PDB-7sji: Crystal structure of dehaloperoxidase B in complex with R-(+)-limonene

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7sji

タイトル

Crystal structure of dehaloperoxidase B in complex with R-(+)-limonene

要素

Dehaloperoxidase B

キーワード

OXIDOREDUCTASE / heme peroxidase / peroxygenase / heme cofactor / oxygen binding

機能・相同性

機能・相同性情報

oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Amphitrite ornata (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.76 Å

データ登録者

Ghiladi, R.A. / de Serrano, V.S. / Malewschik, T. / Yun, D.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Multifunctional Globin Dehaloperoxidase as a Biocatalyst in the Oxidation of Monoterpenes
著者: Malewschick, T. / Yun, D. / de Serrano, V. / Ghiladi, R.A.

履歴

登録	2021年10月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年11月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7sji.cif.gz	133.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7sji.ent.gz	101.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7sji.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7sji_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7sji_full_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示
XML形式データ	7sji_validation.xml.gz	16.8 KB	表示
CIF形式データ	7sji_validation.cif.gz	22.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sj/7sji ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sj/7sji	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7sjbC 7sjcC 7sjdC 7sjeC 7sjfC 7sjgC 7sjhC 7t9cC 7t9dC 7t9eC 3ixfS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (1) #41 - 2003年5月ヘモグロビン (Hemoglobin) 類似性 (1) #159 - 2013年3月エリスロクルオリン (Erythrocruorin) 類似性 (2) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#206 - 2017年2月
グロビンの進化 (Globin Evolution)
類似性 (1)
#41 - 2003年5月
ヘモグロビン (Hemoglobin)
類似性 (1)
#159 - 2013年3月
エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
類似性 (2)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (1)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (1)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Dehaloperoxidase B

B: Dehaloperoxidase B

ヘテロ分子

32.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dehaloperoxidase B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
16.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Dehaloperoxidase B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.775, 66.988, 67.759
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Dehaloperoxidase B 分子量: 15414.462 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Amphitrite ornata (無脊椎動物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold(DE3) / 参照: UniProt: Q9NAV7

-
非ポリマー , 5種, 106分子

#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-9IR / (4R)-1-methyl-4-(prop-1-en-2-yl)cyclohex-1-ene / R-(+)-limonene / d-リモネン分子量: 136.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.1 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: MPEG 2000, ammonium sulfate, Na cacodylate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2021年9月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.76→33.9 Å / Num. obs: 27041 / % possible obs: 97.88 % / 冗長度: 4.7 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 27.6
反射シェル	解像度: 1.76→1.806 Å / Num. unique obs: 1860 / CC_1/2: 0.784

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3IXF

3ixf

解像度: 1.76→33.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 7.028 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.137 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2323	1255	4.641 %
R_work	0.1946	25786	-
all	0.196	-	-
obs	-	27041	97.882 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.759 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.776 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.601 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.175 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.76→33.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2129	0	134	97	2360

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	2761
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	2486
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.848	1.696	3814
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.547	1.638	5756
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.844	5	372
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.278	22.876	153
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.077	15	471
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.945	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	334
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.045	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	3444
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	724
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.271	0.2	782
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.211	0.2	2465
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.2	1329
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	1113
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.156	0.2	135
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.041	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.075	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.172	0.2	68
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.104	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.057	3.127	1310
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.056	3.133	1311
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.912	4.692	1693
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.913	4.694	1694
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.731	3.506	1451
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.719	3.5	1444
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.034	5.173	2098
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.025	5.165	2087
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.705	38.813	3447
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.701	38.744	3436

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.76-1.806	0.311	84	0.274	1860	X-RAY DIFFRACTION	97.2486
1.806-1.855	0.322	86	0.234	1834	X-RAY DIFFRACTION	98.5626
1.855-1.909	0.255	102	0.229	1784	X-RAY DIFFRACTION	98.6402
1.909-1.967	0.259	84	0.232	1741	X-RAY DIFFRACTION	98.7554
1.967-2.032	0.253	69	0.228	1694	X-RAY DIFFRACTION	98.3817
2.032-2.103	0.273	98	0.2	1618	X-RAY DIFFRACTION	98.6207
2.103-2.182	0.278	78	0.194	1596	X-RAY DIFFRACTION	98.7028
2.182-2.271	0.233	73	0.195	1506	X-RAY DIFFRACTION	98.2576
2.271-2.372	0.206	78	0.178	1471	X-RAY DIFFRACTION	98.7253
2.372-2.487	0.247	64	0.179	1392	X-RAY DIFFRACTION	97.5871
2.487-2.621	0.249	61	0.197	1343	X-RAY DIFFRACTION	98.2505
2.621-2.78	0.231	57	0.188	1258	X-RAY DIFFRACTION	97.6244
2.78-2.971	0.263	46	0.196	1202	X-RAY DIFFRACTION	97.729
2.971-3.208	0.262	54	0.2	1119	X-RAY DIFFRACTION	97.9132
3.208-3.513	0.243	49	0.188	1012	X-RAY DIFFRACTION	95.8446
3.513-3.925	0.215	41	0.184	937	X-RAY DIFFRACTION	97.1202
3.925-4.527	0.163	62	0.175	782	X-RAY DIFFRACTION	94.725
4.527-5.532	0.216	38	0.178	701	X-RAY DIFFRACTION	97.1091
5.532-7.771	0.261	21	0.211	590	X-RAY DIFFRACTION	99.3496
7.771-33.9	0.36	10	0.211	336	X-RAY DIFFRACTION	90.8137

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3548	-0.4609	-0.1734	1.8446	-0.6679	0.7256	-0.05	-0.0014	-0.0163	0.2051	-0.051	-0.1089	-0.0805	0.041	0.101	0.0482	-0.021	-0.0127	0.0134	0.0062	0.0144	5.6283	2.2437	-21.3287
2	0.4108	0.1868	-0.3021	0.44	-0.5798	1.4154	-0.052	-0.0421	0.0204	-0.1134	0.0625	0.0256	0.1538	-0.0648	-0.0105	0.0642	-0.0135	0.0067	0.0231	0.0025	0.0077	-21.3247	4.9138	-19.2049

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	1 - 137
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	1 - 137

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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