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- PDB-7sou: LaM domain of human LARP1 in complex with AAAAAA polynucleotide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sou
タイトルLaM domain of human LARP1 in complex with AAAAAA polynucleotide
要素
  • Isoform 2 of La-related protein 1
  • RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / Winged helix fold / RNA binding domain / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性RNA / Isoform 2 of La-related protein 1
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Kozlov, G. / Gehring, K.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: Structural basis of 3'-end poly(A) RNA recognition by LARP1.
著者: Kozlov, G. / Mattijssen, S. / Jiang, J. / Nyandwi, S. / Sprules, T. / Iben, J.R. / Coon, S.L. / Gaidamakov, S. / Noronha, A.M. / Wilds, C.J. / Maraia, R.J. / Gehring, K.
履歴
登録2021年11月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年11月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform 2 of La-related protein 1
B: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7372
ポリマ－13,7372
非ポリマー00
水1,67593
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area800 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area5470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.873, 46.260, 58.918
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Isoform 2 of La-related protein 1 / La ribonucleoprotein domain family member 1


分子量: 11806.507 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 323-410 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LARP1, KIAA0731, LARP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6PKG0-3
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')


分子量: 1930.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 25% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→50 Å / Num. obs: 18268 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 15.54 Å2 / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 1.45→1.48 Å / Num. unique obs: 1748 / Rsym value: 0.507

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCデータ収集
PHENIX1.19_4092精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7SOO

7soo


解像度: 1.45→36.38 Å / SU ML: 0.1383 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 18.8097
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2022 958 5.24 %
Rwork0.1832 17310 -
obs0.1842 18268 98.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 21.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→36.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数738 62 0 93 893
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0167824
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.88511129
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.179128
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0165135
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.7328131
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.45-1.530.25171400.20412376X-RAY DIFFRACTION96.92
1.53-1.620.20411390.18462427X-RAY DIFFRACTION99.07
1.62-1.750.21491500.17872441X-RAY DIFFRACTION99.2
1.75-1.920.21391250.17592487X-RAY DIFFRACTION99.62
1.92-2.20.22571200.17922508X-RAY DIFFRACTION99.81
2.2-2.770.20371510.18922452X-RAY DIFFRACTION97.82
2.77-36.380.18241330.18212619X-RAY DIFFRACTION98.5
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.155330101691-0.2649993603590.218528828740.349599441182-0.004475529522910.5232394897630.0700258190785-0.1190666790780.01541696675240.229840483984-0.01807286303160.109311645635-0.1920604649310.1307967118440.02181029431140.131233828841-0.0122233545095-0.005678332845740.1981996090280.02958803636530.1162690185267.0360618873317.289825335433.0403890774
20.04186278962670.04365758836680.01351573384190.179787687778-0.00802506580650.01670214293430.0898024726821-0.2042701866890.1397850875980.330091978879-0.335901387693-0.24765450361-0.5059130257330.443914263646-0.06838140132620.211224684836-0.0753318045241-0.04081683140150.1608252805780.03418940481280.1678011221987.7032509764529.766813995923.7929924747
30.5530034785130.0147240591284-0.2348798491821.12424941767-0.5970990315080.425839713770.06548497385240.08575765370850.115956100723-0.209818786206-0.06296099141170.180131121127-0.030397661880.0660626376567-0.007386264704170.141114074685-0.00375828228831-0.005929912206950.1173728473670.02559081859440.1237960671911.7721595806724.535530767617.4797581138
40.262001059711-0.3146548243320.03580179866780.295913571903-0.1562050562460.192581650258-0.02865646940310.0705819764956-0.148560296937-0.0407351985254-0.021831795442-0.01882276752390.119920211867-0.0778168617449-0.001199768152840.1115173802440.001516335367-0.0003549560604080.1620723872810.01951331694220.1334771989287.945025654311.961382578224.6552654198
50.26324924119-0.4305482080580.07262124276550.74033785272-0.3478578267620.7262464365980.209610013352-0.1782978087240.266579494705-0.1885686271010.05206216350190.3695960449870.2137272268560.07699838692760.05629424862440.102348980205-0.0109366255668-0.01568116426110.1633720375060.02345584801450.165329584141-1.8700429808414.510798481830.7815720365
60.3780369876110.0182333335801-0.104122169680.459810493297-0.1757734122110.08965889621750.371234659582-0.943635017482-0.119470112590.932950252884-0.2023136112820.567385957111-0.0808113733243-0.587608822981-0.005204936333050.332073884962-0.03789828828070.04116131991910.216493874806-0.001121630945880.179413497431-3.4009151505924.330412151230.9202833501
70.249752920629-0.0470926419424-0.3360860463070.0407120064821-0.01840497354010.3967894325050.04218093650910.1929378308460.4262341176420.04500481787390.02730524992510.605271693157-0.324466644849-0.2690540758350.01318817567990.165456792967-0.0103432628840.01600529345010.1548172605610.01073345048510.248407295793-5.6840731695323.392870376823.84045621
82.485047377040.3708635765021.374076242950.06421276245760.2185285256170.7650838737610.16321504842-0.4671732588560.5626008824240.558390967296-0.144267695856-0.1158280894960.108339122605-0.302100117090.09675537137960.4262720705180.01554192548470.1336994554970.106474265315-0.04395137039380.30005930953-2.2800531051434.112532925925.0764989247
90.3263357163010.00995272309457-0.1035153740790.5680122851450.2976814389190.5580374553140.3340502760510.277372656463-0.193349840441-0.514668815173-0.2974039530090.27411653479-0.00146386686892-0.5478345775520.01862034584180.2334235490840.038232827454-0.02757456149290.1545941939030.002188845513180.1589088536021.1212700476331.251930384113.482223822
100.6843001434370.08412773177830.884044106032.69702412251.05181390051.59027666636-0.1353678428930.590065131760.745063657887-0.790394312075-0.726780470406-0.364360208649-0.5222981114540.89465648512-0.5859425787580.2089918491110.03586095280260.02577110333050.3342441824750.1417273707590.23025120000612.498619456120.374237850918.5956818604
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 322 through 337 )AA322 - 3371 - 16
22chain 'A' and (resid 338 through 343 )AA338 - 34317 - 22
33chain 'A' and (resid 344 through 366 )AA344 - 36623 - 45
44chain 'A' and (resid 367 through 376 )AA367 - 37646 - 55
55chain 'A' and (resid 377 through 385 )AA377 - 38556 - 64
66chain 'A' and (resid 386 through 393 )AA386 - 39365 - 72
77chain 'A' and (resid 394 through 399 )AA394 - 39973 - 78
88chain 'A' and (resid 400 through 405 )AA400 - 40579 - 84
99chain 'A' and (resid 406 through 410 )AA406 - 41085 - 89
1010chain 'B' and (resid -3 through -1 )BB-3 - -1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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