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- PDB-7si2: Crystal structure of neutralizing antibody 10-28 in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7si2
タイトルCrystal structure of neutralizing antibody 10-28 in complex with SARS-CoV-2 spike receptor binding domain (RBD)
要素
  • 10-28 Heavy Chain
  • 10-28 Light Chain
  • Spike protein S1
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / COVID-19 / SARS-CoV-2 / Viral protein / Spike glycoprotein / Receptor Binding Protein / RBD / Neutralizing antibody / 10-28 / Fab / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated disruption of host tissue / Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / viral translation / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion ...symbiont-mediated disruption of host tissue / Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / viral translation / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / receptor ligand activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Reddem, E.R. / Shapiro, L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Jack Ma Foundation 中国
引用ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2022
タイトル: An antibody class with a common CDRH3 motif broadly neutralizes sarbecoviruses.
著者: Lihong Liu / Sho Iketani / Yicheng Guo / Eswar R Reddem / Ryan G Casner / Manoj S Nair / Jian Yu / Jasper F-W Chan / Maple Wang / Gabriele Cerutti / Zhiteng Li / Nicholas C Morano / Candace D ...著者: Lihong Liu / Sho Iketani / Yicheng Guo / Eswar R Reddem / Ryan G Casner / Manoj S Nair / Jian Yu / Jasper F-W Chan / Maple Wang / Gabriele Cerutti / Zhiteng Li / Nicholas C Morano / Candace D Castagna / Laura Corredor / Hin Chu / Shuofeng Yuan / Vincent Kwok-Man Poon / Chris Chun-Sing Chan / Zhiwei Chen / Yang Luo / Marcus Cunningham / Alejandro Chavez / Michael T Yin / David S Perlin / Moriya Tsuji / Kwok-Yung Yuen / Peter D Kwong / Zizhang Sheng / Yaoxing Huang / Lawrence Shapiro / David D Ho /
要旨: The devastation caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) has made clear the importance of pandemic preparedness. To address future zoonotic outbreaks due to related ...The devastation caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) has made clear the importance of pandemic preparedness. To address future zoonotic outbreaks due to related viruses in the sarbecovirus subgenus, we identified a human monoclonal antibody, 10-40, that neutralized or bound all sarbecoviruses tested in vitro and protected against SARS-CoV-2 and SARS-CoV in vivo. Comparative studies with other receptor-binding domain (RBD)-directed antibodies showed 10-40 to have the greatest breadth against sarbecoviruses, suggesting that 10-40 is a promising agent for pandemic preparedness. Moreover, structural analyses on 10-40 and similar antibodies not only defined an epitope cluster in the inner face of the RBD that is well conserved among sarbecoviruses but also uncovered a distinct antibody class with a common CDRH3 motif. Our analyses also suggested that elicitation of this class of antibodies may not be overly difficult, an observation that bodes well for the development of a pan-sarbecovirus vaccine.
履歴
登録2021年10月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年6月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
D: 10-28 Light Chain
E: 10-28 Heavy Chain
F: 10-28 Light Chain
G: 10-28 Heavy Chain
H: 10-28 Heavy Chain
L: 10-28 Light Chain
A: Spike protein S1
B: Spike protein S1
C: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)223,70512
ポリマ－222,4329
非ポリマー1,2733
水00
1
D: 10-28 Light Chain
E: 10-28 Heavy Chain
B: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,5684
ポリマ－74,1443
非ポリマー4241
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5660 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area28300 Å2
手法PISA
2
F: 10-28 Light Chain
G: 10-28 Heavy Chain
C: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,5684
ポリマ－74,1443
非ポリマー4241
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5850 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area28600 Å2
手法PISA
3
H: 10-28 Heavy Chain
L: 10-28 Light Chain
A: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,5684
ポリマ－74,1443
非ポリマー4241
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5720 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area28420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.785, 226.677, 186.247
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
31chain C
12chain D
22chain F
32(chain L and (resid 1 through 194 or (resid 195...
13chain E
23chain G
33chain H

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111LEULEUPROPROchain AAG335 - 52717 - 209
211LEULEUPROPROchain BBH335 - 52717 - 209
311LEULEUPROPROchain CCI335 - 52717 - 209
112ASPASPGLUGLUchain DDA1 - 2141 - 214
212ASPASPGLUGLUchain FFC1 - 2141 - 214
312ASPASPALAALA(chain L and (resid 1 through 194 or (resid 195...LF1 - 1941 - 194
322CYSCYSCYSCYS(chain L and (resid 1 through 194 or (resid 195...LF195195
332ASPASPGLUGLU(chain L and (resid 1 through 194 or (resid 195...LF1 - 2141 - 214
342ASPASPGLUGLU(chain L and (resid 1 through 194 or (resid 195...LF1 - 2141 - 214
113GLNGLNSERSERchain EEB1 - 2221 - 222
213GLNGLNSERSERchain GGD1 - 2221 - 222
313GLNGLNSERSERchain HHE1 - 2221 - 222

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: 抗体 10-28 Light Chain


分子量: 23384.875 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 10-28 Heavy Chain


分子量: 24186.156 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Spike protein S1


分子量: 26572.881 Da / 分子数: 3 / Fragment: receptor-binding domain (UNP reisdues 319-537) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.12 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 25% PEG3350, 30% PEG2000 MME

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.03→186.25 Å / Num. obs: 51186 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.4 % / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.18 / Rpim(I) all: 0.17 / Rrim(I) all: 0.35 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
3.03-3.12141.643810.3610.90.9100
3.2-811.50.0858170.9970.0260.08999.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PHENIX位相決定
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 7L5B

7l5b


解像度: 3.2→108.64 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2612 2361 5.55 %
Rwork0.1984 40188 -
obs0.2019 42549 97.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 155.79 Å2 / Biso mean: 77.8011 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.2→108.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14301 0 84 0 14385
Biso mean--107.05 --
残基数----1860
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1737X-RAY DIFFRACTION9.755TORSIONAL
12B1737X-RAY DIFFRACTION9.755TORSIONAL
13C1737X-RAY DIFFRACTION9.755TORSIONAL
21D1917X-RAY DIFFRACTION9.755TORSIONAL
22F1917X-RAY DIFFRACTION9.755TORSIONAL
23L1917X-RAY DIFFRACTION9.755TORSIONAL
31E1944X-RAY DIFFRACTION9.755TORSIONAL
32G1944X-RAY DIFFRACTION9.755TORSIONAL
33H1944X-RAY DIFFRACTION9.755TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.2-3.270.40861460.33152249239596
3.27-3.340.35071240.30242289241395
3.34-3.410.32471450.26962258240396
3.41-3.50.31391440.26172289243396
3.5-3.590.31321350.24562304243996
3.59-3.70.33081070.24612326243396
3.7-3.820.31391530.23662333248698
3.82-3.960.31471380.23322340247898
3.96-4.110.31531280.20812365249398
4.11-4.30.28121440.18222375251999
4.3-4.530.22791330.16322382251599
4.53-4.810.20611680.15422363253199
4.81-5.180.22151480.16392411255999
5.18-5.70.21741490.160524042553100
5.7-6.530.24471360.173224532589100
6.53-8.230.2271400.184224602600100
8.23-108.640.20171230.17612587271099
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -48.6177 Å / Origin y: -53.7965 Å / Origin z: 5.6181 Å
111213212223313233
T0.5995 Å2-0.0186 Å2-0.0711 Å2-0.6342 Å20.031 Å2--0.5862 Å2
L0.2184 °20.1014 °2-0.0192 °2-0.3713 °20.1687 °2--0.0999 °2
S-0.0157 Å °0.0435 Å °-0.0357 Å °0.0104 Å °0.0204 Å °-0.006 Å °-0.0093 Å °-0.0157 Å °-0.0114 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 214
2X-RAY DIFFRACTION1allE1 - 222
3X-RAY DIFFRACTION1allF1 - 214
4X-RAY DIFFRACTION1allG1 - 222
5X-RAY DIFFRACTION1allH1 - 222
6X-RAY DIFFRACTION1allL1 - 214
7X-RAY DIFFRACTION1allA335 - 527
8X-RAY DIFFRACTION1allA528 - 529
9X-RAY DIFFRACTION1allB335 - 527
10X-RAY DIFFRACTION1allB528 - 529
11X-RAY DIFFRACTION1allC335 - 527
12X-RAY DIFFRACTION1allC528 - 529

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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