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万見
- PDB-7spt: Crystal structure of exofacial state human glucose transporter GLUT3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7spt
タイトルCrystal structure of exofacial state human glucose transporter GLUT3
要素Solute carrier family 2, facilitated glucose transporter member 3
キーワードTRANSPORT PROTEIN / MFS / hexose transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


galactose transmembrane transporter activity / galactose transmembrane transport / dehydroascorbic acid transmembrane transporter activity / dehydroascorbic acid transport / Vitamin C (ascorbate) metabolism / L-ascorbic acid metabolic process / D-glucose import across plasma membrane / Cellular hexose transport / D-glucose transmembrane transporter activity / D-glucose transmembrane transport ...galactose transmembrane transporter activity / galactose transmembrane transport / dehydroascorbic acid transmembrane transporter activity / dehydroascorbic acid transport / Vitamin C (ascorbate) metabolism / L-ascorbic acid metabolic process / D-glucose import across plasma membrane / Cellular hexose transport / D-glucose transmembrane transporter activity / D-glucose transmembrane transport / D-glucose binding / aggresome / D-glucose import / tertiary granule membrane / ficolin-1-rich granule membrane / transport across blood-brain barrier / specific granule membrane / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / secretory granule membrane / cell projection / perikaryon / carbohydrate metabolic process / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Glucose transporter, type 3 (GLUT3) / Glucose transporter GLUT / Sugar/inositol transporter / Sugar transport proteins signature 2. / Sugar transport proteins signature 1. / Sugar transporter, conserved site / Major facilitator, sugar transporter-like / Sugar (and other) transporter / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-glucopyranose / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Solute carrier family 2, facilitated glucose transporter member 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Wang, N. / Jiang, X. / Yan, N.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China)31630017 中国
National Science Foundation (NSF, China)81861138009 中国
National Science Foundation (NSF, China)31611130036 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Molecular basis for inhibiting human glucose transporters by exofacial inhibitors.
著者: Wang, N. / Zhang, S. / Yuan, Y. / Xu, H. / Defossa, E. / Matter, H. / Besenius, M. / Derdau, V. / Dreyer, M. / Halland, N. / He, K.H. / Petry, S. / Podeschwa, M. / Tennagels, N. / Jiang, X. / Yan, N.
履歴
登録2021年11月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Solute carrier family 2, facilitated glucose transporter member 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,3305
ポリマ－57,0801
非ポリマー1,2504
水4,017223
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area400 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area18070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.231, 118.430, 53.728
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.160, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Solute carrier family 2, facilitated glucose transporter member 3 / Glucose transporter type 3 / brain / GLUT-3


分子量: 57080.105 Da / 分子数: 1 / 変異: N43T, S64W, I305W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC2A3, GLUT3
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P11169
#2: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#3: 糖 ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 40% v/v PEG400, 100 mM Tris, pH 7.6, 100 mM magnesium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 34213 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.49 % / CC1/2: 0.98 / Net I/σ(I): 6.34
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / Num. unique obs: 4424 / CC1/2: 0.758

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_2405精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4ZW9

4zw9


解像度: 2.1→46.965 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 21.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2198 1709 5 %
Rwork0.1767 32492 -
obs0.1788 34201 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 114.94 Å2 / Biso mean: 30.8672 Å2 / Biso min: 8.78 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→46.965 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3621 0 0 223 3844
Biso mean---45.14 -
残基数----470
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073790
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7865123
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047595
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006636
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2442210
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.1-2.16180.3221410.26512686
2.1618-2.23160.25411420.23392686
2.2316-2.31140.27451410.20122705
2.3114-2.40390.2391430.18242704
2.4039-2.51330.23021410.16372686
2.5133-2.64580.19221430.1612711
2.6458-2.81160.22871420.15772706
2.8116-3.02860.21131430.15262729
3.0286-3.33330.20641430.16332699
3.3333-3.81550.20031420.16152706
3.8155-4.80630.20851440.17672728
4.8063-46.9650.21161440.18412746
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 91.1376 Å / Origin y: 8.7049 Å / Origin z: 114.1438 Å
111213212223313233
T0.1113 Å20.0037 Å2-0.0039 Å2-0.1079 Å20.0097 Å2--0.1025 Å2
L0.7349 °20.2268 °2-0.0237 °2-0.3822 °20.0784 °2--0.1793 °2
S-0.0097 Å °0.0096 Å °0.0411 Å °-0.0039 Å °-0.0285 Å °0.0091 Å °0.0099 Å °0.0041 Å °-0.0002 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 504
2X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 223

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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