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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7skm | ||||||
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タイトル | Complex between S. aureus aureolysin and wt IMPI. | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE / Metallopeptidase / inhibitor complex / point mutant | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 aureolysin / metalloendopeptidase inhibitor activity / anatomical structure morphogenesis / extracellular matrix organization / wound healing / metalloendopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Galleria mellonella (ハチノスツヅリガ) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Mendes, S.R. / Eckhard, U. / Rodriguez-Banqueri, A. / Guevara, T. / Gomis-Ruth, F.X. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Comput Struct Biotechnol J / 年: 2022 タイトル: An engineered protein-based submicromolar competitive inhibitor of the Staphylococcus aureus virulence factor aureolysin 著者: Mendes, S.R. / Eckhard, U. / Rodriguez-Banqueri, A. / Guevara, T. / Czermak, P. / Marcos, E. / Vilcinskas, A. #1: ジャーナル: Angew Chem Int Ed Engl / 年: 2011 タイトル: Structural evidence for standard-mechanism inhibition in metallopeptidases from a complex poised to resynthesize a peptide bond. 著者: Arolas, J.L. / Botelho, T.O. / Vilcinskas, A. / Gomis-Ruth, F.X. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7skm.cif.gz | 286.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7skm.ent.gz | 219.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7skm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7skm_validation.pdf.gz | 4.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7skm_full_validation.pdf.gz | 4.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7skm_validation.xml.gz | 35 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7skm_validation.cif.gz | 52.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sk/7skm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sk/7skm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Refine code: 1
NCSアンサンブル:
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AC
#1: タンパク質 | 分子量: 33336.715 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: P81177, aureolysin |
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-タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 BDEF
#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4286.869 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Galleria mellonella (ハチノスツヅリガ) 遺伝子: IMPI / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P82176 #3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3684.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Galleria mellonella (ハチノスツヅリガ) 遺伝子: IMPI / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P82176 |
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-非ポリマー , 5種, 722分子
#4: 化合物 | ChemComp-CA / #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.32 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: Best crystals of aureolysin in complex with either IMPI variant were obtained at 20 degrees with protein solutions consisting of 5 mg/mL of aureolysin and 2.9 mg/mL of IMPI (peptidase: ...詳細: Best crystals of aureolysin in complex with either IMPI variant were obtained at 20 degrees with protein solutions consisting of 5 mg/mL of aureolysin and 2.9 mg/mL of IMPI (peptidase:inhibitor molar ratio of 1:2.5) in 50 mM Tris-HCl, 150 mM sodium chloride, 1.6 mM calcium chloride, 8.3 microM zinc chloride, pH 8.0, which was mixed with reservoir solution comprising 0.1 M Bis-Tris, 25% (w/v) PEG 3350, pH 5.5. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9793 Å | ||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月11日 | ||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||
Reflection twin |
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反射 | 解像度: 1.85→52.7 Å / Num. obs: 64323 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.6 % / Biso Wilson estimate: 42.2 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.149 / Rpim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 14.7 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.96 Å / Rmerge(I) obs: 2.772 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 10209 / CC1/2: 0.63 / Rpim(I) all: 0.788 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1BQB, 3SSB 解像度: 1.85→52.689 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 3.634 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.027 / ESU R Free: 0.028 / 詳細: Hydrogens have not been used
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.072 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→52.689 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: tight positional; tight thermal / Weight Biso : 0.5 / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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