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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7sk9 | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of human ACKR3 in complex with a small molecule partial agonist CCX662, and an intracellular Fab | ||||||||||||||||||||||||
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![]() | SIGNALING PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Atypical Chemokine Receptor / MEMBRANE PROTEIN / SIGNALING PROTEIN / SIGNALING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() oculomotor nerve development / C-X-C chemokine binding / positive regulation of mesenchymal stem cell migration / C-X-C chemokine receptor activity / scavenger receptor activity / C-C chemokine receptor activity / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / C-C chemokine binding / chemokine-mediated signaling pathway / Chemokine receptors bind chemokines ...oculomotor nerve development / C-X-C chemokine binding / positive regulation of mesenchymal stem cell migration / C-X-C chemokine receptor activity / scavenger receptor activity / C-C chemokine receptor activity / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / C-C chemokine binding / chemokine-mediated signaling pathway / Chemokine receptors bind chemokines / vasculogenesis / coreceptor activity / clathrin-coated pit / cell chemotaxis / calcium-mediated signaling / receptor internalization / recycling endosome / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (i) signalling events / angiogenesis / early endosome / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cell adhesion / endosome / immune response / negative regulation of cell population proliferation / external side of plasma membrane / intracellular membrane-bounded organelle / cell surface / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | ||||||||||||||||||||||||
![]() | Yen, Y.C. / Schafer, C.T. / Gustavsson, M. / Handel, T.M. / Tesmer, J.J.G. | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structures of atypical chemokine receptor 3 reveal the basis for its promiscuity and signaling bias. 著者: Yu-Chen Yen / Christopher T Schafer / Martin Gustavsson / Stefanie A Eberle / Pawel K Dominik / Dawid Deneka / Penglie Zhang / Thomas J Schall / Anthony A Kossiakoff / John J G Tesmer / Tracy M Handel / ![]() ![]() ![]() 要旨: Both CXC chemokine receptor 4 (CXCR4) and atypical chemokine receptor 3 (ACKR3) are activated by the chemokine CXCL12 yet evoke distinct cellular responses. CXCR4 is a canonical G protein-coupled ...Both CXC chemokine receptor 4 (CXCR4) and atypical chemokine receptor 3 (ACKR3) are activated by the chemokine CXCL12 yet evoke distinct cellular responses. CXCR4 is a canonical G protein-coupled receptor (GPCR), whereas ACKR3 is intrinsically biased for arrestin. The molecular basis for this difference is not understood. Here, we describe cryo-EM structures of ACKR3 in complex with CXCL12, a more potent CXCL12 variant, and a small-molecule agonist. The bound chemokines adopt an unexpected pose relative to those established for CXCR4 and observed in other receptor-chemokine complexes. Along with functional studies, these structures provide insight into the ligand-binding promiscuity of ACKR3, why it fails to couple to G proteins, and its bias toward β-arrestin. The results lay the groundwork for understanding the physiological interplay of ACKR3 with other GPCRs. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 245.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 201.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 953.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 960.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 31.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 47.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 25177MC ![]() 7sk3C ![]() 7sk4C ![]() 7sk5C ![]() 7sk6C ![]() 7sk7C ![]() 7sk8C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45196.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P25106 | ||
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#2: 抗体 | 分子量: 25380.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() | ||
#3: 抗体 | 分子量: 23471.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() | ||
#4: 化合物 | ChemComp-GJ9 / ( | ||
#5: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Complex structure of ACKR3-CCX662- CID24 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: MULTIPLE SOURCES | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 53.8 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 297347 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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