[日本語] English
万見
- PDB-7sp5: Crystal Structure of a Eukaryotic Phosphate Transporter -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sp5
タイトルCrystal Structure of a Eukaryotic Phosphate Transporter
要素Phosphate transporter
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Major Facilitator / Phosphate import / phosphate binding / membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


transmembrane transporter activity / membrane => GO:0016020
類似検索 - 分子機能
Sugar transport proteins signature 1. / Major facilitator, sugar transporter-like / Sugar (and other) transporter / Sugar transporter, conserved site / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Phosphate transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Serendipita indica (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Stroud, R.M. / Pedersen, B.P. / Kumar, H. / Waight, A.B. / Risenmay, A.J. / Roe-Zurz, Z. / Chau, B.H. / Schlessinger, A. / Bonomi, M. / Harries, W. ...Stroud, R.M. / Pedersen, B.P. / Kumar, H. / Waight, A.B. / Risenmay, A.J. / Roe-Zurz, Z. / Chau, B.H. / Schlessinger, A. / Bonomi, M. / Harries, W. / Sali, A. / Johri, A.K. / Finer-Moore, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)24485 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of a eukaryotic phosphate transporter.
著者: Pedersen, B.P. / Kumar, H. / Waight, A.B. / Risenmay, A.J. / Roe-Zurz, Z. / Chau, B.H. / Schlessinger, A. / Bonomi, M. / Harries, W. / Sali, A. / Johri, A.K. / Stroud, R.M.
履歴
登録2021年11月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2021年11月17日ID: 4J05
改定 1.02021年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Phosphate transporter
B: Phosphate transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,7999
ポリマ－117,0772
非ポリマー1,7227
水00
1
A: Phosphate transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,5535
ポリマ－58,5391
非ポリマー1,0144
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Phosphate transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,2464
ポリマ－58,5391
非ポリマー7083
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)174.510, 174.510, 173.410
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 30 through 291 or resid 297 through 518 or resid 600 through 801))
21(chain B and (resid 30 through 159 or (resid 160...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 30 through 291 or resid 297 through 518 or resid 600 through 801))A30 - 291
121(chain A and (resid 30 through 291 or resid 297 through 518 or resid 600 through 801))A297 - 518
131(chain A and (resid 30 through 291 or resid 297 through 518 or resid 600 through 801))A600 - 801
211(chain B and (resid 30 through 159 or (resid 160...B30 - 159
221(chain B and (resid 30 through 159 or (resid 160...B160 - 161
231(chain B and (resid 30 through 159 or (resid 160...B30 - 801
241(chain B and (resid 30 through 159 or (resid 160...B30 - 801
251(chain B and (resid 30 through 159 or (resid 160...B30 - 801
261(chain B and (resid 30 through 159 or (resid 160...B346
271(chain B and (resid 30 through 159 or (resid 160...B346
281(chain B and (resid 30 through 159 or (resid 160...B30 - 801
291(chain B and (resid 30 through 159 or (resid 160...B30 - 801
2101(chain B and (resid 30 through 159 or (resid 160...B30 - 801
2111(chain B and (resid 30 through 159 or (resid 160...B30 - 801

-
要素

#1: タンパク質 Phosphate transporter


分子量: 58538.672 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serendipita indica (菌類) / プラスミド: PRS423-GAL1 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): DSY-5 / 参照: UniProt: A8N031
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 糖
ChemComp-BNG / nonyl beta-D-glucopyranoside / Beta-NONYLGLUCOSIDE / nonyl beta-D-glucoside / nonyl D-glucoside / nonyl glucoside / ノニルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 306.395 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H30O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-nonylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.66 % / 解説: hexagonal crystals 200X200x50 micrometers
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 27% (W/V) pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH), 8% polyethylene glycol 400, 0.2M KCL, 0.1M sodium citrate Ph 5.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月30日
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→75 Å / Num. obs: 42366 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): -3 / 冗長度: 2.8 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rrim(I) all: 0.085 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 10.23
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.01254 / Mean I/σ(I) obs: 0.81 / Num. unique obs: 4032 / CC1/2: 0.251 / Rrim(I) all: 0.156 / Rsym value: 0.01254 / % possible all: 96.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.9→69.27 Å / SU ML: 0.52 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 31.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2548 1982 4.86 %
Rwork0.2341 38768 -
obs0.2352 40750 93.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 292.08 Å2 / Biso mean: 96.1395 Å2 / Biso min: 42.35 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→69.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6643 0 115 0 6758
Biso mean--96.82 --
残基数----861
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2606X-RAY DIFFRACTION7.361TORSIONAL
12B2606X-RAY DIFFRACTION7.361TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.9-2.970.43671240.4132296242079
2.97-3.050.40431470.37262776292394
3.06-3.140.38011480.34242802295095
3.15-3.250.33081400.33852764290494
3.25-3.360.38291380.31642761289993
3.36-3.50.30141430.27252754289793
3.5-3.660.28741360.26282751288794
3.66-3.850.2561470.23322799294694
3.85-4.090.25481410.22462810295195
4.09-4.410.24551390.20292850298996
4.41-4.850.22161470.19492858300596
4.85-5.550.23921410.21692854299597
5.55-6.990.25581530.23182867302097
6.99-69.270.17761380.19232826296495

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る