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- PDB-7svq: Crystal Structure of L-galactose dehydrogenase from Spinacia oler... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7svq
タイトルCrystal Structure of L-galactose dehydrogenase from Spinacia oleracea in complex with NAD+
要素L-galactose dehydrogenase
キーワードPLANT PROTEIN / L-galactose dehydrogenase Enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


L-galactose dehydrogenase activity / L-ascorbic acid biosynthetic process / nucleotide binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
L-galactose dehydrogenase-like / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / L-galactose dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Santillan, J.A.V. / Cabrejos, D.A.L. / Pereira, H.M. / Gomez, J.C.C. / Garratt, R.C.
資金援助 Peru, 2件
組織認可番号国
Other government188-2018-INIA-PNIA-PASANTIA Peru
Other government069-2019-FONDECYT Peru
引用ジャーナル: Plant Cell.Physiol. / 年: 2022
タイトル: Structural Characterization of L-Galactose Dehydrogenase: An Essential Enzyme for Vitamin C Biosynthesis.
著者: Vargas, J.A. / Leonardo, D.A. / D'Muniz Pereira, H. / Lopes, A.R. / Rodriguez, H.N. / Cobos, M. / Marapara, J.L. / Castro, J.C. / Garratt, R.C.
履歴
登録2021年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: L-galactose dehydrogenase
B: L-galactose dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,5284
ポリマ－75,2012
非ポリマー1,3272
水9,548530
1
A: L-galactose dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2642
ポリマ－37,6001
非ポリマー6631
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: L-galactose dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2642
ポリマ－37,6001
非ポリマー6631
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.020, 54.980, 63.241
Angle α, β, γ (deg.)86.820, 69.120, 84.140
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 6 through 33 or resid 35...
21(chain B and (resid 6 through 33 or resid 35...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSPHEPHE(chain A and (resid 6 through 33 or resid 35...AA6 - 3327 - 54
12ASPASPASPASP(chain A and (resid 6 through 33 or resid 35...AA35 - 18056 - 201
13VALVALLYSLYS(chain A and (resid 6 through 33 or resid 35...AA182 - 247203 - 268
14LYSLYSLYSLYS(chain A and (resid 6 through 33 or resid 35...AA248269
15LYSLYSNADNAD(chain A and (resid 6 through 33 or resid 35...AA - C6 - 40127
16LYSLYSNADNAD(chain A and (resid 6 through 33 or resid 35...AA - C6 - 40127
17LYSLYSNADNAD(chain A and (resid 6 through 33 or resid 35...AA - C6 - 40127
18LYSLYSNADNAD(chain A and (resid 6 through 33 or resid 35...AA - C6 - 40127
21LYSLYSPHEPHE(chain B and (resid 6 through 33 or resid 35...BB6 - 3327 - 54
22ASPASPASPASP(chain B and (resid 6 through 33 or resid 35...BB35 - 18056 - 201
23VALVALLEULEU(chain B and (resid 6 through 33 or resid 35...BB182 - 271203 - 292
24GLYGLYNADNAD(chain B and (resid 6 through 33 or resid 35...BB - D273 - 401294

-
要素

#1: タンパク質 L-galactose dehydrogenase


分子量: 37600.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
遺伝子: GDH / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: Q6BDJ2
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 530 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97622 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97622 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→39.73 Å / Num. obs: 55241 / % possible obs: 87.5 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 14.07 Å2 / CC1/2: 0.958 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rpim(I) all: 0.069 / Rrim(I) all: 0.128 / Net I/σ(I): 7.5 / Num. measured all: 190355 / Scaling rejects: 692
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.75-1.783.30.595464514160.7060.3810.7091.840.8
9.09-39.733.80.03616544410.9930.0230.04318.997.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
Aimless0.7.7データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
DIALSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7SMI

7smi


解像度: 1.75→34 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 24.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2148 2756 5.01 %
Rwork0.182 52210 -
obs0.1837 54966 87.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 88.74 Å2 / Biso mean: 18.5718 Å2 / Biso min: 6.34 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4832 0 88 530 5450
Biso mean--15.87 25.85 -
残基数----630
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2948X-RAY DIFFRACTION5.901TORSIONAL
12B2948X-RAY DIFFRACTION5.901TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.75-1.780.36620.28011212127440
1.78-1.810.335720.25331437150948
1.81-1.850.2849890.23661654174355
1.85-1.890.2571130.22731923203666
1.89-1.930.30291200.23742444256481
1.93-1.970.23221490.20862803295293
1.97-2.020.22851620.20042831299395
2.02-2.070.25351350.20272870300596
2.07-2.140.19991240.18292919304396
2.14-2.20.23491350.17722918305396
2.2-2.280.21621390.18472898303796
2.28-2.370.22571580.1792898305697
2.38-2.480.23061230.18222913303697
2.48-2.610.23171540.18692962311697
2.61-2.780.22371590.19172883304297
2.78-2.990.23741600.19562920308098
2.99-3.290.22231730.18622922309598
3.29-3.770.20121770.16682909308698
3.77-4.750.13731780.1412948312699
4.75-340.2011740.162946312099
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.19260.32691.03672.5724-2.31472.9417-0.1489-0.24690.20030.2810.1675-0.0138-0.4057-0.61690.01510.15610.040.01440.1679-0.03350.1725-8.029135.2801-0.262
22.70140.946-0.64121.8294-1.03153.15710.0089-0.0252-0.8166-0.08250.0439-0.67450.80430.63290.01610.2790.103-0.03080.21160.00140.3511-1.243413.79821.2629
31.7889-0.1605-1.23020.740.53312.4059-0.0199-0.0731-0.10880.1230.01330.05770.1852-0.09720.03190.0898-0.005-0.00570.06460.0220.1099-8.329217.5493-4.0141
41.6425-0.0341-0.26941.56780.04841.03830.02930.1348-0.0069-0.1318-0.04840.0454-0.0279-0.03160.02340.09670.0232-0.00880.07680.00520.0991-3.779125.1743-18.1458
52.2439-0.69521.28332.655-0.86962.2146-0.0501-0.01680.10530.05020.04430.0453-0.0902-0.0070.0250.08550.00210.02850.0937-0.01270.09767.388530.7805-3.9041
62.72860.2807-0.02882.26690.66744.33850.0028-0.1876-0.16110.2995-0.0223-0.21510.42450.18880.00060.12830.0172-0.00670.1050.01590.113817.311218.69566.5683
72.58020.06091.33032.256-0.19212.40360.0002-0.29260.16270.1846-0.07120.1122-0.0450.05810.0480.09610.00490.04720.1467-0.00980.09844.390828.67637.2516
82.87983.28511.4989.80164.64413.33170.05-0.3099-0.03460.4265-0.1936-0.06210.164-0.06180.07840.14550.01220.01050.2091-0.01320.0975-1.751527.182913.4817
92.15840.16270.63020.8999-0.69710.82130.0856-0.37730.15560.2163-0.0298-0.0935-0.08060.0039-0.04350.0809-0.00480.00710.1482-0.02690.1616.95229.64413.5924
101.97410.36330.08610.58660.94972.9622-0.03910.17490.1058-0.21680.06920.0416-0.20150.0664-0.06550.06480.0431-0.00660.09970.03610.110321.3421-4.1073-28.8998
113.86960.7796-2.28932.2864-0.25475.63110.02420.3063-0.1113-0.0343-0.0055-0.05560.1241-0.0135-0.00360.02680.0277-0.03830.1069-0.00330.094823.0659-12.3372-29.309
121.883-0.3437-0.23381.03920.36770.7802-0.0162-0.0224-0.02830.0711-0.0031-0.04940.00550.0130.0350.07320.0008-0.00610.05810.01150.078119.5542-6.4429-13.4012
131.97630.63940.94673.03561.26381.7767-0.06990.09540.1551-0.08950.0856-0.0198-0.1350.0285-0.03170.09290.01120.0310.09070.01110.09739.57782.7971-25.7927
142.9625-1.0423-0.79722.2543-0.1815.8023-0.09680.406-0.135-0.23020.07580.08850.1519-0.18430.01660.0761-0.0492-0.02110.1679-0.00960.1189-0.4521-8.9337-36.4387
152.4054-0.06590.77892.5080.05572.96550.0080.2280.1333-0.17370.066-0.0254-0.3319-0.1404-0.03460.090.00040.03860.16640.02520.105113.2229-0.0933-36.5687
164.0349-2.13560.83813.1791-3.2544.08610.05210.55450.1515-0.5522-0.2028-0.35530.10120.21060.03250.1221-0.01090.02670.26630.00510.108919.5531-2.2948-42.2448
172.2295-0.5732-0.11921.2940.64073.06290.12350.45940.3239-0.263-0.08220.0972-0.4304-0.1071-0.01230.14410.0105-0.0230.19790.05760.20030.32882.3341-34.2417
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 6 through 21 )A6 - 21
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 22 through 37 )A22 - 37
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 38 through 101 )A38 - 101
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 102 through 180 )A102 - 180
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 181 through 222 )A181 - 222
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 223 through 248 )A223 - 248
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 249 through 276 )A249 - 276
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 277 through 293 )A277 - 293
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 294 through 320 )A294 - 320
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 6 through 37 )B6 - 37
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 38 through 65 )B38 - 65
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 66 through 180 )B66 - 180
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 181 through 222 )B181 - 222
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 223 through 248 )B223 - 248
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 249 through 276 )B249 - 276
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 277 through 293 )B277 - 293
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 294 through 320 )B294 - 320

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万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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