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- PDB-7smi: Crystal Structure of L-galactose dehydrogenase from Spinacia oleracea -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7smi
タイトルCrystal Structure of L-galactose dehydrogenase from Spinacia oleracea
要素L-galactose dehydrogenase
キーワードPLANT PROTEIN / L-galactose dehydrogenase Enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


L-galactose dehydrogenase activity / L-ascorbic acid biosynthetic process / nucleotide binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
L-galactose dehydrogenase-like / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
L-galactose dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Santillan, J.A.V. / Cabrejos, D.A.L. / Pereira, H.M. / Gomez, J.C.C. / Garratt, R.C.
資金援助 Peru, 2件
組織認可番号国
Other government188-2018-INIA-PNIA-PASANTIA
Other government069-2019-FONDECYT Peru
引用ジャーナル: Plant Cell.Physiol. / 年: 2022
タイトル: Structural Characterization of L-Galactose Dehydrogenase: An Essential Enzyme for Vitamin C Biosynthesis.
著者: Vargas, J.A. / Leonardo, D.A. / D'Muniz Pereira, H. / Lopes, A.R. / Rodriguez, H.N. / Cobos, M. / Marapara, J.L. / Castro, J.C. / Garratt, R.C.
履歴
登録2021年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-galactose dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6001
ポリマ－37,6001
非ポリマー00
水4,161231
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.720, 55.071, 61.796
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.090, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 L-galactose dehydrogenase


分子量: 37600.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
遺伝子: GDH / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: Q6BDJ2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS SIRUS / ビームライン: MANACA / 波長: 1.32363 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.32363 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→39.69 Å / Num. obs: 63165 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 12.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.146 / Net I/σ(I): 14 / Num. measured all: 804980 / Scaling rejects: 1650
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.4-1.4212.11.6323654830240.6430.4851.7052.797.6
7.67-39.69120.08249854160.9970.0240.0863299.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7EZI

7ezi


解像度: 1.4→39.69 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2095 3182 5.04 %
Rwork0.1933 59964 -
obs0.1942 63146 99.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 68.1 Å2 / Biso mean: 20.1183 Å2 / Biso min: 9.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.4→39.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2415 0 0 232 2647
Biso mean---27.15 -
残基数----315
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.4-1.420.25651180.24862534265297
1.42-1.440.27111130.2512562267598
1.44-1.470.30621310.24582588271998
1.47-1.490.29751420.23432536267898
1.49-1.520.25761470.2262615276299
1.52-1.550.24881250.21262579270499
1.55-1.580.26161300.20722588271899
1.58-1.610.22631480.206626212769100
1.61-1.650.20891540.205625892743100
1.65-1.690.23881440.202925812725100
1.69-1.740.23361540.198126062760100
1.74-1.790.23931290.198126282757100
1.79-1.850.20871280.200426362764100
1.85-1.910.20711480.19525872735100
1.91-1.990.20681270.185826552782100
1.99-2.080.21851340.18825762710100
2.08-2.190.23491130.17726522765100
2.19-2.330.18771390.186926132752100
2.33-2.510.21991390.192526422781100
2.51-2.760.21141460.202226252771100
2.76-3.160.21741400.203626352775100
3.16-3.980.19661570.182226512808100
3.98-39.690.17031760.173826652841100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0751-0.6770.36280.4277-0.20481.6272-0.00270.06940.139-0.09730.0042-0.004-0.1209-0.09110.05720.1741-0.0142-0.0110.1748-0.0070.191813.276827.166142.8604
21.1771-0.26780.3850.77960.06550.971-0.0583-0.01940.04620.07210.03190.1098-0.1059-0.1090.0150.1210.00020.01260.10610.01240.128713.123832.153954.8402
31.0135-0.104-0.04920.8136-0.00670.82480.00640.1492-0.051-0.11480.02320.00430.0320.0425-0.02610.1221-0.0015-0.00430.1192-0.01180.116827.441322.85540.9447
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 37 )A5 - 37
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 38 through 163 )A38 - 163
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 164 through 319 )A164 - 319

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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