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- PDB-7snd: Pacifastin related protease inhibitors -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7snd
タイトルPacifastin related protease inhibitors
要素Pacifastin-related peptide
キーワードTOXIN / CDP / Pacifastin / protease inhibitor
機能・相同性Pacifastin domain / Pacifastin domain superfamily / Pacifastin inhibitor (LCMII) / Pacifastin domain profile. / serine-type endopeptidase inhibitor activity / extracellular region / PHOSPHATE ION / Pacifastin-related peptide
機能・相同性情報
生物種Coptotermes formosanus (イエシロアリ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Gewe, M.M. / Strong, R.K.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用
ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2022
タイトル: Ex silico engineering of cystine-dense peptides yielding a potent bispecific T cell engager.
著者: Crook, Z.R. / Girard, E.J. / Sevilla, G.P. / Brusniak, M.Y. / Rupert, P.B. / Friend, D.J. / Gewe, M.M. / Clarke, M. / Lin, I. / Ruff, R. / Pakiam, F. / Phi, T.D. / Bandaranayake, A. / ...著者: Crook, Z.R. / Girard, E.J. / Sevilla, G.P. / Brusniak, M.Y. / Rupert, P.B. / Friend, D.J. / Gewe, M.M. / Clarke, M. / Lin, I. / Ruff, R. / Pakiam, F. / Phi, T.D. / Bandaranayake, A. / Correnti, C.E. / Mhyre, A.J. / Nairn, N.W. / Strong, R.K. / Olson, J.M.
#1: ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2018
タイトル: Screening, large-scale production and structure-based classification of cystine-dense peptides
著者: Correnti, C.E. / Gewe, M.M. / Mehlin, C. / Bandaranayake, A.D. / Johnsen, W.A. / Rupert, P.B. / Brusniak, M.Y. / Clarke, M. / Burke, S.E. / De Van Der Schueren, W. / Pilat, K. / Turnbaugh, S. ...著者: Correnti, C.E. / Gewe, M.M. / Mehlin, C. / Bandaranayake, A.D. / Johnsen, W.A. / Rupert, P.B. / Brusniak, M.Y. / Clarke, M. / Burke, S.E. / De Van Der Schueren, W. / Pilat, K. / Turnbaugh, S.M. / May, D. / Watson, A. / Chan, M.K. / Bahl, C.D. / Olson, J.M. / Strong, R.K.
履歴
登録2021年10月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pacifastin-related peptide
B: Pacifastin-related peptide
C: Pacifastin-related peptide
D: Pacifastin-related peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5157
ポリマ－14,2364
非ポリマー2793
水1,58588
1
A: Pacifastin-related peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,7433
ポリマ－3,5591
非ポリマー1842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Pacifastin-related peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,5591
ポリマ－3,5591
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Pacifastin-related peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,6542
ポリマ－3,5591
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Pacifastin-related peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,5591
ポリマ－3,5591
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)26.110, 52.202, 35.101
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.290, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
Pacifastin-related peptide


分子量: 3558.979 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Coptotermes formosanus (イエシロアリ)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: R4UK43
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 25.36 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Lithium Chloride, 0.1 M Phosphate-Citrate pH 4.2, 20% PEG 1000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→50 Å / Num. obs: 6336 / % possible obs: 72.2 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.073 / Χ2: 2.337 / Net I/σ(I): 17.1 / Num. measured all: 45734
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.79-1.823.80.16420.960.0910.1840.9439.8
1.82-1.854.50.128830.9840.0660.1441.28218.3
1.85-1.895.20.136890.990.0640.1511.1320.9
1.89-1.935.80.1211270.9890.0530.1321.5329.7
1.93-1.9760.1171630.9850.0520.1291.59837
1.97-2.026.40.1032030.9960.0440.1131.62945.5
2.02-2.076.80.1032350.9890.0420.1111.80654.1
2.07-2.126.80.1042840.990.0430.1132.268.9
2.12-2.187.20.1014200.9940.0410.1092.2888.8
2.18-2.267.60.1083970.9920.0420.1162.36394.7
2.26-2.347.60.0974340.9910.0370.1042.16396
2.34-2.437.60.0943980.9930.0370.1012.43395
2.43-2.547.60.094210.9940.0350.0972.33695.7
2.54-2.677.60.0824180.9950.0320.0882.41696.5
2.67-2.847.60.0794420.9960.0310.0852.797.1
2.84-3.067.60.0744220.9960.0280.0792.897.2
3.06-3.377.50.0664260.9970.0260.0712.80397.9
3.37-3.867.50.0594360.9980.0230.0632.61298
3.86-4.867.50.0514420.9970.020.0552.52298.7
4.86-507.10.0454540.9990.0180.0491.94498.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1GL1

1gl1


解像度: 1.79→28.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 2.5 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.227 / ESU R Free: 0.179 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2074 322 5.1 %RANDOM
Rwork0.1392 ---
obs0.1424 6003 72.05 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 58.99 Å2 / Biso mean: 16.267 Å2 / Biso min: 9.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å20.02 Å2
2--0.07 Å20 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.79→28.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数964 0 17 88 1069
Biso mean--38.8 25.68 -
残基数----131
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0131008
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.018850
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6321.6961365
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3961.5861993
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8495131
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.97820.34558
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.54915168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.9761513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2139
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021161
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02206
LS精密化 シェル解像度: 1.791→1.837 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 5 -
Rwork0.165 68 -
all-73 -
obs--11.27 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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