PDB-7sor: LaM domain of human LARP1 in complex with AAA RNA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7sor

タイトル

LaM domain of human LARP1 in complex with AAA RNA

要素

Isoform 2 of La-related protein 1
RNA (5'-R(*AP*AP*A)-3')

キーワード

RNA BINDING PROTEIN/RNA / Winged helix fold / RNA binding domain / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex

機能・相同性

RNA / Isoform 2 of La-related protein 1

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.35 Å

データ登録者

Kozlov, G. / Gehring, K.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: Structural basis of 3'-end poly(A) RNA recognition by LARP1.
著者: Kozlov, G. / Mattijssen, S. / Jiang, J. / Nyandwi, S. / Sprules, T. / Iben, J.R. / Coon, S.L. / Gaidamakov, S. / Noronha, A.M. / Wilds, C.J. / Maraia, R.J. / Gehring, K.

履歴

登録	2021年11月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年8月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月31日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2022年11月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7sor_validation.pdf.gz	477.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7sor_full_validation.pdf.gz	479 KB	表示
XML形式データ	7sor_validation.xml.gz	11.5 KB	表示
CIF形式データ	7sor_validation.cif.gz	15.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/so/7sor ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/so/7sor	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7sooSC 7sopC 7soqC 7sosC 7sotC 7souC 7sovC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Isoform 2 of La-related protein 1

B: RNA (5'-R(*AP*AP*A)-3')

C: Isoform 2 of La-related protein 1

D: RNA (5'-R(*AP*AP*A)-3')

ヘテロ分子

25.7 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Isoform 2 of La-related protein 1

B: RNA (5'-R(*AP*AP*A)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry
12.8 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Isoform 2 of La-related protein 1

D: RNA (5'-R(*AP*AP*A)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12.8 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	48.562, 55.890, 70.172
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Isoform 2 of La-related protein 1 / La ribonucleoprotein domain family member 1 分子量: 11806.507 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 323-410 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LARP1, KIAA0731, LARP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6PKG0-3
#2: RNA鎖	RNA (5'-R(APAPA)-3') 分子量: 942.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ*: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.13 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2M sodium chloride, 0.1M Bis-Tris pH 5.5, 25% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9686 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.35→50 Å / Num. obs: 42380 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.3 % / B_iso Wilson estimate: 16.27 Å² / R_sym value: 0.039 / Net I/σ(I): 44.5
反射シェル	解像度: 1.35→1.37 Å / Num. unique obs: 4097 / R_sym value: 0.633

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC		データ収集
PHENIX	1.19_4092	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7SOO

7soo

解像度: 1.35→43.72 Å / SU ML: 0.1471 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 23.7005
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2045	2128	5.02 %
R_work	0.1807	40252	-
obs	0.1819	42380	99.49 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.35→43.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1472	124	9	157	1762

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0138	1650
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.584	2255
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0985	256
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0137	267
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.9079	263

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.35-1.38	0.3165	133	0.2746	2563	X-RAY DIFFRACTION	97.08
1.38-1.42	0.2394	146	0.2298	2633	X-RAY DIFFRACTION	99.07
1.42-1.45	0.2831	142	0.2194	2656	X-RAY DIFFRACTION	99.61
1.45-1.5	0.2391	127	0.2146	2668	X-RAY DIFFRACTION	99.71
1.5-1.55	0.2196	130	0.2011	2657	X-RAY DIFFRACTION	99.57
1.55-1.6	0.223	136	0.1824	2668	X-RAY DIFFRACTION	99.64
1.6-1.67	0.2139	139	0.1616	2652	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.67-1.74	0.2038	136	0.1673	2687	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.74-1.83	0.1759	149	0.1673	2659	X-RAY DIFFRACTION	99.75
1.83-1.95	0.214	158	0.1774	2695	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.95-2.1	0.2023	151	0.1618	2674	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.1-2.31	0.189	146	0.1634	2707	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.31-2.64	0.2125	127	0.183	2734	X-RAY DIFFRACTION	99.76
2.64-3.33	0.2133	139	0.1869	2759	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.33-43.72	0.1842	169	0.179	2840	X-RAY DIFFRACTION	98.92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.24520208627	-0.114512289197	0.174838225973	0.434972692598	-0.429524987307	0.438253979314	-0.0166536888653	-0.143750708713	0.0341691140731	0.257798419667	-0.0714470000801	0.36875910473	-0.0928361158479	-0.313281092644	0.000418562827902	0.199199222361	0.0271811488335	0.0428569508366	0.184294607651	-0.00107758888264	0.179871307219	-16.8383335412	4.56617752559	8.17893204943
2	0.0815564805941	-0.0163082765427	-0.0673525633568	0.241993522875	0.0167956463519	0.0553635865146	-0.044573725209	0.217056596181	-0.188323344231	-0.587656765298	-0.0500201845971	0.228220298867	-0.0273802139861	-0.0782073079302	-0.00101240922367	0.214600810356	-0.00393560864314	-0.0212432183779	0.16914219328	-0.0126936999457	0.176678448429	-16.2002533296	-9.29189870135	-1.30107818656
3	0.0610583775855	0.0242034043893	0.00338936630185	0.0838063636144	-0.0624013303353	0.0649349155922	-0.0163213630516	0.216022641109	-0.00862204176938	-0.36190026887	-0.146040806933	-0.479207171003	0.0155516830461	0.290003398161	-0.000123308312167	0.198407756283	0.00493453293667	0.0481363646324	0.179952008952	4.80478108392E-5	0.218969838395	-6.39059117808	-11.1900573937	-1.51042607479
4	0.598065080441	0.0122115540119	0.049079169676	1.17033656481	-0.1554866883	0.320092498152	0.0341588209388	-0.0574831148563	-0.030219222969	0.100304994962	-0.0427356012316	-0.148976447922	-0.0283442839148	-0.00432552032916	6.50947482293E-5	0.129201460528	-0.00586989299114	-0.00333841028969	0.143738585227	0.015462618064	0.120344110328	-8.83652970339	-3.2203927941	10.1336095326
5	0.0863009410421	0.0133380586436	0.135818962221	0.388846793171	-0.225828732716	0.568894931424	0.129530331529	-0.276174755955	-0.0991581751355	-0.0795886753683	0.0306411053104	-0.280234181402	0.103638851404	0.125466918184	0.0175236598416	0.137787399882	-0.0131231596904	0.0104037649622	0.174045471774	0.00361251927587	0.197275456509	-12.6651188143	-16.7995433181	4.67224385571
6	0.0497809267279	-0.0323985873251	-0.0314871871202	0.0825310830719	-0.0318557246437	0.0553389479	0.358692091522	0.454619515206	-0.0676841853401	-0.686853629828	-0.348413216846	0.042947066642	-0.0572586886033	-0.200074598095	-0.00174261436176	0.318054913054	0.0432381468107	0.0325275876626	0.233209213203	0.0402341970923	0.207618630099	-9.33266943335	-1.13579768525	-4.54710594018
7	0.198153129949	-0.035982413487	-0.140546487216	0.372308139797	0.243527131652	0.220399827078	0.0143034636307	-0.130278241645	-0.0966975978761	0.257834451334	-0.024931629227	-0.30997310701	0.194210240781	0.262205115209	4.61220625979E-5	0.239177330974	0.0381039850525	-0.0585167287198	0.181733152828	0.00184176431958	0.200459956486	16.5337776219	-4.53060531046	8.3905998915
8	0.0467365102213	-0.0171432762669	0.0280179013124	0.0890709329021	0.0179806962226	0.0528464320544	-0.00232820227925	0.0965991955236	-0.0793876390151	-0.0924427033386	0.0416520150241	-0.104331238001	0.0298994256096	-0.0541871961496	0.000212910197104	0.140021461243	-0.00722776569327	0.00864807606882	0.154676785856	-6.6152226971E-5	0.136342692447	15.9146133471	9.57697331263	-0.768680260727
9	0.0604676127011	0.0566488123937	0.0383187710675	0.0916898071894	0.0929498008598	0.0935481290245	-0.0135468810075	0.358866559308	-0.0594028140936	-0.322214135335	-0.0938539332014	0.21918176951	-0.0625538618004	-0.131442027538	0.00012452764408	0.134365437263	-0.00019689572645	-0.0161899699651	0.164293128687	0.00310072894902	0.155839330091	5.93572157237	11.1992743118	-1.20122712953
10	0.0700230093512	-0.0607972173177	0.0604621076969	0.046380656875	-0.0480660128218	0.0497204480412	-0.00347182352496	0.0822334806041	-0.0805403987963	0.016655529773	-0.0582091060221	0.203390671658	-0.128864744444	-0.0606554915243	7.69555657008E-5	0.155939226762	-0.0161392620853	0.0252711944777	0.162972949771	-0.0130289167236	0.17485891687	6.31879211136	13.557690829	9.19851355915
11	0.153907486465	0.0284315989617	-0.00699575597411	0.215939360612	-0.0607885237443	0.123846814979	-0.0381346147561	0.153763639158	-0.0368356534292	-0.272745273352	-0.141751751798	0.417244276212	-0.0361127891218	-0.023441712081	-0.000536883938112	0.162957984635	0.00941192073225	-0.0444133723901	0.131465320071	-0.0151299149616	0.198753883737	5.53300499798	-1.45588335299	4.3388606145
12	1.27831197509	-0.857433236878	0.138355844216	1.47101765445	0.411991760048	0.318205360942	-0.101975295436	-0.283107725577	-0.18853140293	0.71556208172	0.2828166864	0.34856799993	-0.232008068662	-0.0675354343665	0.261665634619	0.355086994168	0.0544676156791	0.0563772683083	0.205394570624	0.0372630396154	0.175865842976	8.48871367867	-4.8408254814	12.8062867917
13	1.09277757017	-0.0287904549819	-0.140278802994	0.330964804724	0.246016190722	0.274069221019	0.115841949197	-0.189479841024	0.138480734012	0.346168596083	-0.0667347638456	-0.0156042907001	0.106308864826	-0.00716018309498	-0.0079260431118	0.185596720809	-0.00865128818514	0.00697692113727	0.175863827479	-0.0249271104496	0.12940575681	12.2038938044	7.92195508907	13.9687345861
14	0.0011234537686	-0.0440167801516	-0.0594328456063	0.843212595452	1.23270273479	1.80526229487	0.113252278219	-0.144264155446	0.086281761448	-0.0859876620419	0.14349647666	-0.17511455976	-0.292896306105	0.353217076863	0.132194959376	0.0979015904824	-0.0360321038985	0.00217242973148	0.221102964032	-0.00804893363144	0.122351559327	16.6815127586	16.3775562461	8.13461548007
15	0.0759809671109	0.0265796586173	-0.0359716585146	0.0645984266808	0.00313734340913	0.0862572566507	0.0805470613491	-0.150631764889	0.209640790439	-0.206417038514	-0.0538437005418	0.470838712084	0.0926494832221	-0.367096097183	-0.000147488346923	0.127719983163	0.00132490305936	-0.0169588797514	0.170216526661	0.00485291782761	0.215194294849	7.27354354841	17.0835133214	0.950727156643
16	0.0303904076526	-0.00182273734422	-0.025670986672	0.0710719110775	0.0346240214359	0.0357510517727	0.39835244731	0.398352721446	0.0242112498409	-0.70740717106	-0.283358874319	0.0322369702359	0.131596026011	0.1486601534	-0.000529906236556	0.296811972325	0.0334856196339	-0.044738805738	0.213467380255	-0.0359079817029	0.235668864564	8.84451246441	1.16173356458	-4.24111010426

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 322 through 337 )	A	A	322 - 337	1 - 16
2	2	chain 'A' and (resid 338 through 345 )	A	A	338 - 345	17 - 24
3	3	chain 'A' and (resid 346 through 352 )	A	A	346 - 352	25 - 31
4	4	chain 'A' and (resid 353 through 399 )	A	A	353 - 399	32 - 78
5	5	chain 'A' and (resid 400 through 410 )	A	A	400 - 410	79 - 89
6	6	chain 'B' and (resid -3 through -1 )	B	B	-3 - -1
7	7	chain 'C' and (resid 322 through 337 )	C	C	322 - 337	1 - 16
8	8	chain 'C' and (resid 338 through 345 )	C	C	338 - 345	17 - 24
9	9	chain 'C' and (resid 346 through 352 )	C	C	346 - 352	25 - 31
10	10	chain 'C' and (resid 353 through 360 )	C	C	353 - 360	32 - 39
11	11	chain 'C' and (resid 361 through 371 )	C	C	361 - 371	40 - 50
12	12	chain 'C' and (resid 372 through 384 )	C	C	372 - 384	51 - 63
13	13	chain 'C' and (resid 385 through 399 )	C	C	385 - 399	64 - 78
14	14	chain 'C' and (resid 400 through 405 )	C	C	400 - 405	79 - 84
15	15	chain 'C' and (resid 406 through 410 )	C	C	406 - 410	85 - 89
16	16	chain 'D' and (resid -3 through -1 )	D	D	-3 - -1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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