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万見
- PDB-7sjm: anti-HtrA1 Fab15H6.v4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sjm
タイトルanti-HtrA1 Fab15H6.v4
要素
  • Heavy Chain
  • Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fab
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Ultsch, M.H. / Gerhardy, S.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Allosteric inhibition of HTRA1 activity by a conformational lock mechanism to treat age-related macular degeneration.
著者: Stefan Gerhardy / Mark Ultsch / Wanjian Tang / Evan Green / Jeffrey K Holden / Wei Li / Alberto Estevez / Chris Arthur / Irene Tom / Alexis Rohou / Daniel Kirchhofer /
要旨: The trimeric serine protease HTRA1 is a genetic risk factor associated with geographic atrophy (GA), a currently untreatable form of age-related macular degeneration. Here, we describe the allosteric ...The trimeric serine protease HTRA1 is a genetic risk factor associated with geographic atrophy (GA), a currently untreatable form of age-related macular degeneration. Here, we describe the allosteric inhibition mechanism of HTRA1 by a clinical Fab fragment, currently being evaluated for GA treatment. Using cryo-EM, X-ray crystallography and biochemical assays we identify the exposed LoopA of HTRA1 as the sole Fab epitope, which is approximately 30 Å away from the active site. The cryo-EM structure of the HTRA1:Fab complex in combination with molecular dynamics simulations revealed that Fab binding to LoopA locks HTRA1 in a non-competent conformational state, incapable of supporting catalysis. Moreover, grafting the HTRA1-LoopA epitope onto HTRA2 and HTRA3 transferred the allosteric inhibition mechanism. This suggests a conserved conformational lock mechanism across the HTRA family and a critical role of LoopA for catalysis, which was supported by the reduced activity of HTRA1-3 upon LoopA deletion or perturbation. This study reveals the long-range inhibition mechanism of the clinical Fab and identifies an essential function of the exposed LoopA for activity of HTRA family proteases.
履歴
登録2021年10月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Heavy Chain
L: Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9838
ポリマ－47,4152
非ポリマー5686
水8,449469
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4970 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area19160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.118, 60.338, 53.444
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.320, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: 抗体 Heavy Chain


分子量: 24232.924 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 64B4
#2: 抗体 Light Chain


分子量: 23181.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 64B4
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 469 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.68 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.1
詳細: 2.1M ammonium sulfate, 0.1M Tri-sodium citrate pH 5.1
PH範囲: 5.0-6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月10日 / 詳細: Liquid nitrogen-cooled double crystal Si(111)
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→39.47 Å / Num. obs: 44014 / % possible obs: 97.27 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rpim(I) all: 0.07 / Rrim(I) all: 0.101 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.4061 / Mean I/σ(I) obs: 2.09 / Num. unique obs: 4284 / CC1/2: 0.674 / Rpim(I) all: 0.639 / Rrim(I) all: 0.919 / % possible all: 95.37

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.5精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FVD

1fvd


解像度: 1.8→39.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9425 / SU R Cruickshank DPI: 0.114 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.12 / SU Rfree Blow DPI: 0.111 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.108
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.202 2220 5.04 %RANDOM
Rwork0.1714 ---
obs0.1729 44014 97.26 %-
原子変位パラメータBiso max: 113.44 Å2 / Biso mean: 27.38 Å2 / Biso min: 10.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.458 Å20 Å20.2342 Å2
2---0.4298 Å20 Å2
3----0.0282 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.196 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→39.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3279 0 48 469 3796
Biso mean--61.34 40.63 -
残基数----432
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1146SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes72HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes507HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3458HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion458SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4337SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3458HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4731HARMONIC21.08
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.07
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.92
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2668 154 4.9 %
Rwork0.2131 2990 -
all0.2158 3144 -
obs--97.26 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6022-0.16830.47430.4104-0.1880.947-0.02560.09360.0231-0.0529-0.0356-0.08220.00370.00450.0612-0.001-0.01980.0266-0.0474-0.001-0.0374181.835427.42710.6233
21.2084-0.25230.01080.7408-0.10570.5428-0.0506-0.06880.02220.08040.0193-0.1108-0.04280.00010.0312-0.0158-0.00580.0056-0.0662-0.0025-0.0742178.787130.003128.4043
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{H|1 - 217}H1 - 217
2X-RAY DIFFRACTION2{L|1 - 211}L1 - 211

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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