Flagellar associated protein


分子量: 79183.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8JGM3
#6: タンパク質 FAP297


分子量: 99187.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3E6N2
#7: タンパク質
FAP114 / Flagellar associated protein C1a-32 / Central apparatus associated protein C1a-32


分子量: 31575.461 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q45QX5
#8: タンパク質
FAP305


分子量: 47031.668 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3D8V0
#9: タンパク質
FAP119 / Flagellar associated protein / Central apparatus associated protein C1a-34


分子量: 33850.367 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q45QX4
#10: タンパク質
Calmodulin


分子量: 18317.215 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8IDP6
#11: タンパク質
FAP101 / Central apparatus associated protein C1a-86


分子量: 85796.789 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q45QX3
#12: タンパク質
FAP15 / Serine/threonine-protein phosphatase


分子量: 34888.031 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q9XGU3, protein-serine/threonine phosphatase
#13: タンパク質
FAP227 / Central apparatus associated protein C1a-18


分子量: 19550.742 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q45QX6
#14: タンパク質
FAP105


分子量: 31382.559 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8IKV8
#15: タンパク質
PF6 / PF6 protein / Flagellar central pair-associated protein


分子量: 237723.016 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q9ATK5
#16: タンパク質
FAP219


分子量: 29104.484 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
#17: タンパク質 FAP99 / Cilia- and flagella-associated protein 99


分子量: 90340.258 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8IUG5
#18: タンパク質
CPC1 / Adenylate kinase


分子量: 205400.188 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q6J4H1, adenylate kinase
#19: タンパク質 ...
PF16


分子量: 54710.590 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3DEG1
#20: タンパク質
FAP108


分子量: 47789.062 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3DQN7
#21: タンパク質
Hydin


分子量: 528934.062 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3E6E5
#22: タンパク質 FAP221


分子量: 103833.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: D4P3R6
#23: タンパク質
FAP194


分子量: 57764.508 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3D452
#24: タンパク質 ...
Tubulin alpha / Tubulin alpha-1 chain


分子量: 49638.008 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P09204
#25: タンパク質 ...
Tubulin beta / Tubulin beta-1/beta-2 chain / Beta-tubulin


分子量: 49665.809 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P04690
#26: タンパク質 FAP74 / Flagella-associated protein 74 / Cilia- and flagella-associated protein 74


分子量: 204036.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: D4P3R7
#27: タンパク質
FAP69


分子量: 114362.844 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3DWV9
#28: タンパク質 FAP54 / Flagella-associated protein 54


分子量: 332696.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8J666
#29: タンパク質 FAP46 / Cilia- and flagella-associated protein 46


分子量: 289610.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8ICS9
#30: タンパク質
FAP275 / Flagellar associated protein


分子量: 18171.365 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8J870
#32: タンパク質
FAP47 / Calponin-homology (CH) domain-containing protein


分子量: 319999.812 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3CP55
#33: タンパク質 FAP279


分子量: 43267.051 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3DN67
#34: タンパク質 FAP266


分子量: 81663.047 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3CU78
#35: タンパク質 FAP76


分子量: 172707.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3DDV4
#36: タンパク質
Unknown protein


分子量: 5805.147 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
#37: タンパク質 Unknown protein


分子量: 12698.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
#38: タンパク質 Unknown protein


分子量: 4358.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
#39: タンパク質
FAP246


分子量: 120452.891 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3CXT1
#40: タンパク質
Phosphopyruvate hydratase


分子量: 51664.762 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8JH98, phosphopyruvate hydratase
#41: タンパク質
Heat shock protein 70A


分子量: 71303.758 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8JEU4, adenosinetriphosphatase

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 S5

#31: タンパク質・ペプチド Unknown protein


分子量: 3252.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)

-
非ポリマー , 5種, 302分子

#42: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#43: 化合物
ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#44: 化合物...
ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#45: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#46: 化合物...
ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: C1 central pair apparatus complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#41 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 39.6 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
7Coot0.9.5モデルフィッティング
9PHENIX1.19.2モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 80007 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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