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万見
- PDB-7sme: p107 pocket domain complexed with HDAC1 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sme
タイトルp107 pocket domain complexed with HDAC1 peptide
要素
  • Histone deacetylase 1
  • Retinoblastoma-like protein 1
キーワードCELL CYCLE / Transcription / cyclin box pocket transcriptional regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


Loss of MECP2 binding ability to 5mC-DNA / regulation of lipid kinase activity / Krueppel-associated box domain binding / Repression of WNT target genes / MECP2 regulates transcription of neuronal ligands / protein lysine delactylase activity / p75NTR negatively regulates cell cycle via SC1 / epidermal cell differentiation / histone decrotonylase activity / fungiform papilla formation ...Loss of MECP2 binding ability to 5mC-DNA / regulation of lipid kinase activity / Krueppel-associated box domain binding / Repression of WNT target genes / MECP2 regulates transcription of neuronal ligands / protein lysine delactylase activity / p75NTR negatively regulates cell cycle via SC1 / epidermal cell differentiation / histone decrotonylase activity / fungiform papilla formation / NuRD complex / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / regulation of cell fate specification / negative regulation of stem cell population maintenance / endoderm development / histone deacetylase activity, hydrolytic mechanism / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / histone deacetylase / protein deacetylation / regulation of stem cell differentiation / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / protein lysine deacetylase activity / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / embryonic digit morphogenesis / histone deacetylase activity / positive regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / Notch-HLH transcription pathway / negative regulation of gene expression, epigenetic / E-box binding / Sin3-type complex / G1/S-Specific Transcription / positive regulation of stem cell population maintenance / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / eyelid development in camera-type eye / odontogenesis of dentin-containing tooth / oligodendrocyte differentiation / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / RNA Polymerase I Transcription Initiation / histone deacetylase complex / negative regulation of cellular senescence / G0 and Early G1 / Regulation of MECP2 expression and activity / host-mediated suppression of viral transcription / hair follicle placode formation / NF-kappaB binding / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / heterochromatin / core promoter sequence-specific DNA binding / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / transcription repressor complex / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / SUMOylation of chromatin organization proteins / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / negative regulation of cell migration / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / Regulation of PTEN gene transcription / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / transcription corepressor binding / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / hippocampus development / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / HDACs deacetylate histones / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / promoter-specific chromatin binding / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / circadian regulation of gene expression / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / NoRC negatively regulates rRNA expression / Cyclin D associated events in G1 / histone deacetylase binding / neuron differentiation / p53 binding / transcription corepressor activity / heterochromatin formation / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / chromatin organization / transcription regulator complex / DNA-binding transcription factor binding / Estrogen-dependent gene expression / Potential therapeutics for SARS / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding
類似検索 - 分子機能
Rb C-terminal domain / Retinoblastoma-associated protein, B-box / Retinoblastoma-associated protein, A-box / Retinoblastoma-associated protein, C-terminal / Retinoblastoma-associated protein, N-terminal / Retinoblastoma protein family / Retinoblastoma-associated protein B domain / Retinoblastoma-associated protein A domain / Domain of unknown function (DUF3452) / Domain of unknown function (DUF3452) ...Rb C-terminal domain / Retinoblastoma-associated protein, B-box / Retinoblastoma-associated protein, A-box / Retinoblastoma-associated protein, C-terminal / Retinoblastoma-associated protein, N-terminal / Retinoblastoma protein family / Retinoblastoma-associated protein B domain / Retinoblastoma-associated protein A domain / Domain of unknown function (DUF3452) / Domain of unknown function (DUF3452) / Retinoblastoma-associated protein A domain / Rb C-terminal domain / Histone deacetylase / : / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain / Ureohydrolase domain superfamily / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Retinoblastoma-like protein 1 / Histone deacetylase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.64 Å
データ登録者Putta, S. / Fernandez, S.M. / Tripathi, S.M. / Muller, G.A. / Rubin, S.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM124148 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Structural basis for tunable affinity and specificity of LxCxE-dependent protein interactions with the retinoblastoma protein family.
著者: Putta, S. / Alvarez, L. / Ludtke, S. / Sehr, P. / Muller, G.A. / Fernandez, S.M. / Tripathi, S. / Lewis, J. / Gibson, T.J. / Chemes, L.B. / Rubin, S.M.
履歴
登録2021年10月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Retinoblastoma-like protein 1
B: Histone deacetylase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,6574
ポリマ－44,4652
非ポリマー1922
水55831
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1450 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area16850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.910, 75.170, 71.737
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.86, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Retinoblastoma-like protein 1 / 107 kDa retinoblastoma-associated protein / p107 / pRb1


分子量: 43265.965 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 391-601,780-887,924-972 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBL1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P28749
#2: タンパク質・ペプチド Histone deacetylase 1 / HD1 / Protein deacetylase HDAC1 / Protein decrotonylase HDAC1


分子量: 1199.268 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 413-422 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q13547, histone deacetylase, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.27 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM MES, pH 6.5, 4% PEG400, 1.6 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.64→46.98 Å / Num. obs: 14817 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.8 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 2.64→2.76 Å / Rmerge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique obs: 1937 / CC1/2: 0.89

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.17.1_3660: ???)精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4YOS

4yos


解像度: 2.64→46.98 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 28.28 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2771 709 4.81 %
Rwork0.2241 --
obs0.2266 14739 99.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.64→46.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2842 0 10 33 2885
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0132910
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.0753940
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.655380
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.118448
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.014496
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.64-2.840.33091510.26022789X-RAY DIFFRACTION100
2.84-3.130.32451310.24322826X-RAY DIFFRACTION100
3.13-3.580.29961560.24512770X-RAY DIFFRACTION100
3.58-4.510.24361360.21462780X-RAY DIFFRACTION98
4.51-46.980.26811350.20692865X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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