PDB-7skm: Complex between S. aureus aureolysin and wt IMPI.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7skm

タイトル

Complex between S. aureus aureolysin and wt IMPI.

要素

(IMPI alpha) x 2
Zinc metalloproteinase aureolysin

キーワード

HYDROLASE / Metallopeptidase / inhibitor complex / point mutant

機能・相同性

機能・相同性情報

aureolysin / metalloendopeptidase inhibitor activity / anatomical structure morphogenesis / extracellular matrix organization / wound healing / metalloendopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Galleria mellonella (ハチノスツヅリガ)

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Mendes, S.R. / Eckhard, U. / Rodriguez-Banqueri, A. / Guevara, T. / Gomis-Ruth, F.X.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Comput Struct Biotechnol J / 年: 2022
タイトル: An engineered protein-based submicromolar competitive inhibitor of the Staphylococcus aureus virulence factor aureolysin
著者: Mendes, S.R. / Eckhard, U. / Rodriguez-Banqueri, A. / Guevara, T. / Czermak, P. / Marcos, E. / Vilcinskas, A.

履歴

登録	2021年10月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年1月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7skm.cif.gz	286.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7skm.ent.gz	219.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7skm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7skm_validation.pdf.gz	4.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7skm_full_validation.pdf.gz	4.5 MB	表示
XML形式データ	7skm_validation.xml.gz	35 KB	表示
CIF形式データ	7skm_validation.cif.gz	52.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sk/7skm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sk/7skm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7sklC 1bqbS 3ssbS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7skl-1 7skm-2 1vi1-1 2gr6-2 6xhb-d 1vi1-2 7skl-2 2cpp-d 1iwi-d 3wrh-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Zinc metalloproteinase aureolysin

B: IMPI alpha

E: IMPI alpha

C: Zinc metalloproteinase aureolysin

D: IMPI alpha

F: IMPI alpha

ヘテロ分子

83.4 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Zinc metalloproteinase aureolysin

B: IMPI alpha

E: IMPI alpha

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: homology
41.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Zinc metalloproteinase aureolysin

D: IMPI alpha

F: IMPI alpha

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
41.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.140, 68.140, 166.180
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	C
3	2	B
4	2	D
5	3	E
6	3	F

NCSドメイン領域:

Refine code: 1

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ALA	ALA	GLY	GLY	A	A	209 - 507	1 - 299
2	1	1	ALA	ALA	GLY	GLY	C	D	209 - 507	1 - 299
3	2	2	ILE	ILE	ASN	ASN	B	B	20 - 56	4 - 40
4	2	2	ILE	ILE	ASN	ASN	D	E	20 - 56	4 - 40
5	3	3	ILE	ILE	PRO	PRO	E	C	57 - 84	1 - 28
6	3	3	ILE	ILE	PRO	PRO	F	F	57 - 84	1 - 28

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Global NCS restraints between domains: 1 2
2	Global NCS restraints between domains: 3 4
3	Global NCS restraints between domains: 5 6

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AC

#1: タンパク質	Zinc metalloproteinase aureolysin / Staphylococcus aureus neutral proteinase 分子量: 33336.715 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: P81177, aureolysin

-
タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 BDEF

#2: タンパク質・ペプチド	IMPI alpha 分子量: 4286.869 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Galleria mellonella (ハチノスツヅリガ) 遺伝子: IMPI / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P82176
#3: タンパク質・ペプチド	IMPI alpha 分子量: 3684.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Galleria mellonella (ハチノスツヅリガ) 遺伝子: IMPI / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P82176

-
非ポリマー , 5種, 722分子

#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 709 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.32 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: Best crystals of aureolysin in complex with either IMPI variant were obtained at 20 degrees with protein solutions consisting of 5 mg/mL of aureolysin and 2.9 mg/mL of IMPI (peptidase: ...詳細: Best crystals of aureolysin in complex with either IMPI variant were obtained at 20 degrees with protein solutions consisting of 5 mg/mL of aureolysin and 2.9 mg/mL of IMPI (peptidase:inhibitor molar ratio of 1:2.5) in 50 mM Tris-HCl, 150 mM sodium chloride, 1.6 mM calcium chloride, 8.3 microM zinc chloride, pH 8.0, which was mixed with reservoir solution comprising 0.1 M Bis-Tris, 25% (w/v) PEG 3350, pH 5.5.

結晶

マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.32 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Best crystals of aureolysin in complex with either IMPI variant were obtained at 20 degrees with protein solutions consisting of 5 mg/mL of aureolysin and 2.9 mg/mL of IMPI (peptidase: ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALBA

/ ビームライン: XALOC / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

Reflection twin

タイプ	Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
pseudo-merohedral	1	1	H, K, L	1	0.5099
pseudo-merohedral	2	2	-K, -H, -L	2	0.4901

反射

解像度: 1.85→52.7 Å / Num. obs: 64323 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.6 % / B_iso Wilson estimate: 42.2 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.149 / R_pim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 14.7

反射シェル

解像度: 1.85→1.96 Å / R_merge(I) obs: 2.772 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 10209 / CC_1/2: 0.63 / R_pim(I) all: 0.788

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1BQB, 3SSB

1bqb

3ssb

解像度: 1.85→52.689 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 3.634 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.027 / ESU R Free: 0.028 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2186	724	1.126 %
R_work	0.1644	63598	-
all	0.165	-	-
obs	-	64322	99.966 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.072 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	11.211 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	11.211 Å²	0 Å²
3-	-	-	-22.422 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→52.689 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5708	0	34	709	6451

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	5898
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.644	1.64	7921
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.262	5	728
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.58	25.28	339
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.598	15	924
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.465	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.143	0.2	745
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	4638
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.159	0.2	2688
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.276	0.2	3928
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.097	0.2	433
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.181	0.2	95
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.094	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.787	3.238	2947
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.54	4.848	3652
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.974	3.448	2951
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.802	5.094	4269
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.055	44.778	8902

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: tight positional; tight thermal / Weight B_iso : 0.5 / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Rms dev B_iso (Å²)	Rms dev position (Å)
1	1	A	3.7314	0.07332
1	2	C	3.7314	0.07332
2	3	B	2.10673	0.06946
2	4	D	2.10673	0.06946
3	5	E	3.6068	0.06586
3	6	F	3.6068	0.06586

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.898	0.24	49	0.208	4684	X-RAY DIFFRACTION	99.6211
1.898-1.95	0.287	48	0.227	4588	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-2.006	0.278	59	0.213	4465	X-RAY DIFFRACTION	100
2.006-2.068	0.216	57	0.211	4301	X-RAY DIFFRACTION	100
2.068-2.136	0.301	55	0.203	4159	X-RAY DIFFRACTION	99.9763
2.136-2.211	0.235	46	0.184	4071	X-RAY DIFFRACTION	100
2.211-2.294	0.225	51	0.17	3878	X-RAY DIFFRACTION	100
2.294-2.388	0.217	46	0.157	3743	X-RAY DIFFRACTION	100
2.388-2.494	0.233	36	0.172	3647	X-RAY DIFFRACTION	100
2.494-2.615	0.234	22	0.179	3480	X-RAY DIFFRACTION	100
2.615-2.757	0.217	33	0.168	3283	X-RAY DIFFRACTION	100
2.757-2.924	0.203	39	0.181	3105	X-RAY DIFFRACTION	100
2.924-3.125	0.22	44	0.183	2912	X-RAY DIFFRACTION	100
3.125-3.375	0.3	21	0.166	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
3.375-3.696	0.224	23	0.14	2509	X-RAY DIFFRACTION	100
3.696-4.131	0.128	36	0.135	2257	X-RAY DIFFRACTION	100
4.131-4.767	0.188	32	0.134	2002	X-RAY DIFFRACTION	100
4.767-5.831	0.234	10	0.141	1710	X-RAY DIFFRACTION	100
5.831-8.216	0.39	4	0.159	1330	X-RAY DIFFRACTION	100
8.216-52.689	0.256	13	0.173	741	X-RAY DIFFRACTION	99.6037

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2436	0.0719	-0.1169	0.0355	0.0191	0.3312	-0.0021	0.0172	-0.022	0.0058	0.0035	-0.0048	0.001	0.009	-0.0014	0.0142	-0.0051	0.0069	0.009	-0.0107	0.0767	30.7342	-9.8104	-16.3261
2	0.6579	0.4093	0.3647	0.2563	0.2262	0.2207	-0.0054	-0.0676	-0.0047	-0.005	-0.0326	-0.0053	-0.0012	-0.0451	0.038	0.0025	-0.0013	0.0062	0.0405	-0.0192	0.0809	10.0072	-16.0277	-30.6866
3	0.1088	-0.0452	-0.0768	0.1032	-0.1592	0.5007	0.0017	-0.0048	0.0129	-0.0103	0.0178	-0.001	0.0339	-0.0393	-0.0195	0.0202	-0.0029	0.0032	0.0123	0.0101	0.0785	2.4289	-42.9102	-24.3399
4	0.6006	-0.2071	0.4748	1.1797	-0.6318	0.5738	-0.0305	0.0443	0.0052	-0.0904	-0.0299	-0.1215	0.0217	0.0418	0.0604	0.0263	0.0005	0.0256	0.0044	0.009	0.07	23.5059	-50.4079	-10.8911

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	209 - 509
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	20 - 56
3	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	E	57 - 86
4	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	C	209 - 508
5	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	D	20 - 56
6	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	F	57 - 85

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AC

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タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 BDEF

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非ポリマー , 5種, 722分子

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詳細

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実験情報

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実験

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試料調製

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データ収集

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)